转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 95 / 161 下载 TSV

上一页 95 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000438 Chr04 NC_080390.1:4630155-4630168promoter 内 3597-3610 bp + 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 4630559-4635547(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCATTTGACTTTGT
SmilChr06G001970 Chr06 NC_080392.1:24827636-24827649promoter 内 3594-3607 bp + 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 24825118-24827242(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAACTA
SmilChr03G000152 Chr03 NC_080389.1:1644703-1644716promoter 内 3563-3576 bp - 425 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1640738-1644278(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAGTTTGACTTTTT
SmilChr02G000656 Chr02 NC_080388.1:9969727-9969740promoter 内 3562-3575 bp - 426 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 9968660-9969301(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAGTTGACTTCAA
SmilChr03G000343 Chr03 NC_080389.1:3885914-3885927promoter 内 3538-3551 bp + 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 3883590-3885464(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTAAGTCAACTGC
SmilChr04G001517 Chr04 NC_080390.1:25030216-25030229promoter 内 3536-3549 bp - 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 25025588-25029764(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGTTTGACTTTGT
SmilChr01G000837 Chr01 NC_080387.1:18087435-18087448promoter 内 3506-3519 bp - 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 18083466-18086953(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGTGTTGACTATTG
SmilChr06G001274 Chr06 NC_080392.1:13338188-13338201promoter 内 3502-3515 bp - 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 13338687-13339043(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAATTA
SmilChr02G003832 Chr02 NC_080388.1:59963524-59963537promoter 内 3491-3504 bp + 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 59958803-59963027(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGAAGTCAACTGG
SmilChr04G002927 Chr04 NC_080390.1:45540923-45540936promoter 内 3475-3488 bp + 513 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 45541449-45544972(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAATTTGACTTTTT
SmilChr03G002494 Chr03 NC_080389.1:39721549-39721562promoter 内 3469-3482 bp - 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 39722081-39724770(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAATTA
SmilChr01G000358 Chr01 NC_080387.1:7395738-7395751promoter 内 3432-3445 bp + 556 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 7392108-7395182(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGTAAGTCAACCGA
SmilChr03G000214 Chr03 NC_080389.1:2500590-2500603promoter 内 3424-3437 bp - 564 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 2496980-2500026(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAGTTGACTTAAT
SmilChr01G001333 Chr01 NC_080387.1:26527123-26527136promoter 内 3409-3422 bp + 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 26527715-26528434(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTGTTGACTTCTC
SmilChr05G002321 Chr05 NC_080391.1:25021885-25021898promoter 内 3359-3372 bp + 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 25022527-25023955(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTGTTGACTTCTT
SmilChr06G002311 Chr06 NC_080392.1:33384022-33384035promoter 内 3353-3366 bp - 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 33384670-33385999(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCCAAGTCAACGTT
SmilChr05G001654 Chr05 NC_080391.1:15615410-15615423promoter 内 3341-3354 bp + 647 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 15616070-15616697(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAGTTGACTTGTT
SmilChr04G004044 Chr04 NC_080390.1:55665729-55665742promoter 内 3302-3315 bp + 686 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 55666428-55667638(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTATTTGACTTTTC
SmilChr07G004572 Chr07 NC_080393.1:58505771-58505784promoter 内 3282-3295 bp - 706 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 58503337-58505065(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTGTTGACTTCTT
SmilChr02G004236 Chr02 NC_080388.1:64544351-64544364promoter 内 3271-3284 bp + 717 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 64545081-64552300(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTCTTTGACTTCTG
SmilChr05G003581 Chr05 NC_080391.1:47843881-47843894promoter 内 3258-3271 bp + 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 47839889-47843151(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAATAGTCAACCGA
SmilChr04G003927 Chr04 NC_080390.1:54939562-54939575promoter 内 3257-3270 bp - 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 54938105-54938831(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAGTTTGACTTTTT
SmilChr01G002928 Chr01 NC_080387.1:48056987-48057000promoter 内 3247-3260 bp - 741 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 48057741-48060375(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGAAGTCAAAGAA
SmilChr06G001432 Chr06 NC_080392.1:15136560-15136573promoter 内 3242-3255 bp + 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 15137319-15143468(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCATTTGACTTTGT
SmilChr03G001347 Chr03 NC_080389.1:15716352-15716365promoter 内 3238-3251 bp - 750 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 15714463-15715602(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AACGTTGACTTGGA
SmilChr01G004451 Chr01 NC_080387.1:62634487-62634500promoter 内 3237-3250 bp - 751 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 62629453-62633736(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGATTTGACTTTGA
SmilChr07G000656 Chr07 NC_080393.1:4424924-4424937promoter 内 3235-3248 bp + 753 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 4425690-4425773(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCCTTTGACTTTAA
SmilChr06G001033 Chr06 NC_080392.1:10256991-10257004promoter 内 3189-3202 bp - 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 10254035-10256192(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGGTTGACTTGTT
SmilChr02G004371 Chr02 NC_080388.1:66044468-66044481promoter 内 3183-3196 bp - 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 66042505-66043663(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCCGTTGACCTATT
SmilChr02G004368 Chr02 NC_080388.1:65977635-65977648promoter 内 3180-3193 bp - 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 65974899-65976827(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCCGTTGACCTATT
SmilChr02G000586 Chr02 NC_080388.1:8430373-8430386promoter 内 3124-3137 bp - 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 8431250-8434837(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAAATAG
SmilChr05G002900 Chr05 NC_080391.1:34838977-34838990promoter 内 3095-3108 bp - 893 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 34839883-34840674(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCTAAGTCAACCGA
SmilChr01G000827 Chr01 NC_080387.1:17802746-17802759promoter 内 3059-3072 bp + 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 17803688-17804493(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCGGTTGACTTCAT
SmilChr05G003388 Chr05 NC_080391.1:44908467-44908480promoter 内 3032-3045 bp - 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 44909436-44910312(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGAAGTCAACCAT
SmilChr03G000410 Chr03 NC_080389.1:4442348-4442361promoter 内 3010-3023 bp + 978 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 4440018-4441370(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTAAGTCAACTGC
SmilChr01G001216 Chr01 NC_080387.1:24429187-24429200promoter 内 3000-3013 bp + 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 24430188-24435397(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTGTTGACTTCTC
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