转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 105 / 167 下载 TSV

上一页 105 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000086 Chr05 NC_080391.1:472756-472776promoter 内 3393-3413 bp - 588 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 473364-476083(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGCATCTTATCCTTTCAAGG
SmilChr05G002139 Chr05 NC_080391.1:22523958-22523978promoter 内 3375-3395 bp + 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 22524584-22528104(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGATTTTGGATAAGTGGATA
SmilChr02G001222 Chr02 NC_080388.1:22438497-22438517promoter 内 2978-2998 bp + 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 22435815-22437494(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATAAGCCTTATCTACTTAGTG
SmilChr02G001666 Chr02 NC_080388.1:30930078-30930098promoter 内 2890-2910 bp + 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 30931189-30935233(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAAAAATTAGATAAAAATACA
SmilChr04G000840 Chr04 NC_080390.1:10614418-10614438promoter 内 2729-2749 bp - 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 10612622-10613166(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAGAAATGGATAAATAAATA
SmilChr07G001644 Chr07 NC_080393.1:13867017-13867037promoter 内 1913-1933 bp - 2068 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 13869105-13870388(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAACGCTTATCCTGACTATA
SmilChr07G004311 Chr07 NC_080393.1:55676493-55676513promoter 内 1906-1926 bp - 2075 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 55672679-55674418(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATAAGAATGGATAATGTGGTA
SmilChr04G002987 Chr04 NC_080390.1:46294653-46294673promoter 内 1831-1851 bp + 2150 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 46286743-46292503(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTATATTTATCCACTAATAA
SmilChr07G003659 Chr07 NC_080393.1:43652526-43652546promoter 内 1413-1433 bp + 2568 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 43655114-43661099(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGTGGTATGGATAAAAAAACG
SmilChr02G000703 Chr02 NC_080388.1:11246172-11246192promoter 内 1201-1221 bp + 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 11234694-11243392(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAACGCTTATCCTGACTATA
SmilChr02G002125 Chr02 NC_080388.1:38021150-38021170promoter 内 793-813 bp - 3188 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 38015292-38017962(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGTGTTGTGGATAATGAGGCT
SmilChr05G000085 Chr05 NC_080391.1:472756-472776promoter 内 625-645 bp - 3356 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 468215-469400(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCTTGAAAGGATAAGATGCAT
SmilChr02G003782 Chr02 NC_080388.1:59496399-59496419promoter 内 575-595 bp - 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 59490863-59492993(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAATATTGGATAATATAAAT
SmilChr03G000882 Chr03 NC_080389.1:10019574-10019594promoter 内 457-477 bp + 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 10011657-10016050(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATTGTTATCCAAACAATA
SmilChr07G000488 Chr07 NC_080393.1:3414942-3414962promoter 内 374-394 bp + 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 3409882-3411335(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTAATCTTATCCTTATGCAT
SmilChr05G002070 Chr05 NC_080391.1:21545889-21545909promoter 内 3955-3975 bp - 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 21544808-21545863(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGGTTATGGATAATGGAGAT
SmilChr03G001368 Chr03 NC_080389.1:16032660-16032680promoter 内 3934-3954 bp + 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 16031858-16032613(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAATTCTCATCCAATTTTTG
SmilChr05G000532 Chr05 NC_080391.1:4073591-4073611promoter 内 3919-3939 bp + 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 4072232-4073529(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTAGATCTTATCCTTAATTGT
SmilChr08G001315 Chr08 NC_080394.1:10504849-10504869promoter 内 3894-3914 bp - 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 10504956-10511578(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTGTTTTTTATCCATTTCTTA
SmilChr06G000005 Chr06 NC_080392.1:150683-150703promoter 内 3889-3909 bp - 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 150795-152295(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCCTCCCTTATCTTCTCATCA
SmilChr03G002519 Chr03 NC_080389.1:40152265-40152285promoter 内 3852-3872 bp + 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 40137796-40152136(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAATATTATCCAATTTCCT
