转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002147; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004577-RA_Salv SmilChr07G002147 MYB XP_057774045.1 MP00500 AATATGGATAAGG

可能结合的靶基因

9681 个结合位点 6697 个候选靶基因 第 100 / 134 下载 TSV

上一页 100 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005881 Chr01 NC_080387.1:74745197-74745209promoter 内 3065-3077 bp + 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 74743185-74744273(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCAAATA
SmilChr03G000371 Chr03 NC_080389.1:4154093-4154105promoter 内 2954-2966 bp + 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 4150391-4153058(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCACCACC
SmilChr02G002534 Chr02 NC_080388.1:44052556-44052568promoter 内 2953-2965 bp - 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 44045881-44051520(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GGTTTGGATAATA
SmilChr01G004329 Chr01 NC_080387.1:61438141-61438153promoter 内 2930-2942 bp + 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 61433689-61437082(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACTTATCCCTAAT
SmilChr01G005747 Chr01 NC_080387.1:73556274-73556286promoter 内 2913-2925 bp + 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 73557362-73558285(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTGCAAGATAAGG
SmilChr03G000758 Chr03 NC_080389.1:8645106-8645118promoter 内 2870-2882 bp + 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 8646237-8647566(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GCTTTGGATAATG
SmilChr02G000872 Chr02 NC_080388.1:15016199-15016211promoter 内 2761-2773 bp - 1228 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 15011322-15014971(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TGAATTGATAAGG
SmilChr01G001222 Chr01 NC_080387.1:24508319-24508331promoter 内 2752-2764 bp + 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 24490718-24507082(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCAAATAG
SmilChr01G001441 Chr01 NC_080387.1:28086772-28086784promoter 内 2707-2719 bp + 1282 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 28075259-28085490(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCACTAG
SmilChr03G000289 Chr03 NC_080389.1:3282706-3282718promoter 内 2706-2718 bp - 1283 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 3278701-3281423(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTGAAAGATAAGG
SmilChr01G006198 Chr01 NC_080387.1:77660708-77660720promoter 内 2705-2717 bp + 1284 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 77662004-77666613(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CGCTTGGATAAGA
SmilChr01G004764 Chr01 NC_080387.1:65833803-65833815promoter 内 2671-2683 bp - 1318 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 65835133-65838194(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CGTTATCCACGCT
SmilChr03G000645 Chr03 NC_080389.1:7161936-7161948promoter 内 2640-2652 bp - 1349 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7163297-7165057(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCACCATA
SmilChr02G000924 Chr02 NC_080388.1:16071831-16071843promoter 内 2591-2603 bp - 1398 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 16069378-16070433(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTGCAAGATAAGG
SmilChr01G001178 Chr01 NC_080387.1:23831120-23831132promoter 内 2383-2395 bp + 1606 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 23827198-23829514(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCAAATAG
SmilChr03G000756 Chr03 NC_080389.1:8645106-8645118promoter 内 2223-2235 bp + 1766 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 8641850-8643340(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CATTATCCAAAGC
SmilChr02G000925 Chr02 NC_080388.1:16071831-16071843promoter 内 2184-2196 bp - 1805 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 16073648-16081123(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTTGCAC
SmilChr01G005354 Chr01 NC_080387.1:70777919-70777931promoter 内 2119-2131 bp - 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 70772397-70776049(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GGTGGTGATAAGG
SmilChr02G004216 Chr02 NC_080388.1:64397450-64397462promoter 内 2116-2128 bp + 1873 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 64391702-64395577(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGTTATCCAAATC
SmilChr02G004585 Chr02 NC_080388.1:68341858-68341870promoter 内 2097-2109 bp - 1892 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 68343762-68346106(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCAAATA
SmilChr02G004874 Chr02 NC_080388.1:70823257-70823269promoter 内 1990-2002 bp + 1999 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 70817659-70821258(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCACTCT
SmilChr01G003276 Chr01 NC_080387.1:51468731-51468743promoter 内 1981-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 51463545-51466723(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCATTTA
SmilChr02G001814 Chr02 NC_080388.1:32981040-32981052promoter 内 1947-1959 bp - 2042 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 32983094-32987735(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GCTTATCCATGAT
SmilChr02G001995 Chr02 NC_080388.1:36055293-36055305promoter 内 1929-1941 bp + 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 36051445-36053233(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTCTGTC
SmilChr02G000948 Chr02 NC_080388.1:16502512-16502524promoter 内 1928-1940 bp + 2061 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 16496916-16500451(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTTGTGT
SmilChr01G004391 Chr01 NC_080387.1:62085235-62085247promoter 内 1845-1857 bp + 2144 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 62087391-62090905(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 ACATAGGATAAGC
SmilChr02G000930 Chr02 NC_080388.1:16202882-16202894promoter 内 1836-1848 bp - 2153 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 16205047-16214520(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTTGCAC
SmilChr03G001937 Chr03 NC_080389.1:27500367-27500379promoter 内 1766-1778 bp + 2223 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 27502602-27504582(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 AGAGTGGATAATA
SmilChr03G000279 Chr03 NC_080389.1:3176014-3176026promoter 内 1668-1680 bp - 2321 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 3171369-3173693(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CTATTTGATAAGG
SmilChr02G005193 Chr02 NC_080388.1:73209060-73209072promoter 内 1647-1659 bp + 2342 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 73203421-73206718(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCCCCCC
SmilChr01G000284 Chr01 NC_080387.1:5584188-5584200promoter 内 1579-1591 bp - 2410 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 5576383-5581778(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTGCAAGATAAGG
SmilChr01G004940 Chr01 NC_080387.1:67524060-67524072promoter 内 1475-1487 bp + 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 67513488-67521546(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCCGACG
SmilChr03G000644 Chr03 NC_080389.1:7161936-7161948promoter 内 1311-1323 bp - 2678 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7156954-7159258(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATGGTGATAAGG
SmilChr02G001959 Chr02 NC_080388.1:35374731-35374743promoter 内 1255-1267 bp - 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 35377477-35377821(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 CCTTATCTTGCAC
SmilChr01G003018 Chr01 NC_080387.1:49209962-49209974promoter 内 1150-1162 bp + 2839 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 49203621-49207123(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TCTTATCCTTCCA
SmilChr01G001997 Chr01 NC_080387.1:35430189-35430201promoter 内 1084-1096 bp + 2905 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 35433106-35441187(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTTGGATAATA
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SmilChr02G000704 Chr02 NC_080388.1:11323101-11323113promoter 内 1016-1028 bp - 2973 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 11317401-11320128(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GTGCAAGATAAGG
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SmilChr01G004081 Chr01 NC_080387.1:59224994-59225006promoter 内 975-987 bp + 3014 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 59220331-59221980(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCAAATA
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SmilChr01G002466 Chr01 NC_080387.1:42345548-42345560promoter 内 899-911 bp - 3090 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 42348650-42358688(+) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 GATTATCCATATC
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SmilChr01G004812 Chr01 NC_080387.1:66322555-66322567promoter 内 395-407 bp + 3594 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 66315769-66318961(-) SMil_00004577-RA_Salv MP00500 TATTATCCAAATA
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