转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 97 / 128 下载 TSV

上一页 97 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001413 Chr03 NC_080389.1:16790676-16790690promoter 内 1226-1240 bp + 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 16793451-16796328(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGGCCCCACCGCCC
SmilChr01G005563 Chr01 NC_080387.1:72430774-72430788promoter 内 1160-1174 bp - 2827 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 72433615-72435844(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTTGAAG
SmilChr01G005993 Chr01 NC_080387.1:75538103-75538117promoter 内 1014-1028 bp - 2973 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 75533859-75535130(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCTCCACCACCA
SmilChr07G001995 Chr07 NC_080393.1:17640609-17640623promoter 内 1012-1026 bp - 2975 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 17643598-17645226(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTCGCCG
SmilChr08G004010 Chr08 NC_080394.1:48486044-48486058promoter 内 1006-1020 bp - 2981 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 48489039-48491083(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGAGGCGGAGGTGG
SmilChr06G001386 Chr06 NC_080392.1:14510951-14510965promoter 内 999-1013 bp + 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 14504566-14507963(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGGTCT
SmilChr04G002961 Chr04 NC_080390.1:45971602-45971616promoter 内 971-985 bp - 3016 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 45964960-45968586(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACGACCACCGCCG
SmilChr03G003435 Chr03 NC_080389.1:52709134-52709148promoter 内 824-838 bp + 3163 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 52704753-52705971(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCGGTGGCGGTCG
SmilChr02G001804 Chr02 NC_080388.1:32895396-32895410promoter 内 799-813 bp - 3188 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 32888362-32892208(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCGACCACCGCCG
SmilChr02G005071 Chr02 NC_080388.1:72371733-72371747promoter 内 788-802 bp + 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 72374946-72376675(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGGCTCCACCGCCA
SmilChr06G001779 Chr06 NC_080392.1:20827580-20827594promoter 内 731-745 bp - 3256 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 20823688-20824324(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCTCCACCACCA
SmilChr01G005566 Chr01 NC_080387.1:72460478-72460492promoter 内 700-714 bp - 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 72451656-72457191(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCAACCACCGCCG
SmilChr07G003591 Chr07 NC_080393.1:41933943-41933957promoter 内 621-635 bp + 3366 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 41927245-41930577(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTCGTCG
SmilChr06G002357 Chr06 NC_080392.1:34367693-34367707promoter 内 543-557 bp - 3444 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 34371151-34375376(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGATGG
SmilChr02G005195 Chr02 NC_080388.1:73208393-73208407promoter 内 532-546 bp + 3455 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 73211862-73215804(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGGCCCCACCGCCG
SmilChr06G000927 Chr06 NC_080392.1:8808184-8808198promoter 内 386-400 bp + 3601 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 8799251-8804583(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCGGTGGAGGCGC
SmilChr02G004083 Chr02 NC_080388.1:63106845-63106859promoter 内 333-347 bp + 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 63102560-63103191(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCGGTGGCGGTCG
SmilChr01G005183 Chr01 NC_080387.1:69538305-69538319promoter 内 245-259 bp + 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 69542061-69544483(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCTCCACCACCA
SmilChr02G003403 Chr02 NC_080388.1:55200550-55200564promoter 内 190-204 bp - 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 55188001-55196753(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGCCACCGCCA
SmilChr08G002542 Chr08 NC_080394.1:24700392-24700406promoter 内 100-114 bp - 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 24694734-24696505(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCTCCACCACCA
SmilChr03G001536 Chr03 NC_080389.1:19269592-19269606promoter 内 70-84 bp - 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 19261872-19265675(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACCGCCACCGCAA
SmilChr01G005564 Chr01 NC_080387.1:72446056-72446070promoter 内 53-67 bp + 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 72440327-72442122(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTTGAAG
SmilChr03G004234 Chr03 NC_080389.1:60865105-60865119promoter 内 47-61 bp - 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 60858870-60861165(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACACCGTCACCGCCA
SmilChr07G004140 Chr07 NC_080393.1:53174184-53174198promoter 内 41-55 bp + 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 53178144-53180277(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCTCCACCACCA
SmilChr05G002948 Chr05 NC_080391.1:35535090-35535104promoter 内 2584-2598 bp + 1403 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 4 35536507-35537648(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GATCCGCCACCGCCC
