转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 100 / 128 下载 TSV

上一页 100 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G000733 Chr08 NC_080394.1:5438728-5438742promoter 内 2454-2468 bp + 1533 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 5434141-5437195(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGAGGTGGAGGGGG
SmilChr08G000717 Chr08 NC_080394.1:5323987-5324001promoter 内 2417-2431 bp + 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 5319388-5322417(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGAGGTGGAGGGGG
SmilChr07G002118 Chr07 NC_080393.1:19296410-19296424promoter 内 2403-2417 bp + 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 19288000-19294826(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGTCGGTGGAGACGG
SmilChr02G001625 Chr02 NC_080388.1:30170301-30170315promoter 内 2189-2203 bp - 1798 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 30172113-30174698(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCCGCCG
SmilChr06G001099 Chr06 NC_080392.1:11011343-11011357promoter 内 1795-1809 bp + 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 10995059-11009151(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGGCCT
SmilChr01G004211 Chr01 NC_080387.1:60548255-60548269promoter 内 1374-1388 bp + 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 60544261-60545642(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGTAAG
SmilChr08G000003 Chr08 NC_080394.1:49839-49853promoter 内 1107-1121 bp - 2880 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 52733-57412(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTTGAAG
SmilChr03G000758 Chr03 NC_080389.1:8643161-8643175promoter 内 925-939 bp - 3062 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 8646237-8647566(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGATGGTGGAGGTGG
SmilChr02G002965 Chr02 NC_080388.1:50167824-50167838promoter 内 3733-3747 bp + 254 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 50168092-50171839(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACGGCCACCGCTA
SmilChr04G000983 Chr04 NC_080390.1:13252083-13252097promoter 内 3569-3583 bp - 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 13250427-13251665(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCTCCT
SmilChr01G000978 Chr01 NC_080387.1:20681213-20681227promoter 内 3348-3362 bp + 639 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 20678587-20680574(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGAGGTGGAGGGGG
SmilChr07G001892 Chr07 NC_080393.1:16342330-16342344promoter 内 3196-3210 bp + 791 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 16343135-16345754(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCTCCT
SmilChr02G005549 Chr02 NC_080388.1:75475794-75475808promoter 内 3162-3176 bp - 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 75470795-75474969(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCCGCCACCGCTG
SmilChr03G001696 Chr03 NC_080389.1:22518759-22518773promoter 内 3160-3174 bp + 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 22514800-22517932(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGACGCAGG
SmilChr01G005314 Chr01 NC_080387.1:70394051-70394065promoter 内 3111-3125 bp + 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 70392116-70393175(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CATCGGTGGAGACGG
SmilChr02G002897 Chr02 NC_080388.1:49247738-49247752promoter 内 3110-3124 bp - 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 49243032-49246861(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACGGCCACCGCTA
SmilChr05G003030 Chr05 NC_080391.1:37915051-37915065promoter 内 3026-3040 bp - 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 37916026-37918649(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGAGGTGGAGGTGG
SmilChr02G005550 Chr02 NC_080388.1:75475794-75475808promoter 内 2957-2971 bp - 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 75476838-75489011(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGGCCT
SmilChr01G004212 Chr01 NC_080387.1:60548255-60548269promoter 内 2882-2896 bp + 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 60545745-60547150(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGTAAG
SmilChr05G002634 Chr05 NC_080391.1:29723548-29723562promoter 内 2881-2895 bp + 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 29724668-29725425(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATACCACCACCGCCT
SmilChr04G000385 Chr04 NC_080390.1:3911393-3911407promoter 内 2858-2872 bp - 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 3912536-3913039(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGCAT
SmilChr02G000444 Chr02 NC_080388.1:5818260-5818274promoter 内 2846-2860 bp - 1141 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 5816373-5817119(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTCGCGCCACCGCCA
SmilChr02G001045 Chr02 NC_080388.1:18510216-18510230promoter 内 2743-2757 bp + 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 18507736-18508972(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCCCTGA
