转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021741-RA_Salv SmilChr01G004920 MYB_related XP_057788125.1 MP00607 TTTAGGTTG

可能结合的靶基因

9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 91 / 128 下载 TSV

上一页 91 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004432 Chr02 NC_080388.1:66688843-66688851promoter 内 2454-2462 bp - 1539 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 4 66678498-66687304(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTT
SmilChr02G002523 Chr02 NC_080388.1:43884044-43884052promoter 内 3628-3636 bp - 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 43884417-43886031(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAT
SmilChr01G004063 Chr01 NC_080387.1:59051822-59051830promoter 内 3038-3046 bp + 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 59048029-59050867(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAT
SmilChr01G003012 Chr01 NC_080387.1:49157718-49157726promoter 内 2669-2677 bp + 1324 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 49159050-49166685(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTT
SmilChr01G005761 Chr01 NC_080387.1:73712356-73712364promoter 内 2231-2239 bp - 1762 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 73714126-73716841(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAT
SmilChr01G000609 Chr01 NC_080387.1:13465222-13465230promoter 内 1870-1878 bp - 2123 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 13460631-13463099(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTT
SmilChr02G004656 Chr02 NC_080388.1:68973191-68973199promoter 内 1795-1803 bp + 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 68975397-68976452(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTT
SmilChr02G002651 Chr02 NC_080388.1:45945787-45945795promoter 内 1696-1704 bp - 2297 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 45937413-45943490(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTT
SmilChr02G005151 Chr02 NC_080388.1:72889165-72889173promoter 内 1641-1649 bp + 2352 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 72886312-72886813(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAT
SmilChr02G000992 Chr02 NC_080388.1:17444871-17444879promoter 内 1633-1641 bp + 2360 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 17438728-17442511(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAT
SmilChr02G005471 Chr02 NC_080388.1:74982200-74982208promoter 内 1372-1380 bp - 2621 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 74977964-74979579(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTT
SmilChr01G004225 Chr01 NC_080387.1:60615638-60615646promoter 内 1091-1099 bp - 2902 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 60618548-60619246(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAT
SmilChr01G002189 Chr01 NC_080387.1:38044846-38044854promoter 内 137-145 bp + 3856 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 38039935-38040990(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAT
SmilChr01G003931 Chr01 NC_080387.1:57597657-57597665promoter 内 3979-3987 bp + 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 57594909-57597643(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAT
SmilChr02G004028 Chr02 NC_080388.1:62558711-62558719promoter 内 3966-3974 bp + 27 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 62558746-62562572(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTT
SmilChr02G003286 Chr02 NC_080388.1:54151830-54151838promoter 内 3945-3953 bp + 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 54149753-54151782(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAT
SmilChr01G002176 Chr01 NC_080387.1:37859586-37859594promoter 内 3941-3949 bp + 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 37858811-37859534(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAT
SmilChr02G000448 Chr02 NC_080388.1:5862046-5862054promoter 内 3935-3943 bp + 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 5859652-5861988(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAT
SmilChr02G001757 Chr02 NC_080388.1:32308611-32308619promoter 内 3909-3917 bp + 84 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 32308703-32310653(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTT
SmilChr02G005328 Chr02 NC_080388.1:74134971-74134979promoter 内 3898-3906 bp + 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 74129528-74134876(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAT
SmilChr01G001823 Chr01 NC_080387.1:33175630-33175638promoter 内 3881-3889 bp - 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 33175750-33178273(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAT
SmilChr02G005321 Chr02 NC_080388.1:74134971-74134979promoter 内 3863-3871 bp + 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 74096698-74134841(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAT
SmilChr02G004863 Chr02 NC_080388.1:70757062-70757070promoter 内 3742-3750 bp - 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 70757321-70760043(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAT
SmilChr01G003207 Chr01 NC_080387.1:50856463-50856471promoter 内 3631-3639 bp + 362 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 50856833-50858826(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTT
SmilChr02G001261 Chr02 NC_080388.1:23119160-23119168promoter 内 3575-3583 bp + 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 23119586-23122429(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTT
SmilChr02G001690 Chr02 NC_080388.1:31159096-31159104promoter 内 3554-3562 bp - 439 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 31159543-31170581(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAT
SmilChr01G001163 Chr01 NC_080387.1:23618775-23618783promoter 内 3481-3489 bp + 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 23617057-23618263(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAT
SmilChr01G004369 Chr01 NC_080387.1:61873408-61873416promoter 内 3465-3473 bp + 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 61873944-61875652(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTT
SmilChr02G004278 Chr02 NC_080388.1:64975704-64975712promoter 内 3442-3450 bp + 551 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 64976263-64976652(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTT
SmilChr01G004773 Chr01 NC_080387.1:65922316-65922324promoter 内 3363-3371 bp - 630 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 65922954-65924552(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAT
SmilChr01G002041 Chr01 NC_080387.1:36086849-36086857promoter 内 3260-3268 bp + 733 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 36082558-36086116(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAT
SmilChr01G005922 Chr01 NC_080387.1:75039681-75039689promoter 内 3216-3224 bp - 777 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 75037416-75038904(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTT
SmilChr01G006064 Chr01 NC_080387.1:76062316-76062324promoter 内 3199-3207 bp + 794 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 76063118-76066924(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTT
SmilChr01G001426 Chr01 NC_080387.1:27902990-27902998promoter 内 3146-3154 bp + 847 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 27899043-27902143(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAT
SmilChr01G001370 Chr01 NC_080387.1:27045213-27045221promoter 内 2974-2982 bp + 1019 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 27046240-27050291(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTT
SmilChr01G004403 Chr01 NC_080387.1:62144768-62144776promoter 内 2886-2894 bp + 1107 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 62138438-62143661(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAT
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