转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 94 / 142 下载 TSV

上一页 94 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G001104 Chr08 NC_080394.1:8529555-8529569promoter 内 2684-2698 bp + 1303 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 8530872-8532107(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACTCTAG
SmilChr08G001105 Chr08 NC_080394.1:8539516-8539530promoter 内 2684-2698 bp + 1303 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 8540833-8542068(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACTCTAG
SmilChr07G004141 Chr07 NC_080393.1:53202197-53202211promoter 内 2669-2683 bp - 1318 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 53203529-53207576(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGGAAAGTAGGTGGA
SmilChr03G003012 Chr03 NC_080389.1:47019867-47019881promoter 内 2653-2667 bp - 1334 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 47021215-47022940(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTACTGGTAGGTAAT
SmilChr05G000499 Chr05 NC_080391.1:3898733-3898747promoter 内 2629-2643 bp - 1358 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 3900105-4820659(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATTTGTTAGGTGGA
SmilChr07G004231 Chr07 NC_080393.1:54590963-54590977promoter 内 2620-2634 bp - 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 54592344-54593240(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAATGGGTAGGTGGC
SmilChr04G001471 Chr04 NC_080390.1:24146927-24146941promoter 内 2595-2609 bp + 1392 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 24148333-24148852(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCAAAAA
SmilChr01G004411 Chr01 NC_080387.1:62213043-62213057promoter 内 2556-2570 bp - 1431 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 62214488-62219697(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAGTGGTAGTTATA
SmilChr04G002594 Chr04 NC_080390.1:41367820-41367834promoter 内 2550-2564 bp - 1437 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 41369271-41371661(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGTTGTAGGTGGA
SmilChr07G001572 Chr07 NC_080393.1:12966394-12966408promoter 内 2451-2465 bp - 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 12959426-12964858(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTCCAAC
SmilChr01G006054 Chr01 NC_080387.1:76019566-76019580promoter 内 2216-2230 bp - 1771 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 76021351-76024909(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTACGGTAGGTGAT
SmilChr03G002628 Chr03 NC_080389.1:41708788-41708802promoter 内 2096-2110 bp + 1891 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 41710693-41718773(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTAACTACCACTTT
SmilChr03G001021 Chr03 NC_080389.1:11817077-11817091promoter 内 2083-2097 bp - 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 11814058-11815173(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCACCTACCTGTTC
SmilChr08G001538 Chr08 NC_080394.1:12520771-12520785promoter 内 1937-1951 bp + 2050 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 12522835-12522905(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGCACCTACTTTCAC
SmilChr04G002188 Chr04 NC_080390.1:35387395-35387409promoter 内 1879-1893 bp + 2108 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 35379602-35385287(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAAGTGGTAGTTGTA
SmilChr03G003143 Chr03 NC_080389.1:48725332-48725346promoter 内 1848-1862 bp + 2139 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 48720038-48723193(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGGCATTAGGTGGT
SmilChr08G003011 Chr08 NC_080394.1:30225113-30225127promoter 内 1824-1838 bp + 2163 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 30227290-30228918(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTACAAG
SmilChr05G000289 Chr05 NC_080391.1:2217513-2217527promoter 内 1754-1768 bp + 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 2219760-2223757(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CATACCTACCCTATC
SmilChr01G005341 Chr01 NC_080387.1:70626322-70626336promoter 内 1724-1738 bp - 2263 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 70628599-70630450(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTCCGGTAGGTATG
SmilChr05G000253 Chr05 NC_080391.1:1933208-1933222promoter 内 1724-1738 bp + 2263 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 1935485-1945953(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCAAAAA
SmilChr08G002692 Chr08 NC_080394.1:26526810-26526824promoter 内 1719-1733 bp + 2268 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 26529092-26531646(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCTACCCATCT
SmilChr08G002833 Chr08 NC_080394.1:28211004-28211018promoter 内 1675-1689 bp + 2312 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 28213330-28219511(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCAACTACCACAAA
SmilChr01G000763 Chr01 NC_080387.1:16725688-16725702promoter 内 1672-1686 bp - 2315 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 16722822-16723373(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACTGCTCT
