转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005851; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011948-RA_Salv SmilChr01G005851 MYB XP_057789306.1 MP00055 CAGATAAGGT

可能结合的靶基因

9685 个结合位点 6638 个候选靶基因 第 102 / 133 下载 TSV

上一页 102 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004625 Chr01 NC_080387.1:64297720-64297729promoter 内 3755-3764 bp - 237 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 64297966-64298831(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGCTTATCTT
SmilChr01G005732 Chr01 NC_080387.1:73457593-73457602promoter 内 3700-3709 bp - 292 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 73457894-73458595(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GTCTTATCTC
SmilChr02G001624 Chr02 NC_080388.1:30169637-30169646promoter 内 3687-3696 bp - 305 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 30169951-30171198(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GACTTATCTC
SmilChr01G000090 Chr01 NC_080387.1:1643521-1643530promoter 内 3614-3623 bp - 378 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1643908-1649585(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GACTTATCTC
SmilChr02G000530 Chr02 NC_080388.1:7298059-7298068promoter 内 3608-3617 bp - 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 7298452-7302000(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GACTTATCTC
SmilChr02G002332 Chr02 NC_080388.1:41017895-41017904promoter 内 3552-3561 bp - 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 41016474-41017455(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGCC
SmilChr01G000068 Chr01 NC_080387.1:1118005-1118014promoter 内 3550-3559 bp + 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1118456-1123317(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGCC
SmilChr01G002022 Chr01 NC_080387.1:35780072-35780081promoter 内 3543-3552 bp - 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 35780530-35792602(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGCTTATCTT
SmilChr01G003655 Chr01 NC_080387.1:55000981-55000990promoter 内 3457-3466 bp - 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 55001525-55004715(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GTCTTATCTC
SmilChr01G002796 Chr01 NC_080387.1:46455295-46455304promoter 内 3454-3463 bp + 538 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 46455842-46458021(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGCC
SmilChr02G004248 Chr02 NC_080388.1:64667698-64667707promoter 内 3393-3402 bp + 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 64661246-64667099(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GTCTTATCTC
SmilChr02G005560 Chr02 NC_080388.1:75543750-75543759promoter 内 3310-3319 bp - 682 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 75540696-75543068(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGTC
SmilChr02G001431 Chr02 NC_080388.1:27013139-27013148promoter 内 3243-3252 bp - 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 27008909-27012390(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAC
SmilChr02G002437 Chr02 NC_080388.1:42531461-42531470promoter 内 3231-3240 bp + 761 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 42527911-42530700(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GACTTATCTC
SmilChr01G003625 Chr01 NC_080387.1:54806191-54806200promoter 内 3157-3166 bp + 835 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54802917-54805356(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GTCTTATCTC
SmilChr01G004427 Chr01 NC_080387.1:62377917-62377926promoter 内 3135-3144 bp + 857 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 62372553-62377060(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GTCTTATCTC
SmilChr01G004809 Chr01 NC_080387.1:66294434-66294443promoter 内 3095-3104 bp + 897 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 66295340-66297444(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGCC
SmilChr02G000080 Chr02 NC_080388.1:1042327-1042336promoter 内 2988-2997 bp - 1004 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1043340-1053146(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GACTTATCTC
SmilChr01G000680 Chr01 NC_080387.1:15023062-15023071promoter 内 2932-2941 bp - 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 15016159-15022002(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAC
SmilChr01G000547 Chr01 NC_080387.1:11306066-11306075promoter 内 2891-2900 bp - 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 11307176-11308469(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGCTTATCTT
SmilChr01G000461 Chr01 NC_080387.1:9454905-9454914promoter 内 2829-2838 bp + 1163 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 9456077-9462670(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGCC
SmilChr01G002880 Chr01 NC_080387.1:47425011-47425020promoter 内 2725-2734 bp - 1267 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 47423642-47423744(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGTC
SmilChr03G001076 Chr03 NC_080389.1:12464130-12464139promoter 内 2693-2702 bp + 1299 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 12465438-12468821(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGTC
SmilChr02G000133 Chr02 NC_080388.1:1837486-1837495promoter 内 2675-2684 bp + 1317 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1825850-1836169(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GACTTATCTC
SmilChr01G006013 Chr01 NC_080387.1:75721871-75721880promoter 内 2616-2625 bp + 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 75719970-75720495(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GTCTTATCTC
SmilChr01G003201 Chr01 NC_080387.1:50786221-50786230promoter 内 2571-2580 bp - 1421 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 50787651-50788924(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGCTTATCTT
SmilChr03G000786 Chr03 NC_080389.1:8951328-8951337promoter 内 2564-2573 bp + 1428 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 8949292-8949900(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGCTTATCTT
SmilChr02G002634 Chr02 NC_080388.1:45711602-45711611promoter 内 2550-2559 bp + 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 45705858-45710160(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGCTTATCTT
SmilChr01G004802 Chr01 NC_080387.1:66232989-66232998promoter 内 2508-2517 bp + 1484 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 66234482-66236984(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAC
SmilChr01G002939 Chr01 NC_080387.1:48174540-48174549promoter 内 2452-2461 bp - 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 48165428-48173000(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGCC
SmilChr01G003529 Chr01 NC_080387.1:53920834-53920843promoter 内 2420-2429 bp - 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 53922415-53926705(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGCTTATCTT
SmilChr01G001242 Chr01 NC_080387.1:24915297-24915306promoter 内 2247-2256 bp - 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 24917051-24919720(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGCTTATCTT
SmilChr01G004749 Chr01 NC_080387.1:65659556-65659565promoter 内 2170-2179 bp + 1822 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 65661387-65669695(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAC
SmilChr01G002435 Chr01 NC_080387.1:41935343-41935352promoter 内 2145-2154 bp - 1847 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 41937199-41940904(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGCTTATCTT
SmilChr02G004660 Chr02 NC_080388.1:69001008-69001017promoter 内 2078-2087 bp - 1914 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 69002931-69006333(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GTCTTATCTC
SmilChr02G000569 Chr02 NC_080388.1:8037017-8037026promoter 内 2072-2081 bp - 1920 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 8038946-8040914(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GTCTTATCTC
SmilChr02G004659 Chr02 NC_080388.1:69001008-69001017promoter 内 1981-1990 bp - 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 68990617-68998997(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGAC
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SmilChr02G003580 Chr02 NC_080388.1:56965587-56965596promoter 内 1724-1733 bp - 2268 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 56967864-56969629(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GGCTTATCTT
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SmilChr02G005421 Chr02 NC_080388.1:74660196-74660205promoter 内 1667-1676 bp - 2325 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 74655413-74657871(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGTC
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