转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 93 / 164 下载 TSV

上一页 93 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G001076 Chr08 NC_080394.1:8285497-8285511promoter 内 3551-3565 bp + 436 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 8279572-8285061(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACTACCTACCACTAA
SmilChr06G000073 Chr06 NC_080392.1:557891-557905promoter 内 3461-3475 bp - 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 558431-560792(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTAGCAT
SmilChr07G000198 Chr07 NC_080393.1:1279358-1279372promoter 内 3360-3374 bp + 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 1249307-1278731(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTCCAGA
SmilChr02G004923 Chr02 NC_080388.1:71245871-71245885promoter 内 3346-3360 bp + 641 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 71246526-71248861(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAATGTTAGGTGAG
SmilChr03G004025 Chr03 NC_080389.1:59230947-59230961promoter 内 3338-3352 bp + 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 59231610-59234545(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATTAGTTAGGTGAA
SmilChr03G004731 Chr03 NC_080389.1:64472077-64472091promoter 内 3288-3302 bp + 699 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 64468803-64471378(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AACACCTACCTACAA
SmilChr03G001875 Chr03 NC_080389.1:26017852-26017866promoter 内 3282-3296 bp + 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 26018571-26022345(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAATGTTAGGTGAA
SmilChr05G002601 Chr05 NC_080391.1:29222031-29222045promoter 内 3132-3146 bp - 855 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 29222900-29223946(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTTACTT
SmilChr02G005540 Chr02 NC_080388.1:75417759-75417773promoter 内 3096-3110 bp - 891 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 75418664-75420406(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTAATAA
SmilChr02G005539 Chr02 NC_080388.1:75417759-75417773promoter 内 3075-3089 bp - 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 75413636-75416847(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTATTAGTAGGTGTG
SmilChr04G001808 Chr04 NC_080390.1:29565039-29565053promoter 内 3029-3043 bp + 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 29566011-29569111(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGATCGGTAGGTGGC
SmilChr01G002683 Chr01 NC_080387.1:45044264-45044278promoter 内 2907-2921 bp - 1080 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 45041871-45043184(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATGTGGTAGGTAAT
SmilChr07G000725 Chr07 NC_080393.1:5046686-5046700promoter 内 2837-2851 bp + 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 5043385-5045536(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAACATTTC
SmilChr05G000955 Chr05 NC_080391.1:7696643-7696657promoter 内 2753-2767 bp + 1234 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 7697891-7702088(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCAAAGTAGGTGGA
SmilChr08G002586 Chr08 NC_080394.1:25189722-25189736promoter 内 2682-2696 bp + 1305 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 25187684-25188417(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTTTCAG
SmilChr03G002469 Chr03 NC_080389.1:39163435-39163449promoter 内 2630-2644 bp - 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 39164806-39166432(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCCCTT
SmilChr02G005086 Chr02 NC_080388.1:72480977-72480991promoter 内 2604-2618 bp - 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 72478046-72479594(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATGGAGTAGGTGTG
SmilChr07G004428 Chr07 NC_080393.1:56896790-56896804promoter 内 2569-2583 bp - 1418 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 56892545-56895372(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCAAAGTAGGTGGA
SmilChr03G003157 Chr03 NC_080389.1:48918347-48918361promoter 内 2515-2529 bp - 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 48915545-48916875(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACGAGAGTAGGTGAA
SmilChr05G000953 Chr05 NC_080391.1:7696643-7696657promoter 内 2494-2508 bp + 1493 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 7693114-7695150(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTTTGAT
SmilChr01G000210 Chr01 NC_080387.1:3704574-3704588promoter 内 2466-2480 bp + 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 3706109-3707727(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTTGGGTAGGTAAA
SmilChr01G003339 Chr01 NC_080387.1:52138119-52138133promoter 内 2409-2423 bp + 1578 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 52135124-52136541(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTCCCTT
SmilChr04G002205 Chr04 NC_080390.1:35712054-35712068promoter 内 2406-2420 bp - 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 35708320-35710473(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTAGGGTAGGTTAG
SmilChr04G000201 Chr04 NC_080390.1:1791033-1791047promoter 内 2363-2377 bp - 1624 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 1792671-1795130(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTTAGTT
SmilChr01G005499 Chr01 NC_080387.1:71881715-71881729promoter 内 2357-2371 bp - 1630 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 71883359-71887955(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAACCTACCATGGT
SmilChr02G003905 Chr02 NC_080388.1:61128221-61128235promoter 内 2264-2278 bp + 1723 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 61122350-61126498(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTTTATT
SmilChr01G000970 Chr01 NC_080387.1:20560919-20560933promoter 内 2156-2170 bp + 1831 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 20552989-20559088(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTAACATTTC
SmilChr05G003873 Chr05 NC_080391.1:52335935-52335949promoter 内 2106-2120 bp + 1881 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 52331474-52334054(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCTGTTC
SmilChr05G002449 Chr05 NC_080391.1:27035179-27035193promoter 内 2094-2108 bp + 1893 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 27037086-27040425(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATGAGGTAGGTAGT
SmilChr01G005631 Chr01 NC_080387.1:72766398-72766412promoter 内 2059-2073 bp + 1928 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 72760374-72764470(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATACCTACCAAAAA
SmilChr02G001144 Chr02 NC_080388.1:20778090-20778104promoter 内 1904-1918 bp + 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 20761415-20776007(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GACACCTACCTTATT
SmilChr03G000596 Chr03 NC_080389.1:6618374-6618388promoter 内 1713-1727 bp - 2274 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 6613066-6616100(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACATGGTAGGTTGA
SmilChr06G002082 Chr06 NC_080392.1:27461349-27461363promoter 内 1684-1698 bp + 2303 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 27458234-27459046(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCTTTGA
SmilChr03G004714 Chr03 NC_080389.1:64388152-64388166promoter 内 1681-1695 bp + 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 64390472-64393314(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCAAAGTAGGTGGA
SmilChr02G005088 Chr02 NC_080388.1:72480977-72480991promoter 内 1590-1604 bp - 2397 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 72483388-72484959(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTCCATC
SmilChr03G001681 Chr03 NC_080389.1:22159544-22159558promoter 内 1582-1596 bp + 2405 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 22161963-22169280(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACGTGAGTAGGTGTG
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