转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022980-RA_Salv SmilChr01G002885 ERF XP_057767601.1 MP00151 ATGGACGGTGGAGG

可能结合的靶基因

9976 个结合位点 6907 个候选靶基因 第 100 / 139 下载 TSV

上一页 100 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001245 Chr03 NC_080389.1:14356046-14356059promoter 内 512-525 bp + 3476 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 14350085-14352570(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTTCCACCGGCCCG
SmilChr06G003156 Chr06 NC_080392.1:44544193-44544206promoter 内 422-435 bp - 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 44547772-44548525(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCGCTACCGTCCAT
SmilChr02G003830 Chr02 NC_080388.1:59948159-59948172promoter 内 421-434 bp - 3567 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 59951739-59952492(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCGCTACCGTCCAT
SmilChr04G002080 Chr04 NC_080390.1:33564284-33564297promoter 内 421-434 bp - 3567 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 33567864-33568617(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCGCTACCGTCCAT
SmilChr05G002720 Chr05 NC_080391.1:31303911-31303924promoter 内 421-434 bp - 3567 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 31307491-31308244(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCGCTACCGTCCAT
SmilChr01G004315 Chr01 NC_080387.1:61334260-61334273promoter 内 376-389 bp - 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 61326946-61330648(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGTAGCGC
SmilChr01G005367 Chr01 NC_080387.1:70893388-70893401promoter 内 317-330 bp + 3671 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 70885818-70889717(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGGCTCC
SmilChr05G002595 Chr05 NC_080391.1:29176588-29176601promoter 内 269-282 bp - 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 29180320-29184003(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGACGCC
SmilChr03G004613 Chr03 NC_080389.1:63853480-63853493promoter 内 131-144 bp + 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 63845222-63849623(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCTACGCCGTCCAG
SmilChr04G004099 Chr04 NC_080390.1:55960639-55960652promoter 内 116-129 bp + 3872 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 55964524-55966188(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGTAGCGC
SmilChr04G003901 Chr04 NC_080390.1:54781257-54781270promoter 内 111-124 bp - 3877 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 54776041-54777380(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGTAGCGC
SmilChr03G004612 Chr03 NC_080389.1:63853480-63853493promoter 内 105-118 bp + 3883 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 63839534-63849597(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCTACGCCGTCCAG
SmilChr06G001538 Chr06 NC_080392.1:16632213-16632226promoter 内 40-53 bp + 3948 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 16636174-16638340(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGAGCCGGTGGAGG
SmilChr03G002810 Chr03 NC_080389.1:44557621-44557634promoter 内 35-48 bp + 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 44561587-44563867(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGTAGCGC
SmilChr05G003067 Chr05 NC_080391.1:38527419-38527432promoter 内 3962-3975 bp - 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 38527458-38541289(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TAGACGCCGTCCAT
SmilChr05G000564 Chr05 NC_080391.1:4241497-4241510promoter 内 3433-3446 bp - 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 4242065-4248077(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGTCGAA
SmilChr03G003525 Chr03 NC_080389.1:53855082-53855095promoter 内 1312-1325 bp + 2676 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 53850877-53852406(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCGCCACCGTCGGT
SmilChr02G004325 Chr02 NC_080388.1:65547765-65547778promoter 内 1177-1190 bp - 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 65542733-65544954(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTAGACGGTGCCGC
SmilChr02G004837 Chr02 NC_080388.1:70494606-70494619promoter 内 1169-1182 bp - 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 70490461-70491787(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGGCGGTGGAAT
SmilChr03G003070 Chr03 NC_080389.1:47699655-47699668promoter 内 763-776 bp + 3225 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 47695414-47696430(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CAACCACCGTCGAC
SmilChr02G005242 Chr02 NC_080388.1:73599474-73599487promoter 内 600-613 bp - 3388 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 73594646-73596086(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCTGGCGGTGGAGG
SmilChr06G000682 Chr06 NC_080392.1:6046285-6046298promoter 内 504-517 bp - 3484 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 6035134-6042801(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGGGACGGTGGGCT
SmilChr02G003665 Chr02 NC_080388.1:58044826-58044839promoter 内 3937-3950 bp - 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 58044890-58052071(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGCCCACCGTCAAC
SmilChr04G002728 Chr04 NC_080390.1:42889970-42889983promoter 内 3867-3880 bp - 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 42885677-42889849(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGTGTGAA
SmilChr04G002658 Chr04 NC_080390.1:41981313-41981326promoter 内 3812-3825 bp - 176 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 41974289-41981137(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGACGGTGAGTA
SmilChr05G003056 Chr05 NC_080391.1:38381012-38381025promoter 内 3793-3806 bp - 195 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 38381220-38381576(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTAACGCCGTCCAC
SmilChr02G005096 Chr02 NC_080388.1:72533293-72533306promoter 内 3737-3750 bp + 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 72524507-72533042(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTTGCACCGTCCAA
SmilChr03G001273 Chr03 NC_080389.1:14866622-14866635promoter 内 3715-3728 bp + 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 14856149-14866349(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GAGTCGCCGTCCAG
SmilChr03G003416 Chr03 NC_080389.1:52507113-52507126promoter 内 3670-3683 bp + 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 52507444-52508965(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTTGGCGGTGGAGA
SmilChr06G002920 Chr06 NC_080392.1:42071691-42071704promoter 内 3519-3532 bp - 469 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 42068908-42071222(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGTTGAAG
SmilChr03G001186 Chr03 NC_080389.1:13616545-13616558promoter 内 3322-3335 bp + 666 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 13617224-13618288(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CGGGGCGGTGGAGA
SmilChr02G001945 Chr02 NC_080388.1:35073058-35073071promoter 内 3157-3170 bp + 831 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 35073902-35076549(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGCGCACT
SmilChr03G002704 Chr03 NC_080389.1:42984910-42984923promoter 内 3093-3106 bp + 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 42985818-42986925(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGACGGTGCAAC
SmilChr01G003151 Chr01 NC_080387.1:50312788-50312801promoter 内 3088-3101 bp + 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 50313701-50316532(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GAGGACGGTGAAAA
SmilChr04G004089 Chr04 NC_080390.1:55905558-55905571promoter 内 2839-2852 bp + 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 55906720-55908507(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCTGGCGGTGGAGG
SmilChr06G001646 Chr06 NC_080392.1:18633629-18633642promoter 内 2833-2846 bp + 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 18634797-18638391(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGTTGAAG
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