转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 104 / 167 下载 TSV

上一页 104 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003876 Chr03 NC_080389.1:57880694-57880714promoter 内 788-808 bp - 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57873352-57877501(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGAGTTATGGATAATGTGGAT
SmilChr07G002305 Chr07 NC_080393.1:21326032-21326052promoter 内 787-807 bp + 3194 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21329246-21331388(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAATGTGTGGATAAGATAATT
SmilChr05G001977 Chr05 NC_080391.1:20432119-20432139promoter 内 775-795 bp - 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20435345-20437510(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACGTGTCTTATCCGTTTTGTT
SmilChr01G001739 Chr01 NC_080387.1:32022778-32022798promoter 内 773-793 bp + 3208 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 32015658-32019570(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTTAACTTATCCTGTTAGTT
SmilChr07G000805 Chr07 NC_080393.1:5655685-5655705promoter 内 753-773 bp + 3228 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5658933-5659690(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAATATGGATAAGATAATA
SmilChr06G002409 Chr06 NC_080392.1:34837773-34837793promoter 内 702-722 bp + 3279 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 34841072-34844052(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAAAGATGATAAGGAAAGA
SmilChr08G000914 Chr08 NC_080394.1:6750751-6750771promoter 内 696-716 bp + 3285 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6754056-6755996(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATTAAAAGGATAAGGAAACA
SmilChr04G001002 Chr04 NC_080390.1:13891864-13891884promoter 内 693-713 bp - 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 13895172-13896366(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCTTCCTTATCTATATAATA
SmilChr04G003129 Chr04 NC_080390.1:47904125-47904145promoter 内 667-687 bp - 3314 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 47897872-47900811(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGAGGCGAAGATAAGGAGGTT
SmilChr02G004085 Chr02 NC_080388.1:63130292-63130312promoter 内 662-682 bp + 3319 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 63126452-63126973(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACGCTATTTATCCACAATCTA
SmilChr05G001438 Chr05 NC_080391.1:13141558-13141578promoter 内 657-677 bp + 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 13135547-13138234(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCCAATTTATCCAGATTTCC
SmilChr01G003394 Chr01 NC_080387.1:52657600-52657620promoter 内 642-662 bp - 3339 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 52660959-52662894(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTCTCCTTCTCCAATTCCAA
SmilChr01G004665 Chr01 NC_080387.1:64757610-64757630promoter 内 609-629 bp + 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 64750876-64754238(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGTTTTCTTATCCTCATGGTT
SmilChr01G000232 Chr01 NC_080387.1:4390540-4390560promoter 内 584-604 bp - 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4385411-4387143(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GGAAGATATGATAAGGTTTGG
SmilChr04G000404 Chr04 NC_080390.1:4232037-4232057promoter 内 576-596 bp - 3405 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4226097-4228632(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAAAGATGATAAGGAAAGA
SmilChr07G000333 Chr07 NC_080393.1:2259854-2259874promoter 内 572-592 bp + 3409 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2254969-2256445(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCATCTTGATCCAATCCAAC
SmilChr04G003684 Chr04 NC_080390.1:53267827-53267847promoter 内 570-590 bp + 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53261147-53264416(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCATGCTTATCCTCGAACAG
SmilChr08G001608 Chr08 NC_080394.1:13321489-13321509promoter 内 556-576 bp + 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 13317983-13318064(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTCTTCTTCTCCAATTTTCT
SmilChr05G001982 Chr05 NC_080391.1:20504065-20504085promoter 内 554-574 bp - 3427 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20507512-20507593(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTACCCTTATCTATATATTA
SmilChr02G004516 Chr02 NC_080388.1:67690438-67690458promoter 内 476-496 bp + 3505 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 67693963-67695138(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCGGTTGTGGATAAATGTGGA
SmilChr04G002299 Chr04 NC_080390.1:37239949-37239969promoter 内 457-477 bp + 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 37243493-37246743(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAATTACTGATAAGGTTAAA
SmilChr04G000805 Chr04 NC_080390.1:9952718-9952738promoter 内 448-468 bp + 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9956271-9957134(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAATGAGCAGATAAGGTACAA
SmilChr02G000378 Chr02 NC_080388.1:4760400-4760420promoter 内 443-463 bp + 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4763958-4767482(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTGGATATGGATAAAGAAGCA
SmilChr06G000530 Chr06 NC_080392.1:4370159-4370179promoter 内 331-351 bp - 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4363959-4366509(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAAAGATGATAAGGAAAGA
SmilChr01G004396 Chr01 NC_080387.1:62108583-62108603promoter 内 311-331 bp - 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 62112273-62113970(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCCACCCTTATCTGGATGTGT
