转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 91 / 134 下载 TSV

上一页 91 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001250 Chr01 NC_080387.1:25115453-25115467promoter 内 1228-1242 bp + 2759 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 25111939-25112694(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCCATCATTAATCCT
SmilChr02G003566 Chr02 NC_080388.1:56828612-56828626promoter 内 1201-1215 bp + 2786 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 56831412-56833232(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATCTTAATGATTAA
SmilChr03G001955 Chr03 NC_080389.1:27968114-27968128promoter 内 1130-1144 bp - 2857 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 27951797-27965257(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTCCATAATGATTGT
SmilChr02G002981 Chr02 NC_080388.1:50375947-50375961promoter 内 1052-1066 bp - 2935 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 50370905-50373012(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGCACTAATGATTGT
SmilChr01G001527 Chr01 NC_080387.1:29257979-29257993promoter 内 1045-1059 bp + 2942 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 29249616-29255037(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACCC
SmilChr01G005632 Chr01 NC_080387.1:72770975-72770989promoter 内 1002-1016 bp + 2985 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 72766936-72767990(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTATCATTACAACC
SmilChr03G002826 Chr03 NC_080389.1:44752098-44752112promoter 内 1000-1014 bp - 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 44748438-44749111(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTTGTAATGATAAT
SmilChr01G004715 Chr01 NC_080387.1:65362277-65362291promoter 内 930-944 bp + 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 65353955-65359220(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTAGACCA
SmilChr03G003252 Chr03 NC_080389.1:50389383-50389397promoter 内 912-926 bp + 3075 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 50392472-50396682(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCTGTAATGATTGA
SmilChr01G001844 Chr01 NC_080387.1:33402364-33402378promoter 内 901-915 bp - 3086 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 33396188-33399278(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAGCAAATGATTAC
SmilChr01G000398 Chr01 NC_080387.1:8163706-8163720promoter 内 881-895 bp + 3106 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 8166826-8167535(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGAAGTAATAATTAT
SmilChr01G003138 Chr01 NC_080387.1:50169720-50169734promoter 内 856-870 bp + 3131 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 50165129-50166589(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTAAATTA
SmilChr02G002731 Chr02 NC_080388.1:47224125-47224139promoter 内 847-861 bp + 3140 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 47227279-47232620(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAACCTAATGATAAC
SmilChr01G005558 Chr01 NC_080387.1:72401432-72401446promoter 内 754-768 bp - 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 72395385-72398199(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATAGTAATGATTTT
SmilChr03G000560 Chr03 NC_080389.1:6089041-6089055promoter 内 619-633 bp - 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 6092423-6094576(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCAGCGTT
SmilChr01G005529 Chr01 NC_080387.1:72156429-72156443promoter 内 591-605 bp - 3396 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 72149820-72153033(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAAGTAATTATTAG
SmilChr02G002879 Chr02 NC_080388.1:49049726-49049740promoter 内 475-489 bp + 3512 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 49053252-49058102(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGCACTAATGATTGT
SmilChr02G003521 Chr02 NC_080388.1:56387681-56387695promoter 内 452-466 bp - 3535 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 56382676-56384146(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATGGTTATGATTAT
SmilChr01G004406 Chr01 NC_080387.1:62165964-62165978promoter 内 444-458 bp - 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 62160552-62162421(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATGATAATGATGTT
SmilChr01G004361 Chr01 NC_080387.1:61805418-61805432promoter 内 417-431 bp - 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 61797285-61801848(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATTAATGATTAT
SmilChr02G005058 Chr02 NC_080388.1:72282383-72282397promoter 内 226-240 bp + 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 72286158-72286228(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATATTTAATGATTAT
SmilChr02G005481 Chr02 NC_080388.1:75028879-75028893promoter 内 164-178 bp - 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 75023016-75025056(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCTGTAATGATTGA
SmilChr01G005644 Chr01 NC_080387.1:72852745-72852759promoter 内 88-102 bp + 3899 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 72856658-72859105(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATGATAATGATGTT
SmilChr02G003668 Chr02 NC_080388.1:58076052-58076066promoter 内 47-61 bp - 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 58067179-58072112(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTGGTTAATGATGAT
SmilChr01G005372 Chr01 NC_080387.1:70943385-70943399promoter 内 19-33 bp - 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 70947367-70952470(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTAGAGTA
SmilChr02G000193 Chr02 NC_080388.1:2412202-2412216promoter 内 3432-3446 bp + 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 2412771-2413870(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATTGAAATGATTGG
SmilChr02G002654 Chr02 NC_080388.1:45991812-45991826promoter 内 2770-2784 bp + 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 45980148-45990595(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTATCATTACATTA
SmilChr01G000495 Chr01 NC_080387.1:10096315-10096329promoter 内 562-576 bp + 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 10099754-10101707(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATCGTAATGATTTG
SmilChr03G001107 Chr03 NC_080389.1:12754038-12754052promoter 内 212-226 bp + 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 12757827-12758819(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAAATAATGATGTC
SmilChr03G000922 Chr03 NC_080389.1:10532994-10533008promoter 内 3960-3974 bp + 27 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 10533035-10533944(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTAAAATGATTAT
SmilChr01G000124 Chr01 NC_080387.1:2066773-2066787promoter 内 3916-3930 bp - 71 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 2062576-2066702(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAAGGAAATGATTAA
SmilChr02G002677 Chr02 NC_080388.1:46351987-46352001promoter 内 3751-3765 bp + 236 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 46349234-46351751(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTAGTCAA
SmilChr01G000501 Chr01 NC_080387.1:10172634-10172648promoter 内 3741-3755 bp + 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 10172894-10175787(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGCACTAATGATTAG
SmilChr03G002090 Chr03 NC_080389.1:32186971-32186985promoter 内 3705-3719 bp + 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 32184231-32186689(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATAATT
SmilChr02G003854 Chr02 NC_080388.1:60301201-60301215promoter 内 3544-3558 bp - 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 60301658-60305107(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTATAATT
SmilChr01G004120 Chr01 NC_080387.1:59723673-59723687promoter 内 3531-3545 bp - 456 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 59723147-59723217(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAAAGATGATTAC
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