转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002937; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004943-RA_Salv SmilChr07G002937 MIKC_MADS XP_057777490.1 MP00096 CCAAAAATGGAA

可能结合的靶基因

9914 个结合位点 8019 个候选靶基因 第 98 / 161 下载 TSV

上一页 98 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000031 Chr06 NC_080392.1:302097-302108promoter 内 3888-3899 bp - 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 300999-301995(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGAA
SmilChr03G003989 Chr03 NC_080389.1:58917379-58917390promoter 内 3753-3764 bp - 237 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 58911799-58917142(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGAA
SmilChr03G002803 Chr03 NC_080389.1:44515949-44515960promoter 内 3510-3521 bp - 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 44513519-44515469(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGAA
SmilChr02G002145 Chr02 NC_080388.1:38587707-38587718promoter 内 3258-3269 bp + 732 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 38588450-38590400(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGAA
SmilChr07G002522 Chr07 NC_080393.1:23913802-23913813promoter 内 3073-3084 bp + 917 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 23909002-23912885(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTAT
SmilChr07G003176 Chr07 NC_080393.1:33813050-33813061promoter 内 3048-3059 bp + 942 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 33814003-33819576(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGAA
SmilChr04G002878 Chr04 NC_080390.1:44954443-44954454promoter 内 2811-2822 bp + 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 44955633-44956343(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGAA
SmilChr03G001254 Chr03 NC_080389.1:14470060-14470071promoter 内 2773-2784 bp - 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 14461786-14468843(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGAA
SmilChr03G004049 Chr03 NC_080389.1:59460903-59460914promoter 内 2679-2690 bp - 1311 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 59462225-59464669(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTAT
SmilChr07G002388 Chr07 NC_080393.1:22275083-22275094promoter 内 2621-2632 bp - 1369 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 22269227-22273714(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGAA
SmilChr02G004987 Chr02 NC_080388.1:71746173-71746184promoter 内 2544-2555 bp - 1446 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 71747630-71751236(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTAT
SmilChr02G000189 Chr02 NC_080388.1:2359277-2359288promoter 内 2309-2320 bp - 1681 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 2360969-2364496(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTAT
SmilChr03G002805 Chr03 NC_080389.1:44515949-44515960promoter 内 1707-1718 bp - 2283 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 44518243-44519190(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTAT
SmilChr02G003077 Chr02 NC_080388.1:51695287-51695298promoter 内 1702-1713 bp + 2288 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 51691094-51692999(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTAT
SmilChr05G002367 Chr05 NC_080391.1:25841074-25841085promoter 内 1635-1646 bp + 2355 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 25837202-25838719(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTAT
SmilChr05G003225 Chr05 NC_080391.1:41400047-41400058promoter 内 1164-1175 bp + 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 41395430-41397221(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTAT
SmilChr01G002338 Chr01 NC_080387.1:40554129-40554140promoter 内 1063-1074 bp + 2927 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 40549208-40551202(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTAT
SmilChr01G001903 Chr01 NC_080387.1:34134224-34134235promoter 内 86-97 bp - 3904 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 34138139-34140145(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCATTTTCGG
SmilChr01G005449 Chr01 NC_080387.1:71555176-71555187promoter 内 79-90 bp - 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 71559098-71562935(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTAT
SmilChr06G002705 Chr06 NC_080392.1:39054336-39054347promoter 内 45-56 bp - 3945 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 39058292-39063063(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTAT
SmilChr05G000511 Chr05 NC_080391.1:3944364-3944375promoter 内 3988-3999 bp + 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 3944377-3946496(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGAA
SmilChr01G000994 Chr01 NC_080387.1:20985702-20985713promoter 内 3986-3997 bp - 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 20985717-20991575(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTAT
SmilChr05G000880 Chr05 NC_080391.1:6978502-6978513promoter 内 3979-3990 bp - 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 6975914-6978491(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGAA
SmilChr01G001108 Chr01 NC_080387.1:22705209-22705220promoter 内 3978-3989 bp + 12 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 22699351-22705197(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTAT
SmilChr04G003374 Chr04 NC_080390.1:50314475-50314486promoter 内 3966-3977 bp - 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 50299243-50314451(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGAA
SmilChr03G001556 Chr03 NC_080389.1:19624214-19624225promoter 内 3956-3967 bp + 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 19624259-19628291(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGAA
SmilChr03G003907 Chr03 NC_080389.1:58172302-58172313promoter 内 3918-3929 bp + 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 58166803-58172230(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTAT
SmilChr08G001269 Chr08 NC_080394.1:10099854-10099865promoter 内 3905-3916 bp + 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 10099950-10109983(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGAA
SmilChr01G002605 Chr01 NC_080387.1:44246340-44246351promoter 内 3903-3914 bp + 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 44246438-44247302(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGAA
SmilChr05G004024 Chr05 NC_080391.1:54245385-54245396promoter 内 3898-3909 bp + 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 54243565-54245293(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTAT
SmilChr03G002921 Chr03 NC_080389.1:45956925-45956936promoter 内 3875-3886 bp - 115 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 45957051-45959555(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTTAT
SmilChr03G002386 Chr03 NC_080389.1:37774266-37774277promoter 内 3874-3885 bp + 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 37774393-37777132(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGAA
SmilChr03G003388 Chr03 NC_080389.1:52257673-52257684promoter 内 3867-3878 bp + 123 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 52257807-52261126(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGAA
SmilChr08G000010 Chr08 NC_080394.1:103866-103877promoter 内 3864-3875 bp - 126 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 100852-103740(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGAA
SmilChr01G005465 Chr01 NC_080387.1:71654201-71654212promoter 内 3858-3869 bp - 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 71651753-71654069(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGAA
SmilChr07G000494 Chr07 NC_080393.1:3435495-3435506promoter 内 3820-3831 bp + 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 3435676-3446234(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATAAAAATGGAA
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