转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G000836; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008579-RA_Salv SmilChr07G000836 MYB_related XP_057772437.1 MP00568 TATGGATAAGGTTAT

可能结合的靶基因

9696 个结合位点 6611 个候选靶基因 第 9 / 133 下载 TSV

上一页 9 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003682 Chr02 NC_080388.1:58188362-58188376promoter 内 462-476 bp - 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 58180474-58184837(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGAGGATAAGAATTT
SmilChr01G002918 Chr01 NC_080387.1:47908372-47908386promoter 内 339-353 bp + 3648 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 47901901-47904724(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCATCCTTATCCTGT
SmilChr02G004510 Chr02 NC_080388.1:67622560-67622574promoter 内 166-180 bp - 3821 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 67626395-67631109(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTATCCTTATCTTCA
SmilChr02G002591 Chr02 NC_080388.1:45058672-45058686promoter 内 3496-3510 bp - 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 45059177-45060382(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTATCCTTATCTTCA
SmilChr02G003195 Chr02 NC_080388.1:53113035-53113049promoter 内 3425-3439 bp + 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 53109246-53112473(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTTTTCTTATCCACA
SmilChr02G000299 Chr02 NC_080388.1:3770665-3770679promoter 内 3250-3264 bp - 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 3771416-3774441(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTCACCTTATCCCAT
SmilChr02G000345 Chr02 NC_080388.1:4505404-4505418promoter 内 2808-2822 bp + 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 4492503-4504225(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTCACCTTATCCCAT
SmilChr02G000291 Chr02 NC_080388.1:3696783-3696797promoter 内 2767-2781 bp - 1220 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 3698017-3723614(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTCACCTTATCCCAT
SmilChr01G000084 Chr01 NC_080387.1:1596475-1596489promoter 内 2759-2773 bp + 1228 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 1589839-1595247(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCGCCTTATCCACT
SmilChr01G003071 Chr01 NC_080387.1:49560055-49560069promoter 内 2718-2732 bp - 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 49553057-49558786(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGAAGATAAGGTATG
SmilChr03G001106 Chr03 NC_080389.1:12747104-12747118promoter 内 2645-2659 bp + 1342 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 12748460-12752581(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGAGGATAAGGCAAT
SmilChr02G001634 Chr02 NC_080388.1:30292118-30292132promoter 内 2630-2644 bp + 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 30293489-30297610(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGAGGATAAGGCAAT
SmilChr03G000549 Chr03 NC_080389.1:5950498-5950512promoter 内 2593-2607 bp - 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 5951906-5957114(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTATTCTTATCCTCT
SmilChr03G000037 Chr03 NC_080389.1:450384-450398promoter 内 2346-2360 bp - 1641 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 452039-457332(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCGCCTTATCCACT
SmilChr01G000402 Chr01 NC_080387.1:8221892-8221906promoter 内 1708-1722 bp - 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 8224185-8226475(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCGCCTTATCCACT
SmilChr01G005888 Chr01 NC_080387.1:74796292-74796306promoter 内 1192-1206 bp - 2795 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 74799101-74807566(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAGATCTTATCCTCA
SmilChr01G001520 Chr01 NC_080387.1:29119202-29119216promoter 内 990-1004 bp - 2997 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 29114737-29116205(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTAGATAAGGTGAA
SmilChr01G006050 Chr01 NC_080387.1:76014459-76014473promoter 内 972-986 bp - 3015 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 76010308-76011444(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTGGATAAGATGAG
SmilChr01G002831 Chr01 NC_080387.1:46923275-46923289promoter 内 235-249 bp - 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 46909817-46919523(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAAGAAAAG
SmilChr02G002592 Chr02 NC_080388.1:45058672-45058686promoter 内 10-24 bp - 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 45062663-45065211(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTATCCTTATCTTCA
SmilChr02G000630 Chr02 NC_080388.1:9510749-9510763promoter 内 3868-3882 bp + 119 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 4 9504658-9510630(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAAATCTTATCCAGT
SmilChr02G002388 Chr02 NC_080388.1:41814535-41814549promoter 内 3026-3040 bp - 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 4 41812293-41813574(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGATAAT
SmilChr03G001255 Chr03 NC_080389.1:14483257-14483271promoter 内 3570-3584 bp - 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 14483688-14485015(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TACTCCTTATCCTCA
SmilChr03G001319 Chr03 NC_080389.1:15460425-15460439promoter 内 3315-3329 bp + 672 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 15458438-15459753(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GAATCCTTATCCTAA
SmilChr02G003506 Chr02 NC_080388.1:56247290-56247304promoter 内 2819-2833 bp + 1168 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 56244107-56246122(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCACCCTTATCCATT
SmilChr02G003558 Chr02 NC_080388.1:56750171-56750185promoter 内 2778-2792 bp + 1209 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 56746991-56748962(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCACCCTTATCCATT
SmilChr01G003899 Chr01 NC_080387.1:57279242-57279256promoter 内 2656-2670 bp - 1331 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 57280587-57285754(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACAATCTTATCCGCT
SmilChr02G000877 Chr02 NC_080388.1:15098715-15098729promoter 内 841-855 bp - 3146 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 15084624-15095569(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGAATAT
SmilChr01G002227 Chr01 NC_080387.1:38738478-38738492promoter 内 319-333 bp - 3668 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 38742160-38743032(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCCTCCTTATCCTCT
SmilChr02G002289 Chr02 NC_080388.1:40432699-40432713promoter 内 3323-3337 bp + 664 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 40431150-40432035(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCCTCCTTATCCTCT
SmilChr01G005034 Chr01 NC_080387.1:68290645-68290659promoter 内 2841-2855 bp - 1146 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 68288708-68289499(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGATAAT
SmilChr02G004794 Chr02 NC_080388.1:70146785-70146799promoter 内 2745-2759 bp - 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 70142479-70145543(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCGGGATAAGGATAG
SmilChr03G000898 Chr03 NC_080389.1:10264903-10264917promoter 内 2704-2718 bp + 1283 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 10261530-10263620(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTATCTTATCCAAA
SmilChr01G004612 Chr01 NC_080387.1:64082472-64082486promoter 内 2524-2538 bp - 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 64076344-64081009(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGATAAT
SmilChr02G000632 Chr02 NC_080388.1:9510749-9510763promoter 内 2332-2346 bp + 1655 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 9512418-9513257(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACTGGATAAGATTTA
SmilChr01G003081 Chr01 NC_080387.1:49651739-49651753promoter 内 2250-2264 bp - 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 49647605-49650002(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATAGGATAAGAATAG
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