转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016341-RA_Salv SmilChr05G001395 WRKY XP_057765344.1 MP00071 CGGTCAAC

可能结合的靶基因

9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 99 / 149 下载 TSV

上一页 99 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001984 Chr02 NC_080388.1:35784785-35784792promoter 内 826-833 bp - 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 35779820-35781617(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr03G000507 Chr03 NC_080389.1:5467403-5467410promoter 内 820-827 bp - 3174 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 5470584-5477430(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr02G005533 Chr02 NC_080388.1:75378416-75378423promoter 内 817-824 bp + 3177 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 75370224-75375239(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr03G004171 Chr03 NC_080389.1:60458295-60458302promoter 内 816-823 bp - 3178 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 60451762-60455117(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr02G001134 Chr02 NC_080388.1:20476904-20476911promoter 内 814-821 bp - 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 20472651-20473724(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr05G000902 Chr05 NC_080391.1:7145176-7145183promoter 内 814-821 bp - 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 7148363-7150360(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr02G000236 Chr02 NC_080388.1:3020447-3020454promoter 内 811-818 bp - 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 3016743-3017264(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr02G004691 Chr02 NC_080388.1:69258705-69258712promoter 内 811-818 bp - 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 69261895-69268038(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr01G003946 Chr01 NC_080387.1:57820498-57820505promoter 内 807-814 bp + 3187 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 57815244-57817311(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr04G002785 Chr04 NC_080390.1:43651574-43651581promoter 内 800-807 bp + 3194 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 43654775-43655403(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr03G004095 Chr03 NC_080389.1:59821424-59821431promoter 内 795-802 bp + 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 59824630-59825569(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr02G003182 Chr02 NC_080388.1:52986524-52986531promoter 内 791-798 bp - 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 52980938-52983321(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr02G001132 Chr02 NC_080388.1:20458987-20458994promoter 内 787-794 bp - 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 20462201-20463244(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr01G000074 Chr01 NC_080387.1:1305971-1305978promoter 内 785-792 bp + 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 1298878-1302762(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr03G001043 Chr03 NC_080389.1:12148175-12148182promoter 内 783-790 bp - 3211 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 12151393-12152825(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr01G003818 Chr01 NC_080387.1:56534586-56534593promoter 内 781-788 bp + 3213 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 56537806-56542793(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr03G001439 Chr03 NC_080389.1:17102626-17102633promoter 内 774-781 bp + 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 17098015-17099406(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr02G001591 Chr02 NC_080388.1:29683570-29683577promoter 内 768-775 bp - 3226 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 29677481-29680344(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr01G005674 Chr01 NC_080387.1:73015030-73015037promoter 内 767-774 bp + 3227 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 73018264-73019041(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr03G003317 Chr03 NC_080389.1:51416833-51416840promoter 内 763-770 bp - 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 51410014-51413602(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr02G003477 Chr02 NC_080388.1:56076218-56076225promoter 内 761-768 bp - 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 56065876-56072985(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr04G003524 Chr04 NC_080390.1:51612147-51612154promoter 内 759-766 bp + 3235 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 51604902-51608912(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr03G002576 Chr03 NC_080389.1:40979082-40979089promoter 内 758-765 bp + 3236 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 40982325-40982398(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr04G001967 Chr04 NC_080390.1:31896686-31896693promoter 内 758-765 bp + 3236 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 31892032-31893450(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr03G002929 Chr03 NC_080389.1:46048517-46048524promoter 内 753-760 bp - 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 46041459-46045276(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr02G003536 Chr02 NC_080388.1:56504754-56504761promoter 内 749-756 bp + 3245 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 56508006-56515167(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr01G004753 Chr01 NC_080387.1:65736761-65736768promoter 内 744-751 bp - 3250 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 65740018-65742746(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr03G000207 Chr03 NC_080389.1:2370882-2370889promoter 内 744-751 bp + 3250 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 2374139-2375699(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr01G005787 Chr01 NC_080387.1:73949768-73949775promoter 内 741-748 bp + 3253 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 73953028-73956878(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr01G006025 Chr01 NC_080387.1:75821934-75821941promoter 内 741-748 bp + 3253 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 75825194-75830311(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr02G004575 Chr02 NC_080388.1:68247771-68247778promoter 内 735-742 bp - 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 68251037-68253803(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr03G001598 Chr03 NC_080389.1:20308925-20308932promoter 内 734-741 bp + 3260 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 20304955-20305665(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr02G005392 Chr02 NC_080388.1:74538332-74538339promoter 内 733-740 bp + 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 74532819-74535071(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr02G000679 Chr02 NC_080388.1:10631329-10631336promoter 内 732-739 bp + 3262 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 10634598-10635767(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
SmilChr02G001926 Chr02 NC_080388.1:34682987-34682994promoter 内 729-736 bp + 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 34678675-34679722(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr01G005305 Chr01 NC_080387.1:70316959-70316966promoter 内 728-735 bp + 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 70313091-70313693(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TTTGACCG
SmilChr02G001572 Chr02 NC_080388.1:29145111-29145118promoter 内 727-734 bp + 3267 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 29148385-29153062(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 CGGTCAAA
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