SmilChr01G001361 Chr01 NC_080387.1:26968007-26968021promoter 内 1667-1681 bp - 2320 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 26960517-26965687(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCCTCAA
SmilChr08G001059 Chr08 NC_080394.1:8165348-8165362promoter 内 1639-1653 bp - 2348 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 8158627-8163000(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTAACTACCACATG
SmilChr04G001593 Chr04 NC_080390.1:26547326-26547340promoter 内 1574-1588 bp - 2413 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 26520857-26544913(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCCTAAG
SmilChr07G003012 Chr07 NC_080393.1:30969732-30969746promoter 内 1549-1563 bp + 2438 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 30963572-30967294(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTTCGGTAGGTGCT
SmilChr02G004212 Chr02 NC_080388.1:64383133-64383147promoter 内 1452-1466 bp + 2535 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 64377780-64380598(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TATTTGGTAGGTGAT
SmilChr02G005267 Chr02 NC_080388.1:73757576-73757590promoter 内 1353-1367 bp + 2634 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 73752593-73754942(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTTTGGTAGGTAAA
SmilChr03G004108 Chr03 NC_080389.1:59978362-59978376promoter 内 1302-1316 bp - 2685 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 59972358-59975677(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACAACTACCACACT
SmilChr03G004102 Chr03 NC_080389.1:59915004-59915018promoter 内 1301-1315 bp - 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 59908999-59912318(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACAACTACCACACT
SmilChr07G001330 Chr07 NC_080393.1:10252943-10252957promoter 内 1285-1299 bp - 2702 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 10255659-10256695(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACATTGGTAGGTGAT
SmilChr02G002601 Chr02 NC_080388.1:45148783-45148797promoter 内 1207-1221 bp - 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 45151577-45154195(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTTTGGTAGGTAAA
SmilChr01G003093 Chr01 NC_080387.1:49752124-49752138promoter 内 1171-1185 bp + 2816 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 49745754-49749308(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGAGGAGTAGGTGCA
SmilChr02G000746 Chr02 NC_080388.1:12087480-12087494promoter 内 1147-1161 bp - 2840 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 12082227-12084640(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTAAATT
SmilChr04G001171 Chr04 NC_080390.1:17532080-17532094promoter 内 1125-1139 bp + 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 17534956-17537932(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTAAATT
SmilChr03G000842 Chr03 NC_080389.1:9609737-9609751promoter 内 1069-1083 bp + 2918 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 9612669-9613799(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTCCTTT
SmilChr07G004545 Chr07 NC_080393.1:58166191-58166205promoter 内 1013-1027 bp + 2974 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 58160398-58163217(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGGTGTAGGTGGG
SmilChr03G001924 Chr03 NC_080389.1:27005479-27005493promoter 内 981-995 bp - 3006 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 27001881-27002473(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGCACCTACCCTAAA
SmilChr01G005502 Chr01 NC_080387.1:71901750-71901764promoter 内 923-937 bp + 3064 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 71895928-71898686(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTACGGGTAGGTGAA
SmilChr02G003381 Chr02 NC_080388.1:54924563-54924577promoter 内 877-891 bp + 3110 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 54927687-54930592(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTGCCACCTA
SmilChr03G004662 Chr03 NC_080389.1:64104358-64104372promoter 内 861-875 bp + 3126 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 64097590-64101232(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTGTGGTAGTTAGC
SmilChr07G003504 Chr07 NC_080393.1:39908667-39908681promoter 内 835-849 bp + 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 39911833-39914173(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTACAAG
SmilChr01G006059 Chr01 NC_080387.1:76039334-76039348promoter 内 672-686 bp + 3315 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 76042663-76046903(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTACCTACCATAAT
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SmilChr03G004742 Chr03 NC_080389.1:64551886-64551900promoter 内 284-298 bp + 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 64542658-64548183(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAGGGGTAGGTAAT
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SmilChr04G001086 Chr04 NC_080390.1:15572176-15572190promoter 内 222-236 bp - 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 15565338-15568411(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCAAGCA
SmilChr08G003251 Chr08 NC_080394.1:33487677-33487691promoter 内 201-215 bp + 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 33480968-33483891(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTGTCGGTAGGTATA