转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 104 / 134 下载 TSV

上一页 104 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002975 Chr01 NC_080387.1:48689214-48689228promoter 内 3729-3743 bp - 258 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 48689486-48691261(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGAGGTCGGCATAGT
SmilChr06G003078 Chr06 NC_080392.1:43673268-43673282promoter 内 3728-3742 bp + 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 43673541-43676182(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAATAACCGACATGA
SmilChr01G000955 Chr01 NC_080387.1:20209648-20209662promoter 内 3722-3736 bp - 265 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 20209927-20213471(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATATGTCGGTATACC
SmilChr05G001992 Chr05 NC_080391.1:20635639-20635653promoter 内 3708-3722 bp - 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 20635932-20638403(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATGTGTCGGCATAGA
SmilChr07G000258 Chr07 NC_080393.1:1664556-1664570promoter 内 3696-3710 bp - 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 1664861-1665588(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAGTGTCGGCAAAAT
SmilChr05G001079 Chr05 NC_080391.1:8975730-8975744promoter 内 3692-3706 bp + 295 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 8974888-8975435(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGTGGTCGGCAAGAG
SmilChr03G001154 Chr03 NC_080389.1:13319988-13320002promoter 内 3533-3547 bp + 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 13316217-13319534(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATATGTCGGTTGGCC
SmilChr07G002969 Chr07 NC_080393.1:30201251-30201265promoter 内 3519-3533 bp + 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 30200280-30200783(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTAGGTCGGCACAGA
SmilChr03G000638 Chr03 NC_080389.1:7020829-7020843promoter 内 3473-3487 bp - 514 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 7021357-7024041(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATATGTCGGTTGGCC
SmilChr03G000717 Chr03 NC_080389.1:7959001-7959015promoter 内 3464-3478 bp + 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 7959538-7962296(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAAGTGCCGACAACG
SmilChr01G003558 Chr01 NC_080387.1:54195476-54195490promoter 内 3422-3436 bp + 565 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 54196055-54198940(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAAGTACCGACATGT
SmilChr02G005499 Chr02 NC_080388.1:75139613-75139627promoter 内 3419-3433 bp - 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 75140195-75145256(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGAAGTCGGCAAGCT
SmilChr06G003162 Chr06 NC_080392.1:44596951-44596965promoter 内 3364-3378 bp + 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 44590229-44596328(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAGCGTCGGCAAGGT
SmilChr08G001081 Chr08 NC_080394.1:8324101-8324115promoter 内 3348-3362 bp - 639 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 8318054-8323462(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AATTGACCGACATTT
SmilChr03G003856 Chr03 NC_080389.1:57659466-57659480promoter 内 3257-3271 bp - 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 57653959-57658736(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTGTTGCCGACTTAA
SmilChr04G002484 Chr04 NC_080390.1:39672603-39672617promoter 内 3220-3234 bp - 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 39670015-39671836(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAAGTGCCGACAACG
SmilChr01G004752 Chr01 NC_080387.1:65693035-65693049promoter 内 3106-3120 bp - 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 65687230-65692154(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTCAAACCGACATCA
SmilChr01G004985 Chr01 NC_080387.1:67904150-67904164promoter 内 3103-3117 bp + 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 67897017-67903266(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGCGTCGGCAAGAT
SmilChr01G002571 Chr01 NC_080387.1:43801441-43801455promoter 内 3075-3089 bp + 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 43795685-43800529(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATATGTCGGTACATC
SmilChr01G003274 Chr01 NC_080387.1:51459582-51459596promoter 内 3031-3045 bp - 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 51453792-51458626(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGAAAACCGACATCG
SmilChr01G001994 Chr01 NC_080387.1:35342350-35342364promoter 内 3029-3043 bp - 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 35339808-35341392(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGAAGCCGACATGT
SmilChr06G003254 Chr06 NC_080392.1:45211870-45211884promoter 内 2746-2760 bp + 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 45201247-45210629(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGTGGTCGGCAGTGG
SmilChr07G001455 Chr07 NC_080393.1:11391735-11391749promoter 内 2646-2660 bp - 1341 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 11393090-11395921(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCGTGTCGGCCCAAC
SmilChr06G003255 Chr06 NC_080392.1:45211870-45211884promoter 内 2634-2648 bp + 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 45213237-45218064(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCACTGCCGACCACC
SmilChr08G000602 Chr08 NC_080394.1:4470231-4470245promoter 内 2527-2541 bp + 1460 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 4467185-4468771(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGTCGTTA
SmilChr01G001486 Chr01 NC_080387.1:28650303-28650317promoter 内 2506-2520 bp + 1481 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 28647329-28648822(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAAAGTCGGCAAGGC
SmilChr01G005124 Chr01 NC_080387.1:69052333-69052347promoter 内 2489-2503 bp - 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 69053845-69055068(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCGTGTCGGCATAAC
SmilChr06G003164 Chr06 NC_080392.1:44596951-44596965promoter 内 2480-2494 bp + 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 44598472-44602315(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACCTTGCCGACGCTG
SmilChr07G003791 Chr07 NC_080393.1:46626924-46626938promoter 内 2438-2452 bp + 1549 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 46628487-46633250(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGTATACCGACATAT
SmilChr01G005927 Chr01 NC_080387.1:75071575-75071589promoter 内 2368-2382 bp + 1619 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 75064532-75069956(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAATGTCGGTTGATT
SmilChr08G004729 Chr08 NC_080394.1:56669734-56669748promoter 内 2314-2328 bp + 1673 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 56665436-56668061(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTAGGTCGGCAATTT
SmilChr02G005557 Chr02 NC_080388.1:75535409-75535423promoter 内 2224-2238 bp - 1763 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 75525210-75533646(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACTGTGCCGACACTA
SmilChr08G004747 Chr08 NC_080394.1:56840388-56840402promoter 内 2213-2227 bp + 1774 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 56833817-56838614(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTAGGTCGGCAATTT
SmilChr02G003950 Chr02 NC_080388.1:61669002-61669016promoter 内 2137-2151 bp - 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 61670866-61674951(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGTCGTCGGCAGCAG
SmilChr08G002199 Chr08 NC_080394.1:19935888-19935902promoter 内 2137-2151 bp - 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 19931942-19934038(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAAGTGCCGACAACG
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