转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002803; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020702-RA_Salv SmilChr07G002803 NAC XP_057777238.1 MP00221 ACACGTAACTT

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 7965 个候选靶基因 第 102 / 160 下载 TSV

上一页 102 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005637 Chr01 NC_080387.1:72800350-72800360promoter 内 39-49 bp - 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 72804312-72805047(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACTTTACGTGT
SmilChr01G003830 Chr01 NC_080387.1:56636652-56636662promoter 内 3052-3062 bp + 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 3 56631798-56635713(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CATTTACGTGA
SmilChr01G003162 Chr01 NC_080387.1:50428031-50428041promoter 内 3834-3844 bp + 157 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 50428198-50431024(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAAATG
SmilChr05G000586 Chr05 NC_080391.1:4429809-4429819promoter 内 2370-2380 bp + 1621 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 4427178-4428188(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCCTTACGTGC
SmilChr05G000585 Chr05 NC_080391.1:4429809-4429819promoter 内 944-954 bp + 3047 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 4425033-4426762(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCCTTACGTGC
SmilChr03G001396 Chr03 NC_080389.1:16578556-16578566promoter 内 715-725 bp + 3276 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 16581842-16589213(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAAGGG
SmilChr04G001951 Chr04 NC_080390.1:31704243-31704253promoter 内 621-631 bp - 3370 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 31707623-31710548(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCCTTACGTGC
SmilChr02G005475 Chr02 NC_080388.1:74991201-74991211promoter 内 379-389 bp + 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 74994823-74996411(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GGACGTAACGG
SmilChr05G003470 Chr05 NC_080391.1:46098824-46098834promoter 内 97-107 bp - 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 46094185-46094930(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAAGGG
SmilChr01G003931 Chr01 NC_080387.1:57597688-57597698promoter 内 3946-3956 bp - 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 57594909-57597643(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAAATG
SmilChr03G001348 Chr03 NC_080389.1:15721787-15721797promoter 内 3877-3887 bp - 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 15718797-15721673(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAAGGG
SmilChr01G004160 Chr01 NC_080387.1:60094703-60094713promoter 内 3597-3607 bp - 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 60090743-60094309(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAAATG
SmilChr04G001638 Chr04 NC_080390.1:27225005-27225015promoter 内 3488-3498 bp + 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 27212331-27224502(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCCTTACGTGC
SmilChr01G000935 Chr01 NC_080387.1:19829669-19829679promoter 内 3485-3495 bp + 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 19827940-19829163(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCCTTACGTGC
SmilChr02G002479 Chr02 NC_080388.1:43174029-43174039promoter 内 3414-3424 bp - 577 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 43174616-43177389(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCGTTACGTCC
SmilChr01G003161 Chr01 NC_080387.1:50428031-50428041promoter 内 3178-3188 bp + 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 50424449-50427218(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CATTTACGTGA
SmilChr02G003742 Chr02 NC_080388.1:59088007-59088017promoter 内 3121-3131 bp + 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 59084848-59087137(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CATTTACGTGA
SmilChr04G000569 Chr04 NC_080390.1:6356675-6356685promoter 内 3084-3094 bp + 907 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 6351324-6355768(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCCTTACGTGC
SmilChr05G002909 Chr05 NC_080391.1:34954504-34954514promoter 内 2834-2844 bp + 1157 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 34952416-34953347(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCCTTACGTGC
SmilChr02G002766 Chr02 NC_080388.1:47714619-47714629promoter 内 2832-2842 bp - 1159 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 47715788-47725114(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CATTTACGTGA
SmilChr05G003354 Chr05 NC_080391.1:44300078-44300088promoter 内 2678-2688 bp + 1313 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 44289644-44298765(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCCTTACGTGC
SmilChr04G000417 Chr04 NC_080390.1:4380205-4380215promoter 内 2545-2555 bp + 1446 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 4369893-4378759(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CATTTACGTGA
SmilChr05G003872 Chr05 NC_080391.1:52329638-52329648promoter 内 2535-2545 bp - 1456 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 52331104-52331187(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCCTTACGTGC
SmilChr04G001017 Chr04 NC_080390.1:14170684-14170694promoter 内 2524-2534 bp + 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 14172161-14173707(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAAGGG
SmilChr02G001383 Chr02 NC_080388.1:26234789-26234799promoter 内 2517-2527 bp + 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 26190173-26233315(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCCTTACGTGC
SmilChr03G002169 Chr03 NC_080389.1:33741507-33741517promoter 内 2287-2297 bp - 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 33738165-33739803(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAAGGG
SmilChr02G001575 Chr02 NC_080388.1:29255052-29255062promoter 内 2200-2210 bp + 1791 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 29251984-29253261(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCCTTACGTGC
SmilChr04G001262 Chr04 NC_080390.1:19887244-19887254promoter 内 2106-2116 bp - 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 19878916-19885359(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAAGGG
SmilChr03G001464 Chr03 NC_080389.1:17503647-17503657promoter 内 2087-2097 bp + 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 17499893-17501743(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCCTTACGTGC
SmilChr03G001395 Chr03 NC_080389.1:16549223-16549233promoter 内 2085-2095 bp + 1906 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 16545470-16547317(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCCTTACGTGC
SmilChr03G001854 Chr03 NC_080389.1:25529498-25529508promoter 内 1991-2001 bp + 2000 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 25527080-25527498(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCCTTACGTGC
SmilChr03G002954 Chr03 NC_080389.1:46292185-46292195promoter 内 1944-1954 bp - 2047 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 46294242-46303329(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCCTTACGTGC
SmilChr02G000784 Chr02 NC_080388.1:12887784-12887794promoter 内 1845-1855 bp - 2146 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 12884119-12885638(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAAGGG
SmilChr03G003018 Chr03 NC_080389.1:47087168-47087178promoter 内 1838-1848 bp - 2153 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 47089331-47090095(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCCTTACGTGC
SmilChr05G002681 Chr05 NC_080391.1:30292123-30292133promoter 内 1808-1818 bp - 2183 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 30294316-30295011(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CATTTACGTGA
SmilChr05G003471 Chr05 NC_080391.1:46098824-46098834promoter 内 1770-1780 bp - 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 46095987-46096603(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAAGGG
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