靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00016341-RA_Salv |
SmilChr05G001395 |
WRKY | XP_057765344.1 |
MP00071 |
CGGTCAAC |
9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 99 / 149 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G001984 |
Chr02 | NC_080388.1:35784785-35784792promoter 内 826-833 bp |
- | 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 35779820-35781617(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr03G000507 |
Chr03 | NC_080389.1:5467403-5467410promoter 内 820-827 bp |
- | 3174 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 5470584-5477430(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr02G005533 |
Chr02 | NC_080388.1:75378416-75378423promoter 内 817-824 bp |
+ | 3177 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 75370224-75375239(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr03G004171 |
Chr03 | NC_080389.1:60458295-60458302promoter 内 816-823 bp |
- | 3178 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 60451762-60455117(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr02G001134 |
Chr02 | NC_080388.1:20476904-20476911promoter 内 814-821 bp |
- | 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 20472651-20473724(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr05G000902 |
Chr05 | NC_080391.1:7145176-7145183promoter 内 814-821 bp |
- | 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 7148363-7150360(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr02G000236 |
Chr02 | NC_080388.1:3020447-3020454promoter 内 811-818 bp |
- | 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 3016743-3017264(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr02G004691 |
Chr02 | NC_080388.1:69258705-69258712promoter 内 811-818 bp |
- | 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 69261895-69268038(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr01G003946 |
Chr01 | NC_080387.1:57820498-57820505promoter 内 807-814 bp |
+ | 3187 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 57815244-57817311(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr04G002785 |
Chr04 | NC_080390.1:43651574-43651581promoter 内 800-807 bp |
+ | 3194 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 43654775-43655403(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr03G004095 |
Chr03 | NC_080389.1:59821424-59821431promoter 内 795-802 bp |
+ | 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 59824630-59825569(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr02G003182 |
Chr02 | NC_080388.1:52986524-52986531promoter 内 791-798 bp |
- | 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 52980938-52983321(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr02G001132 |
Chr02 | NC_080388.1:20458987-20458994promoter 内 787-794 bp |
- | 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 20462201-20463244(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr01G000074 |
Chr01 | NC_080387.1:1305971-1305978promoter 内 785-792 bp |
+ | 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 1298878-1302762(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr03G001043 |
Chr03 | NC_080389.1:12148175-12148182promoter 内 783-790 bp |
- | 3211 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 12151393-12152825(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr01G003818 |
Chr01 | NC_080387.1:56534586-56534593promoter 内 781-788 bp |
+ | 3213 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 56537806-56542793(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr03G001439 |
Chr03 | NC_080389.1:17102626-17102633promoter 内 774-781 bp |
+ | 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 17098015-17099406(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr02G001591 |
Chr02 | NC_080388.1:29683570-29683577promoter 内 768-775 bp |
- | 3226 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 29677481-29680344(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr01G005674 |
Chr01 | NC_080387.1:73015030-73015037promoter 内 767-774 bp |
+ | 3227 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 73018264-73019041(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr03G003317 |
Chr03 | NC_080389.1:51416833-51416840promoter 内 763-770 bp |
- | 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 51410014-51413602(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr02G003477 |
Chr02 | NC_080388.1:56076218-56076225promoter 内 761-768 bp |
- | 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 56065876-56072985(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr04G003524 |
Chr04 | NC_080390.1:51612147-51612154promoter 内 759-766 bp |
+ | 3235 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 51604902-51608912(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr03G002576 |
Chr03 | NC_080389.1:40979082-40979089promoter 内 758-765 bp |
+ | 3236 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 40982325-40982398(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr04G001967 |
Chr04 | NC_080390.1:31896686-31896693promoter 内 758-765 bp |
+ | 3236 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 31892032-31893450(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr03G002929 |
Chr03 | NC_080389.1:46048517-46048524promoter 内 753-760 bp |
- | 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 46041459-46045276(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr02G003536 |
Chr02 | NC_080388.1:56504754-56504761promoter 内 749-756 bp |
+ | 3245 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 56508006-56515167(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr01G004753 |
Chr01 | NC_080387.1:65736761-65736768promoter 内 744-751 bp |
- | 3250 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 65740018-65742746(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr03G000207 |
Chr03 | NC_080389.1:2370882-2370889promoter 内 744-751 bp |
+ | 3250 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 2374139-2375699(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr01G005787 |
Chr01 | NC_080387.1:73949768-73949775promoter 内 741-748 bp |
+ | 3253 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 73953028-73956878(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr01G006025 |
Chr01 | NC_080387.1:75821934-75821941promoter 内 741-748 bp |
+ | 3253 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 75825194-75830311(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
SmilChr02G004575 |
Chr02 | NC_080388.1:68247771-68247778promoter 内 735-742 bp |
- | 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 68251037-68253803(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr03G001598 |
Chr03 | NC_080389.1:20308925-20308932promoter 内 734-741 bp |
+ | 3260 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 20304955-20305665(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr02G005392 |
Chr02 | NC_080388.1:74538332-74538339promoter 内 733-740 bp |
+ | 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 74532819-74535071(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
SmilChr02G000679 |
Chr02 | NC_080388.1:10631329-10631336promoter 内 732-739 bp |
+ | 3262 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 10634598-10635767(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
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Chr02 | NC_080388.1:34682987-34682994promoter 内 729-736 bp |
+ | 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 34678675-34679722(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TTTGACCG |
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Chr01 | NC_080387.1:70316959-70316966promoter 内 728-735 bp |
+ | 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 70313091-70313693(-) |
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MP00071 |
TTTGACCG |
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+ | 3267 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 29148385-29153062(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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Chr03 | NC_080389.1:16908404-16908411promoter 内 724-731 bp |
+ | 3270 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 16911681-16913320(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
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Chr02 | NC_080388.1:15081364-15081371promoter 内 715-722 bp |
- | 3279 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 15075885-15078085(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
CGGTCAAA |
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+ | 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 51246416-51246990(+) |
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CGGTCAAA |
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SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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Chr03 | NC_080389.1:41975222-41975229promoter 内 692-699 bp |
- | 3302 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 41969327-41971920(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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+ | 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 6373000-6373649(+) |
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CGGTCAAA |
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+ | 3322 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.5/ 100 | 1 | 46448364-46453165(-) |
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