转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 103 / 152 下载 TSV

上一页 103 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003311 Chr03 NC_080389.1:51362468-51362486promoter 内 879-897 bp - 3104 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 51358897-51359364(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATCTCTCAACCACATAAGG
SmilChr02G003887 Chr02 NC_080388.1:60960317-60960335promoter 内 728-746 bp - 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 60953433-60957062(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATCTCCAACCATTTAATC
SmilChr02G000979 Chr02 NC_080388.1:17169503-17169521promoter 内 671-689 bp + 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 17172833-17173870(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGCAATCAACCACTTTTGC
SmilChr02G001268 Chr02 NC_080388.1:23230665-23230683promoter 内 634-652 bp - 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 23234032-23246140(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGTTTGGTGGTTGGCTGGT
SmilChr01G005910 Chr01 NC_080387.1:74954208-74954226promoter 内 617-635 bp - 3366 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 74957592-74960514(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGTTGGTGGTTGTAGCCT
SmilChr02G000692 Chr02 NC_080388.1:11028894-11028912promoter 内 615-633 bp + 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 11024817-11025526(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGCAATTGGTTGGGAGTT
SmilChr01G005758 Chr01 NC_080387.1:73675315-73675333promoter 内 600-618 bp - 3383 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 73661649-73671932(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATTCCGACCACCTTCTC
SmilChr01G003560 Chr01 NC_080387.1:54210305-54210323promoter 内 565-583 bp + 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 54203024-54206887(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGTTTGTGGTTGAGGATT
SmilChr01G005921 Chr01 NC_080387.1:75038769-75038787promoter 内 559-577 bp - 3424 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 75032688-75035345(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACGGCAACCACCGACAT
SmilChr03G002160 Chr03 NC_080389.1:33636754-33636772promoter 内 519-537 bp - 3464 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 33633218-33633290(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGCTCTAACCACCACTGC
SmilChr01G000392 Chr01 NC_080387.1:8059839-8059857promoter 内 474-492 bp + 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 8063366-8067583(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCCATCAACCACCCTACA
SmilChr01G006138 Chr01 NC_080387.1:76887220-76887238promoter 内 422-440 bp + 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 76890799-76892272(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGACGACAACCACTGCTCC
SmilChr01G002877 Chr01 NC_080387.1:47353207-47353225promoter 内 421-439 bp - 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 47356787-47358080(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGTTGGTGGTTGGTTGAC
SmilChr03G000341 Chr03 NC_080389.1:3876902-3876920promoter 内 409-427 bp + 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 3871001-3873328(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATCTATTGGTTGGAGGGG
SmilChr04G001758 Chr04 NC_080390.1:28902086-28902104promoter 内 406-424 bp + 3577 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 28895038-28898509(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCGTTGTGGTTGCAAAAG
SmilChr04G003266 Chr04 NC_080390.1:49382375-49382393promoter 内 405-423 bp - 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 49377857-49378797(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTAGACCAACCACTTTCAG
SmilChr04G003912 Chr04 NC_080390.1:54845106-54845124promoter 内 403-421 bp + 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 54848704-54850082(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGCATCAACCACTACACT
SmilChr01G005938 Chr01 NC_080387.1:75114468-75114486promoter 内 280-298 bp + 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 75118189-75119802(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACACTCAACCACTATATA
SmilChr01G004713 Chr01 NC_080387.1:65286012-65286030promoter 内 279-297 bp - 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 65278485-65282308(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACCCCCAACCAAAATTAT
SmilChr04G001479 Chr04 NC_080390.1:24217287-24217305promoter 内 263-281 bp - 3720 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 24221025-24221546(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATGGGTTGGTTGGTGGGA
SmilChr02G000152 Chr02 NC_080388.1:2003938-2003956promoter 内 261-279 bp + 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 1996854-2000216(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGGAAGTGGTTGATTATT
SmilChr02G005111 Chr02 NC_080388.1:72627974-72627992promoter 内 153-171 bp - 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 72631822-72632954(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGGAGGTGGTGGAGACCG
SmilChr01G004449 Chr01 NC_080387.1:62602146-62602164promoter 内 146-164 bp - 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 62597685-62598309(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAACTCCAACCACAAATAG
SmilChr05G002030 Chr05 NC_080391.1:21096923-21096941promoter 内 131-149 bp + 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 21087317-21093071(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGATTGGTGGTTGGCTGAC
SmilChr01G004469 Chr01 NC_080387.1:62791484-62791502promoter 内 129-147 bp + 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 62786523-62787630(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACGACGGTGGTTGCGCCAC
SmilChr02G003285 Chr02 NC_080388.1:54141972-54141990promoter 内 48-66 bp - 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 54145925-54149459(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGTGAGTTGGTTGGTGTAA
SmilChr02G000437 Chr02 NC_080388.1:5705425-5705443promoter 内 4-22 bp - 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 5699949-5701446(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAACTCTAACCACCTTCTT
SmilChr01G001994 Chr01 NC_080387.1:35343608-35343626promoter 内 1767-1785 bp - 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 3 35339808-35341392(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCAATTCAACCACAACCAC
SmilChr03G004177 Chr03 NC_080389.1:60499090-60499108promoter 内 1004-1022 bp + 2979 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 3 60502087-60504137(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATTTCCAACAACTTCTCA
SmilChr03G000626 Chr03 NC_080389.1:6944567-6944585promoter 内 3977-3995 bp + 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 6936230-6944561(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATAAGTTAGTTGGAAATA
SmilChr02G003176 Chr02 NC_080388.1:52888002-52888020promoter 内 3701-3719 bp + 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 52888302-52888943(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCATCCCAACCACTCAGCA
SmilChr04G000094 Chr04 NC_080390.1:854584-854602promoter 内 3545-3563 bp + 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 855040-857530(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGTTCCAACTACAAATGC
SmilChr01G000792 Chr01 NC_080387.1:17213509-17213527promoter 内 3500-3518 bp + 483 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 17210660-17213026(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAAGCAGTGGTTGCAAATG
SmilChr02G004676 Chr02 NC_080388.1:69107444-69107462promoter 内 3433-3451 bp - 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 69108012-69110559(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTCAAATTGGTTGGGCACA
SmilChr04G001165 Chr04 NC_080390.1:17370019-17370037promoter 内 3321-3339 bp + 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 2 17370699-17373631(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGCCTCCAACCAACGACGG
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