SmilChr05G002539 Chr05 NC_080391.1:28344881-28344895promoter 内 2730-2744 bp + 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 28342113-28343624(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGTCGTTG
SmilChr01G001895 Chr01 NC_080387.1:34059688-34059702promoter 内 2646-2660 bp - 1341 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 34061043-34062788(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGTCGATGG
SmilChr05G003387 Chr05 NC_080391.1:44905421-44905435promoter 内 2630-2644 bp - 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 44906792-44907497(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATGCGGTGGCGGGGA
SmilChr05G003508 Chr05 NC_080391.1:46842495-46842509promoter 内 2603-2617 bp + 1384 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 46843893-46845789(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCTCCACCGTGA
SmilChr02G002600 Chr02 NC_080388.1:45122197-45122211promoter 内 2550-2564 bp + 1437 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 45123648-45124607(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGCCACCGCCC
SmilChr04G001014 Chr04 NC_080390.1:14125384-14125398promoter 内 2474-2488 bp - 1513 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 14126911-14128089(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGGCCT
SmilChr02G004273 Chr02 NC_080388.1:64939935-64939949promoter 内 2464-2478 bp + 1523 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 64941472-64943380(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCCTCCACCGCGG
SmilChr02G001979 Chr02 NC_080388.1:35730888-35730902promoter 内 2403-2417 bp - 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 35732486-35733390(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCGGTGGAGGTGC
SmilChr01G005283 Chr01 NC_080387.1:70209761-70209775promoter 内 2401-2415 bp - 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 70211361-70212134(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTCGGAG
SmilChr07G002393 Chr07 NC_080393.1:22303347-22303361promoter 内 2357-2371 bp + 1630 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 22304991-22315170(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCCGTGCCACCGCCA
SmilChr03G001697 Chr03 NC_080389.1:22518759-22518773promoter 内 2270-2284 bp + 1717 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 22520490-22521910(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTGCGTCACCGCCT
SmilChr04G002134 Chr04 NC_080390.1:34332189-34332203promoter 内 2226-2240 bp - 1761 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 34324413-34330428(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTGTGCCACCGCCG
SmilChr07G000706 Chr07 NC_080393.1:4915343-4915357promoter 内 2224-2238 bp + 1763 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 4910651-4913580(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACGGTGGAGATGC
SmilChr07G001431 Chr07 NC_080393.1:11109195-11109209promoter 内 2185-2199 bp - 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 11111011-11112702(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGTAGGCTG
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SmilChr05G000979 Chr05 NC_080391.1:7900939-7900953promoter 内 2139-2153 bp - 1848 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 7902801-7905770(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGGGCTC
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SmilChr05G000914 Chr05 NC_080391.1:7247192-7247206promoter 内 2049-2063 bp - 1938 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 7249144-7252026(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGGGCTC
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SmilChr01G004215 Chr01 NC_080387.1:60548255-60548269promoter 内 1899-1913 bp + 2088 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 60550357-60556955(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTACTCCACCGCCT
SmilChr05G000978 Chr05 NC_080391.1:7900939-7900953promoter 内 1859-1873 bp - 2128 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 7898252-7898811(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCCCCCACCGCCG
SmilChr01G004206 Chr01 NC_080387.1:60500936-60500950promoter 内 1764-1778 bp - 2223 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 60503173-60504883(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACGGTGGAGGTGA
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SmilChr02G005267 Chr02 NC_080388.1:73757229-73757243promoter 内 1700-1714 bp + 2287 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 73752593-73754942(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGGGCTC
SmilChr05G002247 Chr05 NC_080391.1:24148136-24148150promoter 内 1700-1714 bp + 2287 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 24144159-24145849(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCAGTCG
SmilChr03G004723 Chr03 NC_080389.1:64433234-64433248promoter 内 1681-1695 bp - 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 64435554-64443378(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGTCGTCGG
SmilChr01G002751 Chr01 NC_080387.1:45831478-45831492promoter 内 1601-1615 bp - 2386 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 45827404-45829092(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCTTCCACCGCCA