转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001365; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010780-RA_Salv SmilChr06G001365 SBP XP_057768799.1 MP00307 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9755 个结合位点 6893 个候选靶基因 第 101 / 138 下载 TSV

上一页 101 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000200 Chr03 NC_080389.1:2274432-2274442promoter 内 465-475 bp - 3526 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 2277968-2282418(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TCTCGTACAAG
SmilChr03G000339 Chr03 NC_080389.1:3860402-3860412promoter 内 408-418 bp + 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 3846142-3856819(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCCGTACTAT
SmilChr02G003090 Chr02 NC_080388.1:51774702-51774712promoter 内 370-380 bp + 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 51770533-51771081(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TCTCGTACAAG
SmilChr02G003894 Chr02 NC_080388.1:61027650-61027660promoter 内 310-320 bp - 3681 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 61019991-61023969(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTTGTACGCAT
SmilChr03G002177 Chr03 NC_080389.1:33828761-33828771promoter 内 3602-3612 bp + 389 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 33826747-33828372(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCCGTACTGG
SmilChr02G001562 Chr02 NC_080388.1:28892352-28892362promoter 内 3320-3330 bp - 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 28893033-28895362(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GCGCGTACAAG
SmilChr02G002649 Chr02 NC_080388.1:45899012-45899022promoter 内 2254-2264 bp + 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 45900759-45903568(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTTGTACGAGG
SmilChr03G000696 Chr03 NC_080389.1:7771175-7771185promoter 内 2122-2132 bp + 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 7763238-7769306(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CCTCGTACAAG
SmilChr02G003594 Chr02 NC_080388.1:57144387-57144397promoter 内 2933-2943 bp + 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 57145455-57146741(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTTGTACGAGG
SmilChr02G003836 Chr02 NC_080388.1:60040894-60040904promoter 内 2741-2751 bp + 1250 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 60042154-60043220(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTTGTACGAGG
SmilChr02G002604 Chr02 NC_080388.1:45178363-45178373promoter 内 2551-2561 bp + 1440 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 45179813-45182605(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTTGTACGAGG
SmilChr02G004233 Chr02 NC_080388.1:64513990-64514000promoter 内 2546-2556 bp + 1445 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 64511125-64512545(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATCCGTACTGG
SmilChr03G000662 Chr03 NC_080389.1:7411797-7411807promoter 内 1165-1175 bp - 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 7405691-7408971(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTTGTACGCTT
SmilChr02G005571 Chr02 NC_080388.1:75594866-75594876promoter 内 1045-1055 bp - 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 75597822-75602866(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CCTCGTACAAG
SmilChr02G004967 Chr02 NC_080388.1:71572569-71572579promoter 内 610-620 bp + 3381 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 71575960-71577118(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CCAGTACGGAT
SmilChr02G005091 Chr02 NC_080388.1:72497469-72497479promoter 内 367-377 bp + 3624 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 72501103-72503096(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTAGTACGGAT
SmilChr01G001337 Chr01 NC_080387.1:26556589-26556599promoter 内 185-195 bp + 3806 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 26560405-26567016(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 CTTGTACGAGG
SmilChr01G003664 Chr01 NC_080387.1:55066640-55066650promoter 内 2885-2895 bp + 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 55061660-55065534(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TCTCGTACAAT
SmilChr01G001508 Chr01 NC_080387.1:28908563-28908573promoter 内 1612-1622 bp + 2379 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 28910952-28915196(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGAGA
SmilChr01G004766 Chr01 NC_080387.1:65854280-65854290promoter 内 3405-3415 bp + 586 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 65849300-65853694(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTCGGTACAAT
SmilChr01G004268 Chr01 NC_080387.1:60921669-60921679promoter 内 3358-3368 bp - 633 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 60922312-60923221(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTCGGTACAAT
SmilChr02G003080 Chr02 NC_080388.1:51727172-51727182promoter 内 2721-2731 bp + 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 51724071-51725902(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TCTCGTACAAT
SmilChr02G004661 Chr02 NC_080388.1:69011167-69011177promoter 内 2500-2510 bp + 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 69012668-69014684(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCGAA
SmilChr01G006077 Chr01 NC_080387.1:76210082-76210092promoter 内 798-808 bp - 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 76213285-76214871(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TCTCGTACAAT
SmilChr01G003989 Chr01 NC_080387.1:58310300-58310310promoter 内 94-104 bp - 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 58314207-58315187(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TCTCGTACAAT
SmilChr02G002256 Chr02 NC_080388.1:39995768-39995778promoter 内 3623-3633 bp - 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 39996146-40004715(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TCTCGTACAAT
SmilChr01G001467 Chr01 NC_080387.1:28459241-28459251promoter 内 3574-3584 bp + 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 28456924-28458824(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TCTCGTACAAT
SmilChr03G003093 Chr03 NC_080389.1:47946840-47946850promoter 内 2986-2996 bp + 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 47939639-47945835(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AGGCGTACAAG
SmilChr02G005004 Chr02 NC_080388.1:71835858-71835868promoter 内 2888-2898 bp - 1103 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 71834042-71834755(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCGAA
SmilChr01G001468 Chr01 NC_080387.1:28459241-28459251promoter 内 2827-2837 bp + 1164 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 28460415-28464252(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGAGA
SmilChr01G002262 Chr01 NC_080387.1:39435149-39435159promoter 内 2443-2453 bp - 1548 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 39429772-39433601(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACCGAA
SmilChr03G003264 Chr03 NC_080389.1:50558978-50558988promoter 内 2430-2440 bp + 1561 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 50560549-50561271(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGAGA
SmilChr01G006076 Chr01 NC_080387.1:76210082-76210092promoter 内 2420-2430 bp - 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 76211663-76212899(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TCTCGTACAAT
SmilChr02G002497 Chr02 NC_080388.1:43413698-43413708promoter 内 2108-2118 bp - 1883 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 43407786-43411815(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGAGA
SmilChr01G005283 Chr01 NC_080387.1:70209407-70209417promoter 内 2047-2057 bp - 1944 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 70211361-70212134(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 AGGCGTACAAG
SmilChr01G003734 Chr01 NC_080387.1:55633292-55633302promoter 内 1870-1880 bp - 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 55629769-55631171(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACGAGA
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