SmilChr05G003781 Chr05 NC_080391.1:51140885-51140905promoter 内 3712-3732 bp - 269 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 51141174-51143598(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTTTAATTATCCACTCTTAT
SmilChr05G001821 Chr05 NC_080391.1:18238707-18238727promoter 内 3688-3708 bp - 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 18228837-18238414(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATATACAGGATAAGTATTCA
SmilChr01G005535 Chr01 NC_080387.1:72183433-72183453promoter 内 3678-3698 bp - 303 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 72183756-72186006(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGTAGCCTTATCTTAAAAATT
SmilChr02G003432 Chr02 NC_080388.1:55550714-55550734promoter 内 3675-3695 bp + 306 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 55551040-55555242(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATATAGTGGATAAACCTAAA
SmilChr03G002694 Chr03 NC_080389.1:42933767-42933787promoter 内 3668-3688 bp - 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 42900243-42933454(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAAGTATGGATAAAATAAAT
SmilChr05G002633 Chr05 NC_080391.1:29707525-29707545promoter 内 3668-3688 bp - 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 29703863-29707212(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAAGTATGGATAAAATAAAT
SmilChr01G005328 Chr01 NC_080387.1:70489365-70489385promoter 内 3637-3657 bp + 344 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 70487781-70489021(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCTCAATTATCCAAACCTTT
SmilChr01G005565 Chr01 NC_080387.1:72445436-72445456promoter 内 3635-3655 bp - 346 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 72445802-72448002(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGTAGCCTTATCTTAAAAATT
SmilChr07G002748 Chr07 NC_080393.1:27001820-27001840promoter 内 3620-3640 bp + 361 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 26998879-27001459(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGCCCTATTATCCAATTCTTT
SmilChr07G003061 Chr07 NC_080393.1:31995658-31995678promoter 内 3584-3604 bp + 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 31994262-31995261(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATTTCTTTATCCATTCACTG
SmilChr01G000339 Chr01 NC_080387.1:6938448-6938468promoter 内 3576-3596 bp - 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 6938873-6941858(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATCCCATTATCCGATTTTTT
SmilChr01G004525 Chr01 NC_080387.1:63449403-63449423promoter 内 3541-3561 bp + 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 63446682-63448963(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTACTACTTATCCTGACTGAT
SmilChr02G004219 Chr02 NC_080388.1:64405804-64405824promoter 内 3539-3559 bp + 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 64406266-64407022(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGTGATATGGATAATAATGCA
SmilChr01G004658 Chr01 NC_080387.1:64668108-64668128promoter 内 3536-3556 bp + 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 64666724-64667663(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAACTTCTTATCCATTTTGGG
SmilChr04G000736 Chr04 NC_080390.1:8825113-8825133promoter 内 3513-3533 bp + 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 8821774-8824645(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACCTTGATTATCCATTTAGTC
SmilChr03G000452 Chr03 NC_080389.1:4836514-4836534promoter 内 3452-3472 bp + 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 4831555-4835985(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AACACTATTATCCACACCAGT
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SmilChr07G000105 Chr07 NC_080393.1:575719-575739promoter 内 3312-3332 bp - 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 576408-578856(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCTTATTTATCCATTCTCAT
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SmilChr06G001863 Chr06 NC_080392.1:22061059-22061079promoter 内 3230-3250 bp + 751 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 22061830-22062988(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GATATATTGGATAAAAGGGGA
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SmilChr01G004198 Chr01 NC_080387.1:60451988-60452008promoter 内 3112-3132 bp + 869 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 60452877-60464940(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTAAATAAGGATAAGTTGGCG
SmilChr07G001379 Chr07 NC_080393.1:10714716-10714736promoter 内 3098-3118 bp + 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 1 10711109-10713833(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCATCCTTATCATGTTATAC