转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 96 / 149 下载 TSV

上一页 96 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004477 Chr02 NC_080388.1:67170103-67170117promoter 内 3868-3882 bp - 119 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 67170236-67180519(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGAATGGATAAAGCA
SmilChr03G004667 Chr03 NC_080389.1:64137068-64137082promoter 内 3791-3805 bp - 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 64135070-64136872(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACCTTATCCGAGCA
SmilChr04G003576 Chr04 NC_080390.1:52169999-52170013promoter 内 3791-3805 bp + 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 52165337-52169803(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GGATTGGATAAAGAC
SmilChr01G003674 Chr01 NC_080387.1:55175045-55175059promoter 内 3790-3804 bp + 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 55172598-55174848(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CATATGGATAATCCT
SmilChr03G003333 Chr03 NC_080389.1:51599746-51599760promoter 内 3730-3744 bp + 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 51600017-51606714(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CATTTTATCCATACC
SmilChr01G005752 Chr01 NC_080387.1:73596086-73596100promoter 内 3709-3723 bp - 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 73593282-73595808(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTGTTATCCATTTA
SmilChr03G002694 Chr03 NC_080389.1:42933770-42933784promoter 内 3671-3685 bp + 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 42900243-42933454(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGTATGGATAAAATA
SmilChr03G001375 Chr03 NC_080389.1:16220903-16220917promoter 内 3659-3673 bp + 328 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 16221245-16224490(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTGTTATCCACTAC
SmilChr03G000626 Chr03 NC_080389.1:6944955-6944969promoter 内 3593-3607 bp - 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 6936230-6944561(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TCCATTATCCATTTA
SmilChr03G001170 Chr03 NC_080389.1:13458849-13458863promoter 内 3578-3592 bp + 409 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 13459272-13460810(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TCCATTATCCATTTA
SmilChr02G003045 Chr02 NC_080388.1:51239349-51239363promoter 内 3570-3584 bp - 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 51236158-51238932(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAGTTTATCCACATT
SmilChr01G002307 Chr01 NC_080387.1:40003411-40003425promoter 内 3480-3494 bp - 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 40003932-40007099(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATAACAAA
SmilChr01G002318 Chr01 NC_080387.1:40209339-40209353promoter 内 3479-3493 bp - 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 40209861-40213027(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATAACAAA
SmilChr03G004220 Chr03 NC_080389.1:60768050-60768064promoter 内 3468-3482 bp - 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 60768583-60769161(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGATTGGATAACACT
SmilChr01G001068 Chr01 NC_080387.1:22026671-22026685promoter 内 3454-3468 bp + 533 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 22024948-22026138(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGTATAGATAAGGGT
SmilChr03G004477 Chr03 NC_080389.1:62878741-62878755promoter 内 3446-3460 bp - 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 62874604-62878200(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCTTATCTTTTCA
SmilChr01G002749 Chr01 NC_080387.1:45808256-45808270promoter 内 3438-3452 bp - 549 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 45805944-45807707(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATGATTATCCATATA
SmilChr01G001198 Chr01 NC_080387.1:24130208-24130222promoter 内 3422-3436 bp + 565 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 24128820-24129643(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTGGGATAAGATT
SmilChr02G001129 Chr02 NC_080388.1:20417420-20417434promoter 内 3389-3403 bp + 598 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 20416119-20416822(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGTATAGATAAGGGT
SmilChr01G004375 Chr01 NC_080387.1:61952454-61952468promoter 内 3383-3397 bp + 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 61953072-61954889(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTATTATCCAAACT
SmilChr04G001166 Chr04 NC_080390.1:17379542-17379556promoter 内 3357-3371 bp - 630 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 17380186-17383155(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTTTCGGATAAGTTA
SmilChr03G003589 Chr03 NC_080389.1:54555087-54555101promoter 内 3340-3354 bp - 647 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 54552627-54554440(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATTATCCATTTC
SmilChr02G003881 Chr02 NC_080388.1:60879337-60879351promoter 内 3313-3327 bp - 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 60874429-60878663(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAGTTTATCCAATTT
SmilChr02G000235 Chr02 NC_080388.1:3013731-3013745promoter 内 3286-3300 bp + 701 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 3014446-3015135(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTTATCCAATTA
SmilChr03G000220 Chr03 NC_080389.1:2540473-2540487promoter 内 3275-3289 bp - 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 2541199-2544308(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATAAGGATAAGAAG
SmilChr04G000879 Chr04 NC_080390.1:11172591-11172605promoter 内 3230-3244 bp - 757 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 11173362-11175955(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATATTGGATAAAGAC
SmilChr02G001887 Chr02 NC_080388.1:34176630-34176644promoter 内 3216-3230 bp + 771 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 34177415-34179319(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GGGCTTATCCAAACT
SmilChr02G004811 Chr02 NC_080388.1:70274504-70274518promoter 内 3123-3137 bp - 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 70271070-70273640(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACCATTATCCACACA
SmilChr04G002754 Chr04 NC_080390.1:43255585-43255599promoter 内 3122-3136 bp + 865 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 43239631-43254720(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTATGGATAATCAT
SmilChr02G000425 Chr02 NC_080388.1:5427305-5427319promoter 内 3062-3076 bp - 925 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 5424566-5426380(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CGCCTTATCCGGTTC
SmilChr02G001167 Chr02 NC_080388.1:21328650-21328664promoter 内 3047-3061 bp - 940 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 21329604-21331359(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATATGGATAATCAT
SmilChr01G005215 Chr01 NC_080387.1:69753293-69753307promoter 内 3044-3058 bp + 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 69751850-69752350(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATGATGGATAAGATT
SmilChr01G000393 Chr01 NC_080387.1:8075231-8075245promoter 内 3037-3051 bp + 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 8068297-8074281(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACATGGATAAGACT
SmilChr04G002100 Chr04 NC_080390.1:33893805-33893819promoter 内 3024-3038 bp + 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 33892421-33892842(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTATTGGATAAAAAT
SmilChr02G000432 Chr02 NC_080388.1:5621518-5621532promoter 内 3021-3035 bp + 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 5617091-5620552(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ACAATGGATAAGAAA
SmilChr01G002807 Chr01 NC_080387.1:46615511-46615525promoter 内 2981-2995 bp + 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 46616531-46620668(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATTTTATCCACTAG
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