转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G000836; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008579-RA_Salv SmilChr07G000836 MYB_related XP_057772437.1 MP00568 TATGGATAAGGTTAT

可能结合的靶基因

9696 个结合位点 6611 个候选靶基因 第 90 / 133 下载 TSV

上一页 90 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003894 Chr02 NC_080388.1:61026883-61026897promoter 内 1073-1087 bp + 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 61019991-61023969(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTAAAGTTATCCAAA
SmilChr01G000553 Chr01 NC_080387.1:11512637-11512651promoter 内 1024-1038 bp - 2963 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 11505769-11509674(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAATGAGAA
SmilChr03G000790 Chr03 NC_080389.1:9003616-9003630promoter 内 944-958 bp + 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 9006673-9007268(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTAAGATAAGGGTTT
SmilChr01G003845 Chr01 NC_080387.1:56774510-56774524promoter 内 939-953 bp - 3048 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 56767810-56771462(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CAAGGATAAGGACCA
SmilChr03G001101 Chr03 NC_080389.1:12672181-12672195promoter 内 935-949 bp + 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 12675247-12676599(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATTGATAAGGATGC
SmilChr01G002451 Chr01 NC_080387.1:42108005-42108019promoter 内 916-930 bp - 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 42096023-42104934(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCTGGATAAGTTCCA
SmilChr02G002125 Chr02 NC_080388.1:38021151-38021165promoter 内 798-812 bp - 3189 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 38015292-38017962(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAATGAGGC
SmilChr02G002709 Chr02 NC_080388.1:46960528-46960542promoter 内 780-794 bp + 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 46957238-46957321(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAATCCTTATCAAGA
SmilChr02G003650 Chr02 NC_080388.1:57889654-57889668promoter 内 768-782 bp - 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 57880193-57886435(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGGAGATAAGGGGTC
SmilChr01G004819 Chr01 NC_080387.1:66376042-66376056promoter 内 748-762 bp - 3239 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 66379295-66382038(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGGTACTTATCCACT
SmilChr01G003819 Chr01 NC_080387.1:56548938-56548952promoter 内 619-633 bp + 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 56542953-56545570(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGGTCCTTATCCTTG
SmilChr01G000305 Chr01 NC_080387.1:5949090-5949104promoter 内 570-584 bp + 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 5952521-5955281(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATTGATAAGGTAGC
SmilChr02G005192 Chr02 NC_080388.1:73199027-73199041promoter 内 460-474 bp - 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 73202568-73203346(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACAAACTTATCCTGG
SmilChr02G000895 Chr02 NC_080388.1:15390641-15390655promoter 内 397-411 bp + 3590 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 15394245-15399848(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCTGGATAAGCATAG
SmilChr01G004341 Chr01 NC_080387.1:61579100-61579114promoter 内 394-408 bp - 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 61582707-61585261(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACTTTCTTATCCCCC
SmilChr01G000143 Chr01 NC_080387.1:2429936-2429950promoter 内 353-367 bp + 3634 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 2425303-2426302(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTTTCTTATCCTCG
SmilChr01G001493 Chr01 NC_080387.1:28733027-28733041promoter 内 207-221 bp - 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 28736821-28737817(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGAGTCTTATCCTTG
SmilChr02G002536 Chr02 NC_080388.1:44140826-44140840promoter 内 189-203 bp + 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 44134396-44137028(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATTTGTTATCCACT
SmilChr03G001325 Chr03 NC_080389.1:15513534-15513548promoter 内 155-169 bp + 3832 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 15517380-15519261(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAGGGATAAGAAACC
SmilChr02G001722 Chr02 NC_080388.1:31692918-31692932promoter 内 139-153 bp + 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 31687898-31689070(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTGGCCTTATCAACT
SmilChr03G001422 Chr03 NC_080389.1:16840185-16840199promoter 内 139-153 bp - 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 16834462-16836337(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAGGGATAAGAAACC
SmilChr01G000324 Chr01 NC_080387.1:6405422-6405436promoter 内 125-139 bp - 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 6409298-6410059(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCGATCTTATCCCAG
SmilChr01G000562 Chr01 NC_080387.1:11670965-11670979promoter 内 124-138 bp - 3863 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 11666755-11667102(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAACAAAAT
SmilChr01G000093 Chr01 NC_080387.1:1668473-1668487promoter 内 10-24 bp + 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 1661439-1664496(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGATGCTTATCCCTT
SmilChr03G001017 Chr03 NC_080389.1:11707328-11707342promoter 内 3853-3867 bp - 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 4 11707476-11708342(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCATCTTATCCGAC
SmilChr01G001866 Chr01 NC_080387.1:33641859-33641873promoter 内 2432-2446 bp + 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 4 33643428-33644575(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAACAATCT
SmilChr01G002296 Chr01 NC_080387.1:39782882-39782896promoter 内 857-871 bp + 3130 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 4 39786026-39787044(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATGAGATAAGGGAAC
SmilChr01G003727 Chr01 NC_080387.1:55592178-55592192promoter 内 3703-3717 bp + 284 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 3 55588948-55591894(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACCACCTTATCTCTC
SmilChr02G001416 Chr02 NC_080388.1:26783727-26783741promoter 内 3531-3545 bp + 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 3 26779584-26783271(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACCACCTTATCTCTC
SmilChr02G003627 Chr02 NC_080388.1:57609327-57609341promoter 内 3166-3180 bp - 821 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 3 57610162-57614313(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTGTACTTATCCCTA
SmilChr01G004858 Chr01 NC_080387.1:66745747-66745761promoter 内 2150-2164 bp - 1837 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 3 66740836-66743910(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAATACTTT
SmilChr01G004859 Chr01 NC_080387.1:66745747-66745761promoter 内 2045-2059 bp - 1942 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 3 66747703-66749896(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAGTATTATCCACT
SmilChr01G005799 Chr01 NC_080387.1:74062980-74062994promoter 内 1898-1912 bp - 2089 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 3 74065083-74068284(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACCACCTTATCTCTC
SmilChr01G001941 Chr01 NC_080387.1:34585903-34585917promoter 内 1827-1841 bp - 2160 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 3 34588077-34591403(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCGTCGTTATCCAGT
SmilChr02G001118 Chr02 NC_080388.1:20157021-20157035promoter 内 1525-1539 bp + 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 3 20154472-20154559(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CGAAGCTTATCCAGG
SmilChr03G000896 Chr03 NC_080389.1:10254161-10254175promoter 内 1496-1510 bp + 2491 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 3 10248297-10251670(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATAAAGTTATCCATT
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SmilChr02G003975 Chr02 NC_080388.1:62021125-62021139promoter 内 3291-3305 bp - 696 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 62018383-62020429(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GAGAGATAAGGTGGT
SmilChr01G001094 Chr01 NC_080387.1:22387259-22387273promoter 内 3264-3278 bp - 723 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 22386464-22386536(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GACAGATAAGGTCAG
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