转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 100 / 152 下载 TSV

上一页 100 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002452 Chr03 NC_080389.1:38891937-38891955promoter 内 297-315 bp + 3686 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 38888180-38888251(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGCGAAGTTGTTGGAAGGA
SmilChr01G002929 Chr01 NC_080387.1:48067831-48067849promoter 内 294-312 bp + 3689 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 48061372-48064142(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGACGAA
SmilChr02G002713 Chr02 NC_080388.1:46980895-46980913promoter 内 216-234 bp + 3767 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 46975061-46977128(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAATAGTGGTTGAATGAC
SmilChr03G002556 Chr03 NC_080389.1:40734702-40734720promoter 内 203-221 bp - 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 40738500-40741310(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGTGGTGGTTGCCCTGT
SmilChr04G003585 Chr04 NC_080390.1:52290086-52290104promoter 内 186-204 bp + 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 52285399-52286289(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAAAAATGGTTGGGGGGT
SmilChr01G003906 Chr01 NC_080387.1:57347475-57347493promoter 内 163-181 bp - 3820 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57351313-57354688(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAAAGGTAGTTGAATGTA
SmilChr01G003924 Chr01 NC_080387.1:57491616-57491634promoter 内 141-159 bp - 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57495476-57498897(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAAAGGTAGTTGAATGTA
SmilChr05G001170 Chr05 NC_080391.1:9800330-9800348promoter 内 132-150 bp - 3851 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9804199-9805931(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTATGTTGGTTGGAAAAG
SmilChr02G005491 Chr02 NC_080388.1:75072028-75072046promoter 内 125-143 bp - 3858 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 75075904-75082376(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTATTTGTGGTTGGGAAAA
SmilChr02G000785 Chr02 NC_080388.1:12906035-12906053promoter 内 119-137 bp - 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 12901317-12902171(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTACCCAACCAATTCCGA
SmilChr01G003204 Chr01 NC_080387.1:50803365-50803383promoter 内 114-132 bp - 3869 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50807252-50810251(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTAAGGTGGTTGTATTTT
SmilChr01G004847 Chr01 NC_080387.1:66617653-66617671promoter 内 104-122 bp + 3879 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 66621550-66625582(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGTCCCAACCAAATTCAA
SmilChr04G003884 Chr04 NC_080390.1:54665889-54665907promoter 内 103-121 bp + 3880 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54669787-54674288(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACATTCAACTACCTTTTA
SmilChr04G002455 Chr04 NC_080390.1:39313150-39313168promoter 内 100-118 bp + 3883 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 39307868-39309267(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGACGAA
SmilChr05G003037 Chr05 NC_080391.1:38120259-38120277promoter 内 60-78 bp - 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 38115557-38116336(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATCATCAACCACACCAAC
SmilChr01G006197 Chr01 NC_080387.1:77652032-77652050promoter 内 56-74 bp + 3927 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 77645546-77648105(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGACGAA
SmilChr05G002260 Chr05 NC_080391.1:24324158-24324176promoter 内 30-48 bp - 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 24328129-24330234(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTGTGTGGTTGGACGAA
SmilChr04G003065 Chr04 NC_080390.1:47195219-47195237promoter 内 6-24 bp - 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 47199214-47201646(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTGAATGTTGTTGGAAAGG
SmilChr01G005608 Chr01 NC_080387.1:72617357-72617375promoter 内 2711-2729 bp - 1272 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 3 72613265-72616085(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGTCTCCACCACCTCCAT
SmilChr01G005208 Chr01 NC_080387.1:69734267-69734285promoter 内 1093-1111 bp + 2890 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 3 69730847-69731377(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATTGGGTGGTTGAACCCG
SmilChr05G001195 Chr05 NC_080391.1:10038008-10038026promoter 内 989-1007 bp - 2994 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 3 10041020-10043793(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGTTGGTGGTTGGTTGAC
SmilChr05G002709 Chr05 NC_080391.1:31165329-31165347promoter 内 3874-3892 bp + 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 31165456-31167424(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTCCTCCACCACCTTTGC
SmilChr04G003490 Chr04 NC_080390.1:51348598-51348616promoter 内 3667-3685 bp - 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 51348932-51352589(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATTGGTGGTTGTGATTT
SmilChr04G001573 Chr04 NC_080390.1:26127468-26127486promoter 内 3585-3603 bp + 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 26099315-26127070(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGGAAGGTGGTGGAGGCGG
SmilChr04G003911 Chr04 NC_080390.1:54845106-54845124promoter 内 3268-3286 bp + 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 54845839-54847171(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGCATCAACCACTACACT
SmilChr01G005658 Chr01 NC_080387.1:72931662-72931680promoter 内 3246-3264 bp + 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 72929350-72930925(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCCTTAGTGGTTGGGTGTT
SmilChr02G003252 Chr02 NC_080388.1:53819279-53819297promoter 内 3094-3112 bp + 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 53815197-53818390(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGGAAGGTGGTGGAGGCGG
SmilChr05G002929 Chr05 NC_080391.1:35297356-35297374promoter 内 2942-2960 bp + 1041 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 35298415-35305942(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTTATCAACCACCCTCTG
SmilChr02G003460 Chr02 NC_080388.1:55895777-55895795promoter 内 2830-2848 bp + 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 55896948-55897020(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATTTGCAACCACCAGATT
SmilChr02G004455 Chr02 NC_080388.1:66950684-66950702promoter 内 2731-2749 bp - 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 66940716-66949432(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTCAACCAACCACCAACCG
SmilChr01G000740 Chr01 NC_080387.1:16397865-16397883promoter 内 2492-2510 bp + 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 16399374-16400258(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTCAACCAACCACCAACCG
SmilChr01G000887 Chr01 NC_080387.1:18935366-18935384promoter 内 2267-2285 bp - 1716 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 18928523-18933650(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATCCCAACCAATTCATG
SmilChr04G003053 Chr04 NC_080390.1:47098915-47098933promoter 内 1934-1952 bp + 2049 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 47100982-47101959(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACTACCCAACCACAATATT
SmilChr03G002142 Chr03 NC_080389.1:33360141-33360159promoter 内 1703-1721 bp + 2280 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 33356268-33357861(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGAAGGTGGTTAGAGTTA
SmilChr03G001261 Chr03 NC_080389.1:14558384-14558402promoter 内 1531-1549 bp + 2452 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 14545865-14555932(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGATTGTGGTTGATGGTA
SmilChr01G000618 Chr01 NC_080387.1:13612737-13612755promoter 内 1479-1497 bp - 2504 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 13615259-13616095(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAGCAGTGGTTGAAATTT
SmilChr01G001002 Chr01 NC_080387.1:21111012-21111030promoter 内 1234-1252 bp - 2749 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 21113779-21114130(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AACCTGTTGGTTGGAGGAG
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SmilChr02G002880 Chr02 NC_080388.1:49055574-49055592promoter 内 606-624 bp - 3377 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 49058969-49064452(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTGGAATTGGTTGGAATCC
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SmilChr01G000655 Chr01 NC_080387.1:14571867-14571885promoter 内 3867-3885 bp - 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 14572001-14574106(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCTTAGTGGTTGATGTTG