转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003745; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007655-RA_Salv SmilChr04G003745 C2H2 XP_057809144.1 MP00416 TGTAGTAG

可能结合的靶基因

9716 个结合位点 6433 个候选靶基因 第 95 / 129 下载 TSV

上一页 95 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004524 Chr02 NC_080388.1:67827539-67827546promoter 内 2681-2688 bp + 1313 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 67824127-67826226(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACG
SmilChr02G005362 Chr02 NC_080388.1:74331745-74331752promoter 内 2668-2675 bp - 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 74333078-74341607(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACG
SmilChr02G000649 Chr02 NC_080388.1:9841984-9841991promoter 内 2629-2636 bp + 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 9836147-9840619(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACG
SmilChr01G005562 Chr01 NC_080387.1:72432400-72432407promoter 内 2627-2634 bp - 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 72428708-72431033(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CGTAGTAG
SmilChr02G001669 Chr02 NC_080388.1:30955578-30955585promoter 内 2624-2631 bp - 1370 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 30949147-30954208(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CGTAGTAG
SmilChr02G004874 Chr02 NC_080388.1:70822648-70822655promoter 内 2604-2611 bp + 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 70817659-70821258(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACG
SmilChr01G004779 Chr01 NC_080387.1:65958386-65958393promoter 内 2601-2608 bp + 1393 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 65959786-65963505(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CGTAGTAG
SmilChr03G000471 Chr03 NC_080389.1:5029938-5029945promoter 内 2598-2605 bp - 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 5025100-5028542(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CGTAGTAG
SmilChr01G001736 Chr01 NC_080387.1:31958501-31958508promoter 内 2587-2594 bp + 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 31955859-31957094(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACG
SmilChr02G002350 Chr02 NC_080388.1:41267063-41267070promoter 内 2576-2583 bp + 1418 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 41268488-41273790(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CGTAGTAG
SmilChr02G002458 Chr02 NC_080388.1:42872757-42872764promoter 内 2559-2566 bp + 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 42869922-42871322(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACG
SmilChr02G002667 Chr02 NC_080388.1:46174305-46174312promoter 内 2522-2529 bp + 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 46175784-46176869(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CGTAGTAG
SmilChr03G000720 Chr03 NC_080389.1:8060169-8060176promoter 内 2519-2526 bp - 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 8061651-8063327(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACG
SmilChr02G005195 Chr02 NC_080388.1:73210370-73210377promoter 内 2509-2516 bp - 1485 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 73211862-73215804(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACG
SmilChr01G000729 Chr01 NC_080387.1:16223960-16223967promoter 内 2484-2491 bp - 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 16225477-16227754(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACG
SmilChr01G005929 Chr01 NC_080387.1:75081707-75081714promoter 内 2476-2483 bp - 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 75079557-75080189(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CGTAGTAG
SmilChr01G002139 Chr01 NC_080387.1:37375902-37375909promoter 内 2474-2481 bp + 1520 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 37377429-37378289(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CGTAGTAG
SmilChr02G000773 Chr02 NC_080388.1:12686422-12686429promoter 内 2443-2450 bp - 1551 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 12683819-12684871(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CGTAGTAG
SmilChr01G000084 Chr01 NC_080387.1:1596814-1596821promoter 内 2427-2434 bp - 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 1589839-1595247(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CGTAGTAG
SmilChr01G003441 Chr01 NC_080387.1:52994184-52994191promoter 内 2416-2423 bp - 1578 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 52995769-52998000(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACG
SmilChr02G003854 Chr02 NC_080388.1:60300072-60300079promoter 内 2415-2422 bp + 1579 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 60301658-60305107(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CGTAGTAG
SmilChr01G005747 Chr01 NC_080387.1:73555695-73555702promoter 内 2334-2341 bp - 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 73557362-73558285(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACG
SmilChr01G004761 Chr01 NC_080387.1:65791850-65791857promoter 内 2278-2285 bp + 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 65793573-65796299(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CGTAGTAG
SmilChr03G000618 Chr03 NC_080389.1:6818302-6818309promoter 内 2269-2276 bp - 1725 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 6814662-6816577(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CGTAGTAG
SmilChr01G005535 Chr01 NC_080387.1:72181991-72181998promoter 内 2236-2243 bp - 1758 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 72183756-72186006(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACG
SmilChr02G002393 Chr02 NC_080388.1:41841416-41841423promoter 内 2228-2235 bp + 1766 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 41838295-41839650(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACG
SmilChr01G000542 Chr01 NC_080387.1:11126848-11126855promoter 内 2195-2202 bp + 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 11124162-11125049(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACG
SmilChr01G004386 Chr01 NC_080387.1:62022024-62022031promoter 内 2174-2181 bp + 1820 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 62023851-62031540(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CGTAGTAG
SmilChr02G000143 Chr02 NC_080388.1:1920297-1920304promoter 内 2173-2180 bp + 1821 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 1922125-1924139(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CGTAGTAG
SmilChr02G001545 Chr02 NC_080388.1:28702695-28702702promoter 内 2164-2171 bp + 1830 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 28699559-28700865(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACG
SmilChr01G003114 Chr01 NC_080387.1:49954311-49954318promoter 内 2161-2168 bp - 1833 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 49951069-49952478(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CGTAGTAG
SmilChr01G002498 Chr01 NC_080387.1:42819479-42819486promoter 内 2111-2118 bp + 1883 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 42817078-42817596(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACG
SmilChr02G001228 Chr02 NC_080388.1:22574579-22574586promoter 内 2110-2117 bp + 1884 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 22576470-22583545(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CGTAGTAG
SmilChr02G002049 Chr02 NC_080388.1:36883526-36883533promoter 内 2090-2097 bp + 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 36879878-36881622(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACG
SmilChr01G005944 Chr01 NC_080387.1:75191315-75191322promoter 内 2060-2067 bp - 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 75188299-75189381(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CGTAGTAG
SmilChr01G000601 Chr01 NC_080387.1:13070472-13070479promoter 内 2035-2042 bp - 1959 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 13065988-13068513(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CGTAGTAG
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