SmilChr06G001820 Chr06 NC_080392.1:21351322-21351342promoter 内 283-303 bp - 3698 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21355040-21355777(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGCACCCATATCCAAACTCTT
SmilChr08G002049 Chr08 NC_080394.1:18340466-18340486promoter 内 282-302 bp - 3699 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 18329765-18336767(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTGATGTGGATAAAAACGGT
SmilChr01G005500 Chr01 NC_080387.1:71893646-71893666promoter 内 279-299 bp + 3702 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 71888810-71889944(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTAATCCTTATCTTTTGTATG
SmilChr02G000345 Chr02 NC_080388.1:4507968-4507988promoter 内 238-258 bp - 3743 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4492503-4504225(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAAGAATTGGAGAAGGTAAAG
SmilChr05G000500 Chr05 NC_080391.1:3901681-3901701promoter 内 228-248 bp + 3753 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3905454-3909765(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAATCTATGGATAAGATTCAT
SmilChr02G003363 Chr02 NC_080388.1:54759229-54759249promoter 内 226-246 bp + 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54753719-54755474(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTGACTCTTATCCTTGCCGGC
SmilChr02G000291 Chr02 NC_080388.1:3694227-3694247promoter 内 211-231 bp + 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3698017-3723614(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAAGAATTGGAGAAGGTAAAG
SmilChr06G002740 Chr06 NC_080392.1:39744369-39744389promoter 内 191-211 bp + 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 39748179-39749265(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAAAGATGATAAGGAAAGA
SmilChr04G002717 Chr04 NC_080390.1:42808402-42808422promoter 内 173-193 bp + 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 42812230-42812805(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AACATTTTGGATATGCATCTG
SmilChr08G000863 Chr08 NC_080394.1:6394932-6394952promoter 内 132-152 bp - 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6387906-6391083(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGTACTAAGGATAAGGAACGT
SmilChr01G000532 Chr01 NC_080387.1:10852261-10852281promoter 内 93-113 bp + 3888 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10845553-10848373(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCGTCTTTCTCCAATTTCTC
SmilChr02G001516 Chr02 NC_080388.1:28279181-28279201promoter 内 81-101 bp + 3900 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 28275200-28275281(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTATCCTTCTCTTTTTTCAT
SmilChr01G003199 Chr01 NC_080387.1:50754999-50755019promoter 内 70-90 bp + 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50758930-50765314(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GGTGTCCTGGATAAGGATCTA
SmilChr07G003346 Chr07 NC_080393.1:35896362-35896382promoter 内 66-86 bp + 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 35900297-35901466(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAGTCTTGGAGAAGGATAGT
SmilChr04G001016 Chr04 NC_080390.1:14140809-14140829promoter 内 58-78 bp + 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 14144752-14146774(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACATTTTCAGATAAGGAAACG
SmilChr02G000415 Chr02 NC_080388.1:5299651-5299671promoter 内 56-76 bp + 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5294334-5295726(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATATATTTATCCACTCATTA
SmilChr01G002344 Chr01 NC_080387.1:40593931-40593951promoter 内 26-46 bp - 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 40586139-40589976(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATATTAATGGATAATGCTAAG
SmilChr05G000329 Chr05 NC_080391.1:2462210-2462230promoter 内 23-43 bp + 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2447409-2458252(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATTTCCTTATCTTTTTTAGT
SmilChr03G001643 Chr03 NC_080389.1:21250208-21250228promoter 内 8-28 bp - 3973 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21254201-21257239(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTAACCTTATCCGTGTTGAC
SmilChr07G003536 Chr07 NC_080393.1:40852282-40852302promoter 内 3428-3448 bp + 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 4 40848271-40851729(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAACGCTTATCCTGACTATA
SmilChr02G003661 Chr02 NC_080388.1:57998393-57998413promoter 内 3870-3890 bp + 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 57998524-57999158(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGATTATTGGATAAAGAAATG
SmilChr02G002246 Chr02 NC_080388.1:39895545-39895565promoter 内 3844-3864 bp - 137 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 39895702-39906559(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAACACCTTATCCTATATCGC
SmilChr03G002524 Chr03 NC_080389.1:40230154-40230174promoter 内 3566-3586 bp - 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 40226530-40229739(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAGACAAGGATAAGAGTAAT
SmilChr04G000841 Chr04 NC_080390.1:10614418-10614438promoter 内 3496-3516 bp - 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 10614923-10617887(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATTTATTTATCCATTTCTTT
SmilChr05G003374 Chr05 NC_080391.1:44647274-44647294promoter 内 3489-3509 bp - 492 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 44647786-44650892(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATTTTATTATCCAATATTTT