转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002757; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005037-RA_Salv SmilChr04G002757 MIKC_MADS XP_057807158.1 MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG

可能结合的靶基因

9889 个结合位点 7172 个候选靶基因 第 10 / 144 下载 TSV

上一页 10 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001447 Chr02 NC_080388.1:27143800-27143814promoter 内 130-144 bp - 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 27137826-27139943(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG
SmilChr03G002226 Chr03 NC_080389.1:35074510-35074524promoter 内 3915-3929 bp - 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 35074596-35075645(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAAGT
SmilChr03G004153 Chr03 NC_080389.1:60330335-60330349promoter 内 3821-3835 bp - 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 60330515-60335182(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAAGT
SmilChr03G003995 Chr03 NC_080389.1:58992915-58992929promoter 内 3708-3722 bp - 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 58993208-58995627(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAAGT
SmilChr01G005752 Chr01 NC_080387.1:73596112-73596126promoter 内 3683-3697 bp - 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 73593282-73595808(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG
SmilChr05G003140 Chr05 NC_080391.1:40011447-40011461promoter 内 3675-3689 bp + 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 40011773-40022714(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG
SmilChr03G003720 Chr03 NC_080389.1:56215860-56215874promoter 内 3586-3600 bp - 401 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 56212604-56215459(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG
SmilChr05G000464 Chr05 NC_080391.1:3512302-3512316promoter 内 3566-3580 bp - 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 3509127-3511881(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG
SmilChr04G003720 Chr04 NC_080390.1:53548523-53548537promoter 内 3502-3516 bp + 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 53544759-53548038(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAAGT
SmilChr03G003469 Chr03 NC_080389.1:53155887-53155901promoter 内 3493-3507 bp + 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 53156395-53162901(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG
SmilChr04G003747 Chr04 NC_080390.1:53756348-53756362promoter 内 3434-3448 bp - 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 53756915-53766766(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAAGT
SmilChr01G004939 Chr01 NC_080387.1:67502999-67503013promoter 内 3264-3278 bp - 723 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 67503736-67512271(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAAGT
SmilChr01G004908 Chr01 NC_080387.1:67114492-67114506promoter 内 3232-3246 bp - 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 67115261-67119955(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAAGT
SmilChr02G003369 Chr02 NC_080388.1:54819162-54819176promoter 内 3104-3118 bp - 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 54812407-54818279(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG
SmilChr04G000677 Chr04 NC_080390.1:7740139-7740153promoter 内 3038-3052 bp - 949 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 7741102-7747480(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAAGT
SmilChr03G000232 Chr03 NC_080389.1:2756137-2756151promoter 内 2892-2906 bp - 1095 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 2752746-2755042(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG
SmilChr04G002043 Chr04 NC_080390.1:33152986-33153000promoter 内 2842-2856 bp - 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 33148031-33151841(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG
SmilChr03G000366 Chr03 NC_080389.1:4093990-4094004promoter 内 2832-2846 bp + 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 4088674-4092835(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAAGT
SmilChr05G003643 Chr05 NC_080391.1:48843932-48843946promoter 内 2821-2835 bp + 1166 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 48838126-48842766(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAAGT
SmilChr03G002536 Chr03 NC_080389.1:40426475-40426489promoter 内 2735-2749 bp + 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 40427741-40428405(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG
SmilChr04G003587 Chr04 NC_080390.1:52304174-52304188promoter 内 2707-2721 bp + 1280 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 52298267-52302894(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAAGT
SmilChr03G001699 Chr03 NC_080389.1:22524925-22524939promoter 内 2630-2644 bp - 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 22522746-22523568(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG
SmilChr04G000094 Chr04 NC_080390.1:853498-853512promoter 内 2459-2473 bp - 1528 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 855040-857530(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAAGT
SmilChr02G003865 Chr02 NC_080388.1:60619994-60620008promoter 内 2422-2436 bp + 1565 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 60607721-60618429(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAAGT
SmilChr02G002671 Chr02 NC_080388.1:46288154-46288168promoter 内 2417-2431 bp - 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 46289738-46291631(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAAGT
SmilChr02G004215 Chr02 NC_080388.1:64393287-64393301promoter 内 2327-2341 bp + 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 64388940-64391627(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAAGT
SmilChr03G004152 Chr03 NC_080389.1:60330335-60330349promoter 内 2135-2149 bp - 1852 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 60327817-60328483(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG
SmilChr01G001961 Chr01 NC_080387.1:34882713-34882727promoter 内 2107-2121 bp + 1880 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 34884607-34891469(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG
SmilChr03G002351 Chr03 NC_080389.1:37142218-37142232promoter 内 2019-2033 bp - 1968 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 37137945-37140250(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG
SmilChr01G003119 Chr01 NC_080387.1:50006337-50006351promoter 内 1861-1875 bp + 2126 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 50002361-50004211(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAAGT
SmilChr01G003196 Chr01 NC_080387.1:50732365-50732379promoter 内 1757-1771 bp + 2230 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 50723368-50730135(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAAGT
SmilChr02G003015 Chr02 NC_080388.1:50837760-50837774promoter 内 1748-1762 bp + 2239 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 50840013-50840119(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCCTTTTTGG
SmilChr03G003267 Chr03 NC_080389.1:50602110-50602124promoter 内 1608-1622 bp + 2379 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 50592638-50599731(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAAGT
SmilChr04G003465 Chr04 NC_080390.1:51134508-51134522promoter 内 1589-1603 bp + 2398 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 51136920-51144915(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG
SmilChr03G002895 Chr03 NC_080389.1:45679876-45679890promoter 内 1563-1577 bp + 2424 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 45672567-45677452(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAGGAAAGT
SmilChr04G003604 Chr04 NC_080390.1:52499072-52499086promoter 内 1469-1483 bp - 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 52494122-52496554(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG
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