转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003441; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014538-RA_Salv SmilChr07G003441 NAC XP_057773618.1 MP00108 TTAAGTAAT

可能结合的靶基因

9810 个结合位点 6458 个候选靶基因 第 98 / 130 下载 TSV

上一页 98 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002440 Chr01 NC_080387.1:41971541-41971549promoter 内 2708-2716 bp - 1285 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 41968603-41970256(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTACT
SmilChr02G000251 Chr02 NC_080388.1:3239457-3239465promoter 内 2702-2710 bp - 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3236952-3238166(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATAAGTAAT
SmilChr02G002720 Chr02 NC_080388.1:47040432-47040440promoter 内 2701-2709 bp - 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 47031540-47039140(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TGAAGTAAT
SmilChr02G005416 Chr02 NC_080388.1:74623291-74623299promoter 内 2701-2709 bp + 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74624591-74625604(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAGT
SmilChr02G004983 Chr02 NC_080388.1:71710721-71710729promoter 内 2700-2708 bp - 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71712022-71712515(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ACTACTTAA
SmilChr03G000014 Chr03 NC_080389.1:142288-142296promoter 内 2700-2708 bp + 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 143589-147616(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATAAGTAAT
SmilChr02G002441 Chr02 NC_080388.1:42654493-42654501promoter 内 2699-2707 bp + 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 42655795-42658456(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATAAGTAAT
SmilChr02G005352 Chr02 NC_080388.1:74296748-74296756promoter 内 2699-2707 bp - 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74295357-74295454(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATAAGTAAT
SmilChr01G004010 Chr01 NC_080387.1:58512367-58512375promoter 内 2698-2706 bp - 1295 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 58513670-58514897(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTCA
SmilChr03G000427 Chr03 NC_080389.1:4651311-4651319promoter 内 2696-2704 bp - 1297 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4652616-4653626(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr01G002620 Chr01 NC_080387.1:44466941-44466949promoter 内 2693-2701 bp + 1300 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 44468249-44469037(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr01G004813 Chr01 NC_080387.1:66319514-66319522promoter 内 2692-2700 bp + 1301 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 66320823-66324495(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr02G000464 Chr02 NC_080388.1:6216937-6216945promoter 内 2692-2700 bp + 1301 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6218246-6218740(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATAAGTAAT
SmilChr02G005433 Chr02 NC_080388.1:74752891-74752899promoter 内 2692-2700 bp + 1301 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74748855-74751590(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr01G001346 Chr01 NC_080387.1:26721000-26721008promoter 内 2691-2699 bp - 1302 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26722310-26731562(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr01G001875 Chr01 NC_080387.1:33772180-33772188promoter 内 2691-2699 bp - 1302 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 33767560-33770878(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATAAGTAAT
SmilChr01G002221 Chr01 NC_080387.1:38613052-38613060promoter 内 2689-2697 bp + 1304 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 38614364-38618732(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr01G002200 Chr01 NC_080387.1:38277342-38277350promoter 内 2685-2693 bp + 1308 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 38278658-38283020(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr03G000556 Chr03 NC_080389.1:6013666-6013674promoter 内 2685-2693 bp + 1308 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6014982-6020144(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr01G000520 Chr01 NC_080387.1:10622371-10622379promoter 内 2683-2691 bp - 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10623689-10623775(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ACTACTTAA
SmilChr01G001107 Chr01 NC_080387.1:22680841-22680849promoter 内 2683-2691 bp + 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 22682159-22689602(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr01G002542 Chr01 NC_080387.1:43471256-43471264promoter 内 2683-2691 bp - 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43472574-43473839(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr01G001864 Chr01 NC_080387.1:33586339-33586347promoter 内 2681-2689 bp + 1312 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 33587659-33589279(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TGAAGTAAT
SmilChr01G000763 Chr01 NC_080387.1:16724686-16724694promoter 内 2680-2688 bp + 1313 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 16722822-16723373(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ACTACTTAA
SmilChr01G005934 Chr01 NC_080387.1:75105267-75105275promoter 内 2679-2687 bp - 1314 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 75099219-75103953(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr01G000416 Chr01 NC_080387.1:8419726-8419734promoter 内 2678-2686 bp + 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8421049-8423907(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTACT
SmilChr01G001982 Chr01 NC_080387.1:35213818-35213826promoter 内 2675-2683 bp + 1318 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35210483-35212500(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr02G002014 Chr02 NC_080388.1:36305474-36305482promoter 内 2674-2682 bp + 1319 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 36301216-36304155(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr02G002488 Chr02 NC_080388.1:43298492-43298500promoter 内 2674-2682 bp - 1319 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 43299819-43300526(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr01G003046 Chr01 NC_080387.1:49441997-49442005promoter 内 2672-2680 bp + 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49443326-49448527(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr02G005365 Chr02 NC_080388.1:74349640-74349648promoter 内 2672-2680 bp + 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74350969-74352510(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATAAGTAAT
SmilChr01G005510 Chr01 NC_080387.1:71949376-71949384promoter 内 2669-2677 bp - 1324 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71950708-71954175(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ACTACTTAA
SmilChr03G000700 Chr03 NC_080389.1:7827353-7827361promoter 内 2667-2675 bp + 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7818304-7826027(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 AGTACTTAA
SmilChr02G000457 Chr02 NC_080388.1:6099943-6099951promoter 内 2665-2673 bp + 1328 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 6101279-6102811(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr02G002194 Chr02 NC_080388.1:39160355-39160363promoter 内 2664-2672 bp - 1329 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 39158517-39159026(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TGAAGTAAT
SmilChr01G004073 Chr01 NC_080387.1:59135470-59135478promoter 内 2663-2671 bp + 1330 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 59127187-59134140(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
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