转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005851; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011948-RA_Salv SmilChr01G005851 MYB XP_057789306.1 MP00055 CAGATAAGGT

可能结合的靶基因

9685 个结合位点 6638 个候选靶基因 第 94 / 133 下载 TSV

上一页 94 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001448 Chr01 NC_080387.1:28181986-28181995promoter 内 3416-3425 bp + 576 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 28179537-28181410(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTCTTATCTG
SmilChr02G005425 Chr02 NC_080388.1:74717584-74717593promoter 内 3401-3410 bp - 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 74714781-74716993(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGTG
SmilChr02G000636 Chr02 NC_080388.1:9618428-9618437promoter 内 3391-3400 bp - 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 9619038-9620598(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTCTTATCTG
SmilChr01G002732 Chr01 NC_080387.1:45675933-45675942promoter 内 3116-3125 bp - 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 45676818-45680727(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTCTTATCTG
SmilChr02G003270 Chr02 NC_080388.1:53960139-53960148promoter 内 2969-2978 bp + 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 53948160-53959116(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CACTTATCTG
SmilChr02G004976 Chr02 NC_080388.1:71648950-71648959promoter 内 2794-2803 bp - 1198 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 71650157-71655342(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CACTTATCTG
SmilChr03G001060 Chr03 NC_080389.1:12297049-12297058promoter 内 2705-2714 bp + 1287 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 12298345-12300900(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGAG
SmilChr02G001981 Chr02 NC_080388.1:35752612-35752621promoter 内 2285-2294 bp - 1707 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 35748952-35750905(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAAGG
SmilChr02G001398 Chr02 NC_080388.1:26562910-26562919promoter 内 1850-1859 bp - 2142 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 26565061-26567269(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CACTTATCTG
SmilChr01G005632 Chr01 NC_080387.1:72770342-72770351promoter 内 1640-1649 bp + 2352 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 72766936-72767990(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTCTTATCTG
SmilChr01G003406 Chr01 NC_080387.1:52723444-52723453promoter 内 1464-1473 bp + 2528 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 52725981-52727578(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACGA
SmilChr02G001232 Chr02 NC_080388.1:22614051-22614060promoter 内 1254-1263 bp + 2738 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 22616798-22622085(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAAGG
SmilChr01G004363 Chr01 NC_080387.1:61819863-61819872promoter 内 953-962 bp + 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 61814118-61816824(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CACTTATCTG
SmilChr02G004142 Chr02 NC_080388.1:63746780-63746789promoter 内 946-955 bp - 3046 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 63749835-63760427(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCTTTATCTG
SmilChr01G001098 Chr01 NC_080387.1:22495851-22495860promoter 内 897-906 bp + 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 22491847-22492756(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGCTTATCTG
SmilChr03G000811 Chr03 NC_080389.1:9291426-9291435promoter 内 796-805 bp - 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 9294631-9297653(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCTTTATCTG
SmilChr02G003632 Chr02 NC_080388.1:57667585-57667594promoter 内 666-675 bp + 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 57670920-57673337(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGAG
SmilChr01G005103 Chr01 NC_080387.1:68825083-68825092promoter 内 605-614 bp + 3387 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 68818996-68821696(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCGTTATCTG
SmilChr02G001902 Chr02 NC_080388.1:34334783-34334792promoter 内 584-593 bp + 3408 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 34338200-34340347(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGTG
SmilChr01G004174 Chr01 NC_080387.1:60206842-60206851promoter 内 503-512 bp - 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 60210340-60214173(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CACTTATCTG
SmilChr02G000762 Chr02 NC_080388.1:12419148-12419157promoter 内 295-304 bp + 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 12414325-12415451(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTCTTATCTG
SmilChr01G002969 Chr01 NC_080387.1:48607734-48607743promoter 内 238-247 bp + 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 48602938-48603980(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGCTTATCTG
SmilChr02G003973 Chr02 NC_080388.1:61909846-61909855promoter 内 3982-3991 bp - 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 61907885-61909836(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACGA
SmilChr02G000955 Chr02 NC_080388.1:16595331-16595340promoter 内 3939-3948 bp + 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 16595393-16597882(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACGA
SmilChr02G001215 Chr02 NC_080388.1:22361697-22361706promoter 内 3935-3944 bp + 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 22360668-22361640(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CACTTATCTG
SmilChr02G004555 Chr02 NC_080388.1:68082000-68082009promoter 内 3924-3933 bp + 68 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 68078785-68081932(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCTTTATCTG
SmilChr01G004504 Chr01 NC_080387.1:63156065-63156074promoter 内 3862-3871 bp + 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 63156204-63164130(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACGA
SmilChr02G001060 Chr02 NC_080388.1:18841465-18841474promoter 内 3853-3862 bp + 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 18841613-18842665(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGAG
SmilChr02G004589 Chr02 NC_080388.1:68379991-68380000promoter 内 3829-3838 bp + 163 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 68377213-68379828(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCGTTATCTG
SmilChr01G005830 Chr01 NC_080387.1:74306624-74306633promoter 内 3736-3745 bp + 256 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 74302395-74306368(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGCTTATCTG
SmilChr02G005089 Chr02 NC_080388.1:72491037-72491046promoter 内 3734-3743 bp - 258 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 72485185-72490779(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACGA
SmilChr01G003064 Chr01 NC_080387.1:49500697-49500706promoter 内 3724-3733 bp - 268 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 49500974-49501057(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCTTTATCTG
SmilChr01G002370 Chr01 NC_080387.1:40886117-40886126promoter 内 3703-3712 bp - 289 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 40886415-40886816(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CTCTTATCTG
SmilChr03G000538 Chr03 NC_080389.1:5842603-5842612promoter 内 3701-3710 bp - 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 5838410-5842312(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGAG
SmilChr01G005836 Chr01 NC_080387.1:74378517-74378526promoter 内 3694-3703 bp + 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 74371627-74378219(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGCTTATCTG
SmilChr01G005210 Chr01 NC_080387.1:69733563-69733572promoter 内 3645-3654 bp - 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 69733919-69734530(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGCTTATCTG
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SmilChr01G005062 Chr01 NC_080387.1:68528482-68528491promoter 内 3563-3572 bp - 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 68528920-68531209(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CACTTATCTG
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SmilChr01G006067 Chr01 NC_080387.1:76076737-76076746promoter 内 3384-3393 bp + 608 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 76077354-76078168(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGAG
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SmilChr01G002369 Chr01 NC_080387.1:40886117-40886126promoter 内 3229-3238 bp - 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 40882399-40885354(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGAG
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SmilChr02G002466 Chr02 NC_080388.1:43014396-43014405promoter 内 3148-3157 bp + 844 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 43015249-43018157(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAACGA
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