转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002503; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027448-RA_Salv SmilChr03G002503 MYB XP_057801356.1 MP00482 AAAATATGACCGTTG

可能结合的靶基因

8940 个结合位点 6899 个候选靶基因 第 98 / 138 下载 TSV

上一页 98 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002400 Chr01 NC_080387.1:41355118-41355132promoter 内 3054-3068 bp + 933 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 41356065-41357075(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAAGAAATACCGTTG
SmilChr01G006003 Chr01 NC_080387.1:75605658-75605672promoter 内 2987-3001 bp - 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 75601814-75604658(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CTCTCATTACCGTTG
SmilChr06G002636 Chr06 NC_080392.1:37968155-37968169promoter 内 2976-2990 bp - 1011 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 37964022-37967144(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TATAGAAGACCGTTA
SmilChr04G000508 Chr04 NC_080390.1:5575849-5575863promoter 内 2970-2984 bp - 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5568927-5574832(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACGGTCGGACCGTTG
SmilChr02G003749 Chr02 NC_080388.1:59143177-59143191promoter 内 2899-2913 bp - 1088 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 59140148-59142089(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTTTTAAAACCGTTG
SmilChr07G004511 Chr07 NC_080393.1:57754463-57754477promoter 内 2824-2838 bp + 1163 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 57752407-57753300(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGTTTGAG
SmilChr01G004600 Chr01 NC_080387.1:63991547-63991561promoter 内 2813-2827 bp - 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 63989068-63990373(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGCAGAGGACCGTTG
SmilChr07G002043 Chr07 NC_080393.1:18524705-18524719promoter 内 2771-2785 bp - 1216 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 18525935-18527535(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAAGGCTGA
SmilChr04G002089 Chr04 NC_080390.1:33672822-33672836promoter 内 2735-2749 bp + 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 33668904-33671570(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCACGGTTG
SmilChr03G003643 Chr03 NC_080389.1:55105057-55105071promoter 内 2509-2523 bp + 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55106549-55107037(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAAGAAATACCGTTG
SmilChr02G001103 Chr02 NC_080388.1:19847399-19847413promoter 内 2502-2516 bp + 1485 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 19848898-19852362(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GGGTCAGAACCGTTG
SmilChr06G001151 Chr06 NC_080392.1:11657298-11657312promoter 内 2451-2465 bp + 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11658848-11659515(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAAATATAAACGTTA
SmilChr08G001021 Chr08 NC_080394.1:7740583-7740597promoter 内 2418-2432 bp - 1569 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7732829-7739014(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACGAAAATACCGTTG
SmilChr08G001057 Chr08 NC_080394.1:8122678-8122692promoter 内 2371-2385 bp - 1616 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 8114983-8121062(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ACGAAAATACCGTTG
SmilChr05G001852 Chr05 NC_080391.1:18543100-18543114promoter 内 2350-2364 bp - 1637 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 18544751-18545591(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGTGCTTG
SmilChr05G002358 Chr05 NC_080391.1:25598542-25598556promoter 内 2227-2241 bp + 1760 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 25600316-25602477(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAAGAAATACCGTTG
SmilChr04G003284 Chr04 NC_080390.1:49526573-49526587promoter 内 2127-2141 bp - 1860 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 49523192-49524713(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAAACATGACCGTAG
SmilChr07G004510 Chr07 NC_080393.1:57754463-57754477promoter 内 1913-1927 bp + 2074 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 57751022-57752389(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTGTTTGAG
SmilChr01G002401 Chr01 NC_080387.1:41355118-41355132promoter 内 1828-1842 bp + 2159 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 41357291-41358965(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAAGAAATACCGTTG
SmilChr03G004174 Chr03 NC_080389.1:60482623-60482637promoter 内 1828-1842 bp + 2159 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 60484796-60488043(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AATTGAATACCGTTG
SmilChr03G004220 Chr03 NC_080389.1:60766369-60766383promoter 内 1787-1801 bp + 2200 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 60768583-60769161(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CATCGAGGACCGTTG
SmilChr08G002882 Chr08 NC_080394.1:28710037-28710051promoter 内 1750-1764 bp + 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28712288-28713314(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 GATCCGGAACCGTTG
SmilChr01G004389 Chr01 NC_080387.1:62052049-62052063promoter 内 1710-1724 bp - 2277 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 62054340-62056294(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTTTTTTGTC
SmilChr02G000806 Chr02 NC_080388.1:13447030-13447044promoter 内 1618-1632 bp + 2369 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 13449413-13452449(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGCAATCTACCGTTG
SmilChr05G002481 Chr05 NC_080391.1:27381573-27381587promoter 内 1575-1589 bp - 2412 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 27383999-27384421(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCGCACCCA
SmilChr02G002278 Chr02 NC_080388.1:40266017-40266031promoter 内 1551-1565 bp + 2436 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 40268467-40269588(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TGTCATTTACCGTTG
SmilChr01G004520 Chr01 NC_080387.1:63314504-63314518promoter 内 1532-1546 bp - 2455 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 63316973-63324098(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGAACTCC
SmilChr08G004653 Chr08 NC_080394.1:56047841-56047855promoter 内 1525-1539 bp - 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 56043115-56045379(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAAATATGACCGTAA
SmilChr05G001196 Chr05 NC_080391.1:10051457-10051471promoter 内 1372-1386 bp - 2615 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 10044965-10048842(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTGAATGTACCGTTG
SmilChr03G001591 Chr03 NC_080389.1:20164141-20164155promoter 内 1330-1344 bp + 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 20166812-20167687(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAAGAAATACCGTTG
SmilChr07G002496 Chr07 NC_080393.1:23670793-23670807promoter 内 1303-1317 bp + 2684 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 23665352-23668109(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCGTAAATA
SmilChr07G004309 Chr07 NC_080393.1:55668462-55668476promoter 内 1263-1277 bp + 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55664455-55665738(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTCTGGAGTT
SmilChr04G003975 Chr04 NC_080390.1:55225834-55225848promoter 内 1176-1190 bp - 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55221383-55223023(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AGTGCACGACCGTTG
SmilChr04G004103 Chr04 NC_080390.1:56002487-56002501promoter 内 1151-1165 bp + 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55993535-55999651(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 TTACGGTCATATTTT
SmilChr01G000368 Chr01 NC_080387.1:7627954-7627968promoter 内 1116-1130 bp - 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7616590-7625083(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 ATGAATAGACCGTTA
SmilChr01G002181 Chr01 NC_080387.1:37949968-37949982promoter 内 1081-1095 bp + 2906 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 37944382-37947062(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTATTTTGTT
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SmilChr07G000825 Chr07 NC_080393.1:5824790-5824804promoter 内 894-908 bp + 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5817557-5821697(-) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 CAACGGTAGGTCTAT
SmilChr01G000361 Chr01 NC_080387.1:7423089-7423103promoter 内 844-858 bp - 3143 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7426246-7428349(+) SMil_00027448-RA_Salv MP00482 AAACGGTCAAGAACT
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