转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 92 / 137 下载 TSV

上一页 92 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002687 Chr01 NC_080387.1:45083692-45083706promoter 内 658-672 bp - 3329 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 45087035-45090326(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TCCGTCCACGTGGCG
SmilChr05G002284 Chr05 NC_080391.1:24584831-24584845promoter 内 654-668 bp + 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 24588178-24591246(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCGCGCCT
SmilChr06G001338 Chr06 NC_080392.1:13918458-13918472promoter 内 640-654 bp - 3347 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 13921819-13923194(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTTGGCGACGTGGGA
SmilChr05G001520 Chr05 NC_080391.1:13920812-13920826promoter 内 564-578 bp + 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 13924249-13926447(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGTTCTA
SmilChr01G004222 Chr01 NC_080387.1:60587023-60587037promoter 内 517-531 bp - 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 60582237-60583553(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTGTCCTGA
SmilChr01G002240 Chr01 NC_080387.1:38945828-38945842promoter 内 516-530 bp - 3471 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 38949313-38953240(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GATAAAGACGTGGCG
SmilChr01G005045 Chr01 NC_080387.1:68379046-68379060promoter 内 501-515 bp + 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 68382546-68386868(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTCCACGTCATCGCC
SmilChr06G000908 Chr06 NC_080392.1:8556256-8556270promoter 内 474-488 bp - 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 8559783-8565456(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTGCAGACGTGGAC
SmilChr06G000903 Chr06 NC_080392.1:8511822-8511836promoter 内 444-458 bp + 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 8502533-8508279(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTGCAGACGTGGAC
SmilChr02G005311 Chr02 NC_080388.1:74001288-74001302promoter 内 415-429 bp - 3572 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 74004874-74006424(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTGCCAACGTGGCA
SmilChr03G002772 Chr03 NC_080389.1:44114947-44114961promoter 内 317-331 bp - 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 44118631-44121461(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAGATGACGTGGAT
SmilChr05G003350 Chr05 NC_080391.1:44217716-44217730promoter 内 293-307 bp - 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 44221424-44224741(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTGATGACGTGTCT
SmilChr04G000845 Chr04 NC_080390.1:10684464-10684478promoter 内 266-280 bp - 3721 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 10688199-10689450(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGGCGACACGTGGCA
SmilChr04G003769 Chr04 NC_080390.1:53913982-53913996promoter 内 237-251 bp + 3750 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 53908108-53910232(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGTTCCACGTGGCG
SmilChr02G000329 Chr02 NC_080388.1:4206422-4206436promoter 内 235-249 bp - 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 4201138-4202670(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAACTAAT
SmilChr02G000332 Chr02 NC_080388.1:4214410-4214424promoter 内 235-249 bp - 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 4209441-4210658(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAACTAAT
SmilChr05G004152 Chr05 NC_080391.1:55449645-55449659promoter 内 220-234 bp - 3767 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 55453426-55456801(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCGATGACGTGGAC
SmilChr03G004618 Chr03 NC_080389.1:63884636-63884650promoter 内 192-206 bp + 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 63880094-63880841(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGTGATGACGTGGAT
SmilChr04G000966 Chr04 NC_080390.1:12957404-12957418promoter 内 156-170 bp - 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 12961249-12964204(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATAATTGACGTGGCA
SmilChr05G004383 Chr05 NC_080391.1:57322639-57322653promoter 内 128-142 bp + 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 57310871-57318780(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTGTCCACGTGGCT
SmilChr08G002504 Chr08 NC_080394.1:24058883-24058897promoter 内 121-135 bp - 3866 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 24062763-24065488(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CCAGCTGACGTGTCT
SmilChr02G004389 Chr02 NC_080388.1:66255332-66255346promoter 内 43-57 bp - 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 66248834-66251388(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGACACGTCAGAGAA
SmilChr07G001840 Chr07 NC_080393.1:15880117-15880131promoter 内 23-37 bp + 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 15872909-15876153(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGGAACACGTGGCT
SmilChr08G000654 Chr08 NC_080394.1:4854844-4854858promoter 内 2379-2393 bp - 1608 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 3 4856466-4859601(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATTTACACGTGGCA
SmilChr05G004238 Chr05 NC_080391.1:56205058-56205072promoter 内 1972-1986 bp + 2015 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 3 56201389-56203043(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAACTGACGTGGAA
SmilChr04G003388 Chr04 NC_080390.1:50442086-50442100promoter 内 3921-3935 bp - 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 50442166-50443160(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GACCGCCACGTGGCG
SmilChr06G001572 Chr06 NC_080392.1:17171393-17171407promoter 内 3828-3842 bp + 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 17164366-17171234(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATTTACACGTGGCA
SmilChr07G002807 Chr07 NC_080393.1:28076491-28076505promoter 内 3432-3446 bp - 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 28074912-28075936(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTATGATAT
SmilChr03G000482 Chr03 NC_080389.1:5131934-5131948promoter 内 3293-3307 bp - 694 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 5127291-5131240(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCACTTTT
SmilChr01G004353 Chr01 NC_080387.1:61727459-61727473promoter 内 3188-3202 bp + 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 61726229-61726660(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TCCGAAGACGTGGCC
SmilChr03G003421 Chr03 NC_080389.1:52542968-52542982promoter 内 3027-3041 bp - 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 52543942-52546964(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATTTACACGTGGCA
SmilChr03G003420 Chr03 NC_080389.1:52542968-52542982promoter 内 2911-2925 bp - 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 52539660-52541892(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTAAATT
SmilChr08G004711 Chr08 NC_080394.1:56534960-56534974promoter 内 2879-2893 bp + 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 56531423-56533852(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAATTGACGTGGCG
SmilChr06G002464 Chr06 NC_080392.1:35469728-35469742promoter 内 2648-2662 bp + 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 35471081-35474045(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCACTTTT
SmilChr04G002942 Chr04 NC_080390.1:45714136-45714150promoter 内 2618-2632 bp + 1369 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 45711964-45712767(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGTTTTGACGTGTCA
SmilChr04G003389 Chr04 NC_080390.1:50442086-50442100promoter 内 2493-2507 bp - 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 50443594-50446240(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GACCGCCACGTGGCG
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