转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002704; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005062-RA_Salv SmilChr04G002704 ERF XP_057807081.1 MP00026 CACCGACCAT

可能结合的靶基因

9854 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 92 / 149 下载 TSV

上一页 92 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003628 Chr01 NC_080387.1:54824106-54824115promoter 内 472-481 bp - 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 54817452-54820586(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGAG
SmilChr01G001925 Chr01 NC_080387.1:34400964-34400973promoter 内 428-437 bp + 3564 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 34395602-34397400(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTCGTCGGTG
SmilChr02G004478 Chr02 NC_080388.1:67198753-67198762promoter 内 428-437 bp - 3564 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 67185667-67195189(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCCG
SmilChr03G002285 Chr03 NC_080389.1:36034343-36034352promoter 内 407-416 bp - 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 36027752-36030758(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GACCGACCCA
SmilChr02G001195 Chr02 NC_080388.1:21983600-21983609promoter 内 375-384 bp - 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 21987226-21988501(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGGGTCGGTT
SmilChr06G001963 Chr06 NC_080392.1:24469035-24469044promoter 内 357-366 bp + 3635 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 24472679-24474170(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCCG
SmilChr05G002841 Chr05 NC_080391.1:33730593-33730602promoter 内 351-360 bp + 3641 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 33734243-33740310(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGAG
SmilChr03G003833 Chr03 NC_080389.1:57479595-57479604promoter 内 346-355 bp - 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 57472549-57475949(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGAG
SmilChr06G000760 Chr06 NC_080392.1:7027873-7027882promoter 内 325-334 bp - 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 7031549-7034548(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGGGTCGGTC
SmilChr01G003645 Chr01 NC_080387.1:54941635-54941644promoter 内 314-323 bp - 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 54934911-54937957(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACGAG
SmilChr03G002737 Chr03 NC_080389.1:43497207-43497216promoter 内 277-286 bp - 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 43500931-43503338(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGGGTCGGTT
SmilChr02G004678 Chr02 NC_080388.1:69112603-69112612promoter 内 270-279 bp - 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 69116334-69125127(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTCGTCGGTG
SmilChr02G004034 Chr02 NC_080388.1:62636956-62636965promoter 内 220-229 bp + 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 62630314-62633184(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGGGTCGGTT
SmilChr04G001581 Chr04 NC_080390.1:26292316-26292325promoter 内 184-193 bp + 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 26296133-26297296(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCCG
SmilChr02G002477 Chr02 NC_080388.1:43149270-43149279promoter 内 182-191 bp + 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 43153089-43160224(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCCG
SmilChr05G004006 Chr05 NC_080391.1:53989829-53989838promoter 内 167-176 bp - 3825 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 53993663-53995277(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTCGTCGGTG
SmilChr01G004331 Chr01 NC_080387.1:61460121-61460130promoter 内 157-166 bp + 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 61454574-61456286(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGGGTCGGTT
SmilChr02G003841 Chr02 NC_080388.1:60131617-60131626promoter 内 146-155 bp - 3846 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 60135472-60136046(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGGGTCGGTT
SmilChr05G000047 Chr05 NC_080391.1:218640-218649promoter 内 110-119 bp - 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 222531-225167(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGGGTCGGTC
SmilChr01G004039 Chr01 NC_080387.1:58817367-58817376promoter 内 94-103 bp + 3898 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 58813397-58813469(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGGGTCGGTC
SmilChr01G004172 Chr01 NC_080387.1:60197036-60197045promoter 内 85-94 bp - 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 60200952-60202141(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGGGTCGGTT
SmilChr03G001552 Chr03 NC_080389.1:19553546-19553555promoter 内 61-70 bp - 3931 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 19557486-19558284(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGGGTCGGTT
SmilChr03G003017 Chr03 NC_080389.1:47084261-47084270promoter 内 61-70 bp - 3931 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 47078899-47080330(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCCG
SmilChr04G003261 Chr04 NC_080390.1:49336194-49336203promoter 内 46-55 bp + 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 49329302-49332248(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TGGGTCGGTC
SmilChr06G001713 Chr06 NC_080392.1:19728267-19728276promoter 内 40-49 bp + 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 19722674-19724315(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTCGTCGGTG
SmilChr02G004084 Chr02 NC_080388.1:63108058-63108067promoter 内 39-48 bp + 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 63112020-63117061(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GACCGACCCA
SmilChr01G000262 Chr01 NC_080387.1:5087536-5087545promoter 内 26-35 bp + 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 5059298-5083570(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTCGTCGGTG
SmilChr05G003946 Chr05 NC_080391.1:53225969-53225978promoter 内 11-20 bp - 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 53229959-53230754(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CGGGTCGGTT
SmilChr04G003418 Chr04 NC_080390.1:50771940-50771949promoter 内 5-14 bp + 3987 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 50775936-50778821(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AACCGACCCG
SmilChr02G000135 Chr02 NC_080388.1:1842075-1842084promoter 内 4-13 bp - 3988 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 1846072-1849597(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTCGTCGGTG
SmilChr03G000798 Chr03 NC_080389.1:9130661-9130670promoter 内 464-473 bp + 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 9134198-9135559(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCAT
SmilChr01G000395 Chr01 NC_080387.1:8117711-8117720promoter 内 3750-3759 bp - 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 8117962-8120106(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AATGTCGGTG
SmilChr04G004011 Chr04 NC_080390.1:55419706-55419715promoter 内 3652-3661 bp - 340 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 55420055-55421017(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGTA
SmilChr04G003174 Chr04 NC_080390.1:48423753-48423762promoter 内 3196-3205 bp + 796 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 48417993-48422957(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AATGTCGGTG
SmilChr04G000675 Chr04 NC_080390.1:7706836-7706845promoter 内 3165-3174 bp + 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 7707672-7708575(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 TACCGACCAT
SmilChr06G000924 Chr06 NC_080392.1:8774351-8774360promoter 内 2851-2860 bp + 1141 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 8775501-8781510(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACATT
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SmilChr05G002800 Chr05 NC_080391.1:32770783-32770792promoter 内 563-572 bp + 3429 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 32766332-32767354(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGTA
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SmilChr03G004482 Chr03 NC_080389.1:62928246-62928255promoter 内 495-504 bp - 3497 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 62931752-62932828(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATGGTCGGTA
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SmilChr02G003993 Chr02 NC_080388.1:62234002-62234011promoter 内 3639-3648 bp - 353 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 62230799-62233649(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACATT