转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 10 / 134 下载 TSV

上一页 10 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G004176 Chr04 NC_080390.1:56368735-56368749promoter 内 1122-1136 bp - 2865 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 56362912-56365870(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTCTCGCCGACACCG
SmilChr05G000298 Chr05 NC_080391.1:2282948-2282962promoter 内 946-960 bp - 3041 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 2279826-2279907(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGCCACCGACATTG
SmilChr06G001305 Chr06 NC_080392.1:13572883-13572897promoter 内 945-959 bp + 3042 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 13568963-13569841(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTGTCGGCGAGCG
SmilChr05G000830 Chr05 NC_080391.1:6536996-6537010promoter 内 921-935 bp - 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 6532277-6533930(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACTCCACCGACATCT
SmilChr07G000297 Chr07 NC_080393.1:1962201-1962215promoter 内 778-792 bp + 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 1955468-1958992(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGTGTCGGCGAAGG
SmilChr02G003788 Chr02 NC_080388.1:59523519-59523533promoter 内 488-502 bp - 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 59527032-59529805(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCCTCGT
SmilChr01G002327 Chr01 NC_080387.1:40418517-40418531promoter 内 447-461 bp + 3540 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 40413969-40414977(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGTGGCCA
SmilChr07G003451 Chr07 NC_080393.1:38535761-38535775promoter 内 411-425 bp - 3576 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 38539351-38548484(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGTGGAGT
SmilChr08G000229 Chr08 NC_080394.1:1545868-1545882promoter 内 1173-1187 bp + 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 5 1538443-1543054(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTGTCGGCGTCGG
SmilChr02G003205 Chr02 NC_080388.1:53181842-53181856promoter 内 1406-1420 bp + 2581 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 53184437-53187017(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGACGCCGACACCG
SmilChr08G004686 Chr08 NC_080394.1:56322822-56322836promoter 内 1147-1161 bp - 2840 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 56325676-56330306(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTGTCGGCGTCGG
SmilChr02G003203 Chr02 NC_080388.1:53181842-53181856promoter 内 849-863 bp + 3138 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 53172772-53178704(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTGTCGGCGTCGG
SmilChr03G000389 Chr03 NC_080389.1:4300420-4300434promoter 内 2103-2117 bp - 1884 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 4297428-4298536(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGACGCCGACACCG
SmilChr04G001925 Chr04 NC_080390.1:31359456-31359470promoter 内 3234-3248 bp - 753 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 31360223-31361483(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGCCAGGC
SmilChr01G004443 Chr01 NC_080387.1:62556827-62556841promoter 内 3221-3235 bp + 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 62554906-62556061(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGCGACTC
SmilChr07G003010 Chr07 NC_080393.1:30952234-30952248promoter 内 2402-2416 bp + 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 30953833-30957731(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGCTCGCCGACATGC
SmilChr04G001926 Chr04 NC_080390.1:31359456-31359470promoter 内 1727-1741 bp - 2260 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 31361730-31367584(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGCCAGGC
SmilChr01G004444 Chr01 NC_080387.1:62556827-62556841promoter 内 1658-1672 bp + 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 62559170-62565033(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAGTCGCCGACATGA
SmilChr07G001620 Chr07 NC_080393.1:13598388-13598402promoter 内 1407-1421 bp + 2580 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 13600982-13603404(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGACGCCGACACCG
SmilChr01G002311 Chr01 NC_080387.1:40085581-40085595promoter 内 1225-1239 bp + 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 40088357-40090827(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCTTGACCGACATGA
SmilChr05G001624 Chr05 NC_080391.1:15143496-15143510promoter 内 3952-3966 bp + 35 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 15143545-15143919(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CATTGGCCGACATCA
SmilChr06G000818 Chr06 NC_080392.1:7706101-7706115promoter 内 3877-3891 bp - 110 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 7698930-7705991(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAGTCGCCGACATGA
SmilChr08G002217 Chr08 NC_080394.1:20174749-20174763promoter 内 3784-3798 bp - 203 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 20173422-20174546(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGCCGCCGACAAAG
SmilChr08G000620 Chr08 NC_080394.1:4639678-4639692promoter 内 3569-3583 bp - 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 4636923-4639260(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCGTTGCCGACATAC
SmilChr05G002938 Chr05 NC_080391.1:35425379-35425393promoter 内 3443-3457 bp + 544 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 35425937-35428198(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTGGCCGACATGC
SmilChr06G000813 Chr06 NC_080392.1:7652646-7652660promoter 内 3332-3346 bp - 655 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 7653315-7655393(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGCGACTC
SmilChr04G003043 Chr04 NC_080390.1:46945224-46945238promoter 内 3096-3110 bp - 891 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 46946129-46948705(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCCACCG
SmilChr04G000286 Chr04 NC_080390.1:2639513-2639527promoter 内 3019-3033 bp + 968 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 2635750-2638545(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGTGAAGA
SmilChr04G003172 Chr04 NC_080390.1:48390836-48390850promoter 内 3012-3026 bp + 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 48387346-48389861(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCCACCG
SmilChr02G000821 Chr02 NC_080388.1:13832713-13832727promoter 内 2940-2954 bp + 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 13833774-13835877(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAGGCGCCGACATCG
SmilChr03G002179 Chr03 NC_080389.1:33868551-33868565promoter 内 2714-2728 bp + 1273 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 33863274-33867278(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAATGTCGGCGGAGA
SmilChr01G004062 Chr01 NC_080387.1:59042287-59042301promoter 内 2593-2607 bp - 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 59040510-59040893(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGTCGCCGACAACA
SmilChr02G004303 Chr02 NC_080388.1:65418248-65418262promoter 内 2552-2566 bp + 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 65419697-65421066(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATCACCGACATCC
SmilChr05G001028 Chr05 NC_080391.1:8435268-8435282promoter 内 1908-1922 bp - 2079 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 8430870-8433189(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCCGTGCCGACATGG
SmilChr08G002233 Chr08 NC_080394.1:20452523-20452537promoter 内 1842-1856 bp - 2145 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 20454682-20458435(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGTAGTGG
SmilChr02G003853 Chr02 NC_080388.1:60301792-60301806promoter 内 1766-1780 bp + 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 60298047-60299571(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGCGTCGC
SmilChr04G002364 Chr04 NC_080390.1:38123264-38123278promoter 内 1072-1086 bp + 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 38126193-38127457(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTGGCCGACATCT
SmilChr04G000364 Chr04 NC_080390.1:3657719-3657733promoter 内 999-1013 bp - 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 3654240-3654731(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCGCTGCCGACACCG
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