SmilChr06G000602 Chr06 NC_080392.1:5210646-5210660promoter 内 3110-3124 bp + 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 5208694-5209769(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTGGTTT
SmilChr03G001429 Chr03 NC_080389.1:16956554-16956568promoter 内 1219-1233 bp + 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 16947341-16953786(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTCGGAG
SmilChr01G002904 Chr01 NC_080387.1:47739414-47739428promoter 内 3827-3841 bp - 160 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 47739588-47750761(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTCGGAG
SmilChr03G003289 Chr03 NC_080389.1:50999121-50999135promoter 内 3395-3409 bp + 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 50997014-50998529(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTCGGAG
SmilChr03G003682 Chr03 NC_080389.1:55662634-55662648promoter 内 3245-3259 bp + 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 55655627-55661892(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTCGGAG
SmilChr01G000337 Chr01 NC_080387.1:6927860-6927874promoter 内 3163-3177 bp - 824 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 6928698-6929318(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGGGGAGT
SmilChr01G005913 Chr01 NC_080387.1:74966279-74966293promoter 内 3148-3162 bp + 839 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 74967132-74968905(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCAGCTCCACCGCCC
SmilChr01G005931 Chr01 NC_080387.1:75081588-75081602promoter 内 2789-2803 bp + 1198 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 75082800-75084372(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCAGCTCCACCGCCC
SmilChr08G000111 Chr08 NC_080394.1:699814-699828promoter 内 2778-2792 bp - 1209 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 701037-704287(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGATGGTGGAGGTGG
SmilChr07G003997 Chr07 NC_080393.1:51041025-51041039promoter 内 2473-2487 bp + 1514 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 51037068-51039511(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGAGGTGGAGGGGG
SmilChr02G004002 Chr02 NC_080388.1:62349944-62349958promoter 内 2447-2461 bp - 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 62351498-62356060(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCCATGA
SmilChr06G003062 Chr06 NC_080392.1:43531208-43531222promoter 内 2070-2084 bp + 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 43527003-43529291(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTCGGAG
SmilChr02G001607 Chr02 NC_080388.1:29903787-29903801promoter 内 2016-2030 bp - 1971 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 29905772-29907271(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTCGGAG
SmilChr01G005668 Chr01 NC_080387.1:72980031-72980045promoter 内 1827-1841 bp + 2160 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 72973582-72977871(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGTCT
SmilChr01G005670 Chr01 NC_080387.1:72980031-72980045promoter 内 891-905 bp + 3096 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 72983141-72987076(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGACCACCACCGCCA
SmilChr07G004581 Chr07 NC_080393.1:58631532-58631546promoter 内 622-636 bp - 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 58626283-58628167(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGTGGCCACCGCCT
SmilChr07G002081 Chr07 NC_080393.1:18930256-18930270promoter 内 248-262 bp + 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 18925481-18926517(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGATGGTGGAGGTGG
SmilChr07G002813 Chr07 NC_080393.1:28170894-28170908promoter 内 3946-3960 bp + 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 28170949-28172671(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCCCGCCACCGCGA
SmilChr08G001320 Chr08 NC_080394.1:10567980-10567994promoter 内 3930-3944 bp - 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10568051-10571521(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGCCGGTGGAGATGG
SmilChr08G001319 Chr08 NC_080394.1:10567980-10567994promoter 内 3918-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10562672-10567911(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCTCCACCGGCA
SmilChr04G002706 Chr04 NC_080390.1:42665702-42665716promoter 内 3779-3793 bp - 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 42665924-42668713(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGTCT
SmilChr01G000300 Chr01 NC_080387.1:5904955-5904969promoter 内 3727-3741 bp + 260 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5900921-5904695(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGCAGAGGG
SmilChr05G000671 Chr05 NC_080391.1:5119301-5119315promoter 内 3720-3734 bp + 267 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5112679-5119034(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCGGTGGCGGGAG
SmilChr02G000129 Chr02 NC_080388.1:1754064-1754078promoter 内 3656-3670 bp + 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1754409-1755279(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCCCGCCACCGCGA
SmilChr01G001349 Chr01 NC_080387.1:26765995-26766009promoter 内 3534-3548 bp + 453 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 26756632-26765542(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTTGATG