转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003745; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007655-RA_Salv SmilChr04G003745 C2H2 XP_057809144.1 MP00416 TGTAGTAG

可能结合的靶基因

9716 个结合位点 6433 个候选靶基因 第 90 / 129 下载 TSV

上一页 90 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005701 Chr01 NC_080387.1:73264000-73264007promoter 内 563-570 bp + 3431 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 73257396-73260569(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G000370 Chr02 NC_080388.1:4707708-4707715promoter 内 562-569 bp - 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 4699575-4704276(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G002360 Chr01 NC_080387.1:40773792-40773799promoter 内 561-568 bp + 3433 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 40764308-40770359(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G000473 Chr02 NC_080388.1:6473188-6473195promoter 内 552-559 bp - 3442 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 6467041-6469746(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G003905 Chr02 NC_080388.1:61129940-61129947promoter 内 552-559 bp - 3442 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 61122350-61126498(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G000419 Chr01 NC_080387.1:8453599-8453606promoter 内 551-558 bp - 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 8457049-8457720(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G003171 Chr01 NC_080387.1:50513724-50513731promoter 内 550-557 bp + 3444 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 50517175-50521717(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G000570 Chr02 NC_080388.1:8046122-8046129promoter 内 538-545 bp - 3456 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 8049585-8051478(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G004840 Chr02 NC_080388.1:70537426-70537433promoter 内 538-545 bp - 3456 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 70524776-70533970(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G000524 Chr02 NC_080388.1:7217015-7217022promoter 内 536-543 bp - 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 7220480-7224847(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G003789 Chr02 NC_080388.1:59528040-59528047promoter 内 534-541 bp - 3460 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 59531507-59532062(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G003800 Chr02 NC_080388.1:59635677-59635684promoter 内 532-539 bp - 3462 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 59631682-59632215(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G001953 Chr01 NC_080387.1:34745577-34745584promoter 内 525-532 bp + 3469 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 34739024-34742108(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G004787 Chr01 NC_080387.1:66099029-66099036promoter 内 523-530 bp - 3471 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 66093412-66095558(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G002204 Chr02 NC_080388.1:39263364-39263371promoter 内 522-529 bp + 3472 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 39257977-39259892(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G003784 Chr02 NC_080388.1:59516789-59516796promoter 内 522-529 bp - 3472 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 59511130-59513317(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G002566 Chr01 NC_080387.1:43770646-43770653promoter 内 521-528 bp + 3473 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 43764827-43767173(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G002832 Chr01 NC_080387.1:46930102-46930109promoter 内 520-527 bp + 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 46933583-46934074(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G000072 Chr02 NC_080388.1:908938-908945promoter 内 520-527 bp + 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 904943-905464(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G004756 Chr01 NC_080387.1:65755488-65755495promoter 内 506-513 bp + 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 65758983-65762736(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G001475 Chr02 NC_080388.1:27546837-27546844promoter 内 498-505 bp - 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 27550340-27554003(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G003100 Chr01 NC_080387.1:49812780-49812787promoter 内 495-502 bp + 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 49805545-49809281(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G003010 Chr02 NC_080388.1:50732617-50732624promoter 内 490-497 bp + 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 50724003-50729113(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G001422 Chr02 NC_080388.1:26823140-26823147promoter 内 488-495 bp - 3506 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 26826653-26827854(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G003704 Chr01 NC_080387.1:55418509-55418516promoter 内 487-494 bp - 3507 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 55410798-55415002(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G002691 Chr01 NC_080387.1:45143113-45143120promoter 内 486-493 bp + 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 45146628-45150823(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G004289 Chr01 NC_080387.1:61090590-61090597promoter 内 477-484 bp - 3517 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 61094114-61095645(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G000016 Chr02 NC_080388.1:121063-121070promoter 内 467-474 bp + 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 124597-127887(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G002176 Chr02 NC_080388.1:38987716-38987723promoter 内 463-470 bp - 3531 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 38980129-38984185(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G000290 Chr01 NC_080387.1:5675050-5675057promoter 内 454-461 bp - 3540 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 5678597-5681222(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G001328 Chr02 NC_080388.1:24739275-24739282promoter 内 451-458 bp - 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 24742825-24747007(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr02G002008 Chr02 NC_080388.1:36225969-36225976promoter 内 451-458 bp - 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 36216486-36222426(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr03G000647 Chr03 NC_080389.1:7210915-7210922promoter 内 445-452 bp + 3549 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 7207260-7207366(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
SmilChr01G003689 Chr01 NC_080387.1:55273358-55273365promoter 内 431-438 bp - 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 55267026-55269795(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G002305 Chr02 NC_080388.1:40671845-40671852promoter 内 429-436 bp - 3565 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 40666821-40668280(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G002379 Chr01 NC_080387.1:40979253-40979260promoter 内 428-435 bp + 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 40982826-40983834(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr02G001522 Chr02 NC_080388.1:28356094-28356101promoter 内 396-403 bp - 3598 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 28350071-28352496(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
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SmilChr02G001010 Chr02 NC_080388.1:17855267-17855274promoter 内 389-396 bp + 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 17848167-17851662(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA
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SmilChr01G002067 Chr01 NC_080387.1:36528028-36528035promoter 内 349-356 bp - 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 36522430-36524383(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr01G005191 Chr01 NC_080387.1:69609450-69609457promoter 内 348-355 bp - 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 69604796-69605804(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAA
SmilChr03G000403 Chr03 NC_080389.1:4395342-4395349promoter 内 348-355 bp + 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 4391247-4391696(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TTACTACA