转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 90 / 135 下载 TSV

上一页 90 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003677 Chr02 NC_080388.1:58146507-58146521promoter 内 375-389 bp - 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 58142824-58142895(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGGTTCCTTATCTGA
SmilChr01G003554 Chr01 NC_080387.1:54174555-54174569promoter 内 256-270 bp + 3731 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54178300-54179238(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCTCAGCTTATCCCT
SmilChr02G000859 Chr02 NC_080388.1:14760113-14760127promoter 内 190-204 bp + 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 14755255-14756316(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGGAAAA
SmilChr02G004582 Chr02 NC_080388.1:68300865-68300879promoter 内 179-193 bp + 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 68304687-68310878(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCCGTCTTATCCAT
SmilChr01G001892 Chr01 NC_080387.1:34036678-34036692promoter 内 116-130 bp + 3871 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 34040563-34041389(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTATTATTATCCTT
SmilChr01G003925 Chr01 NC_080387.1:57514440-57514454promoter 内 70-84 bp - 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 57506756-57510523(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGTACATTATCCTT
SmilChr01G002962 Chr01 NC_080387.1:48523572-48523586promoter 内 41-55 bp + 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 48514321-48519626(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGCAGTGG
SmilChr01G003907 Chr01 NC_080387.1:57363781-57363795promoter 内 31-45 bp - 3956 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 57356074-57359825(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGTACATTATCCTT
SmilChr01G005766 Chr01 NC_080387.1:73749372-73749386promoter 内 3961-3975 bp + 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 73749412-73754693(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAATTATTATCCTT
SmilChr03G002627 Chr03 NC_080389.1:41681752-41681766promoter 内 3471-3485 bp - 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 41679789-41681236(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATAAGCTTATCCAG
SmilChr03G002384 Chr03 NC_080389.1:37653820-37653834promoter 内 2691-2705 bp - 1296 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 37652021-37652524(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AACTTGCTTATCCAT
SmilChr01G004403 Chr01 NC_080387.1:62145635-62145649promoter 内 2013-2027 bp + 1974 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 62138438-62143661(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGTATGAG
SmilChr01G005764 Chr01 NC_080387.1:73749372-73749386promoter 内 538-552 bp + 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 73742587-73745923(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATAATTTG
SmilChr01G003988 Chr01 NC_080387.1:58304485-58304499promoter 内 95-109 bp + 3892 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 58308391-58311924(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGCCGCCTTATCTGC
SmilChr03G000443 Chr03 NC_080389.1:4759794-4759808promoter 内 3972-3986 bp - 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 4750249-4759779(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGTAGCTTATCCAA
SmilChr02G004689 Chr02 NC_080388.1:69207787-69207801promoter 内 3870-3884 bp + 117 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 69207208-69207670(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGAAACGT
SmilChr02G001438 Chr02 NC_080388.1:27064938-27064952promoter 内 3854-3868 bp + 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 27055530-27064805(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAATATTTTT
SmilChr01G001068 Chr01 NC_080387.1:22026668-22026682promoter 内 3457-3471 bp + 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 22024948-22026138(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATAGATAAGGGTCGT
SmilChr02G005094 Chr02 NC_080388.1:72516077-72516091promoter 内 3430-3444 bp - 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 72516648-72521259(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATATAGTG
SmilChr03G002492 Chr03 NC_080389.1:39679454-39679468promoter 内 3330-3344 bp + 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 39676587-39678797(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGCAGCAG
SmilChr01G001471 Chr01 NC_080387.1:28485152-28485166promoter 内 3229-3243 bp + 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 28485924-28487495(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTAAGATTATCCTC
SmilChr02G002478 Chr02 NC_080388.1:43165426-43165440promoter 内 3019-3033 bp + 968 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 43161796-43164458(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGCTACAC
SmilChr03G000524 Chr03 NC_080389.1:5621351-5621365promoter 内 2956-2970 bp - 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 5622396-5628473(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGCTGTTT
SmilChr01G004867 Chr01 NC_080387.1:66795284-66795298promoter 内 2403-2417 bp + 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 66790523-66793700(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGGGATAAGGACACG
SmilChr03G000598 Chr03 NC_080389.1:6628662-6628676promoter 内 2018-2032 bp + 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 6623155-6626693(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCTGATAAGGAATAC
SmilChr02G005294 Chr02 NC_080388.1:73926189-73926203promoter 内 1967-1981 bp + 2020 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 73922742-73924169(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAGATAAGGCACCA
SmilChr01G000857 Chr01 NC_080387.1:18474891-18474905promoter 内 1963-1977 bp + 2024 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 18476929-18480272(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCATGCCTTATCTTA
SmilChr02G000514 Chr02 NC_080388.1:7106031-7106045promoter 内 1434-1448 bp - 2553 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 7108598-7108704(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAACAACGGA
SmilChr02G002960 Chr02 NC_080388.1:50130505-50130519promoter 内 769-783 bp - 3218 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 50133737-50134500(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATGTCTAT
SmilChr02G005399 Chr02 NC_080388.1:74558282-74558296promoter 内 557-571 bp - 3430 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 74561726-74562319(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATCTTAAA
SmilChr01G000999 Chr01 NC_080387.1:21052760-21052774promoter 内 501-515 bp + 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 21056260-21059172(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAACACATTATCCTA
SmilChr02G002901 Chr02 NC_080388.1:49303219-49303233promoter 内 472-486 bp + 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 49292824-49299704(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATGTCTAT
SmilChr02G001958 Chr02 NC_080388.1:35339802-35339816promoter 内 371-385 bp - 3616 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 35343432-35344730(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAACATGATT
SmilChr02G005400 Chr02 NC_080388.1:74558282-74558296promoter 内 75-89 bp - 3912 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 74562208-74563463(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATCTTAAA
SmilChr02G005311 Chr02 NC_080388.1:74004785-74004799promoter 内 3912-3926 bp - 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 74004874-74006424(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGATAAGGCCAAT
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