转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G006187; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027306-RA_Salv SmilChr01G006187 GRAS XP_057798078.1 MP00611 AAGAAAAAGACAAAAAAAAA

可能结合的靶基因

9807 个结合位点 6232 个候选靶基因 第 105 / 125 下载 TSV

上一页 105 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003143 Chr03 NC_080389.1:48723274-48723293promoter 内 3901-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 48720038-48723193(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TAAAAAAAGACAAAATAATA
SmilChr01G004077 Chr01 NC_080387.1:59204626-59204645promoter 内 3893-3912 bp + 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 59204734-59207177(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CAGAAAAAAAAAAAAAAAAA
SmilChr01G005338 Chr01 NC_080387.1:70617797-70617816promoter 内 3875-3894 bp - 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 70613875-70617690(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AGAAAAAAGAAAAAAGAAAA
SmilChr01G002070 Chr01 NC_080387.1:36571481-36571500promoter 内 3843-3862 bp + 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 36565220-36571342(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTCTTCCTTTTTTTCTT
SmilChr01G005492 Chr01 NC_080387.1:71840155-71840174promoter 内 3832-3851 bp - 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 71834680-71840005(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAAAGAAAAGAAAAAAAAG
SmilChr01G005368 Chr01 NC_080387.1:70895236-70895255promoter 内 3740-3759 bp - 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 70892558-70894994(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GGGAAAAAGAGAGCGTGAGG
SmilChr02G003217 Chr02 NC_080388.1:53338666-53338685promoter 内 3728-3747 bp + 254 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 53338939-53349356(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAAAAAAAAAGACGG
SmilChr02G002863 Chr02 NC_080388.1:48803365-48803384promoter 内 3709-3728 bp - 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 48796898-48803092(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GAGAAAAAGATAAAGATGAT
SmilChr03G001445 Chr03 NC_080389.1:17238438-17238457promoter 内 3691-3710 bp - 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 17238748-17244183(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TAACATTTTCTCTTTTTGTG
SmilChr01G005040 Chr01 NC_080387.1:68340177-68340196promoter 内 3686-3705 bp + 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 68336672-68339881(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCCCTCTCTCTCTTTTTTGT
SmilChr01G004076 Chr01 NC_080387.1:59204626-59204645promoter 内 3683-3702 bp + 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 59201299-59204327(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTTTTTTTTTTTTTCTG
SmilChr02G005080 Chr02 NC_080388.1:72429801-72429820promoter 内 3673-3692 bp - 309 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 72430129-72430892(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTTTTTTTTTTTTTCTG
SmilChr03G003405 Chr03 NC_080389.1:52406630-52406649promoter 内 3659-3678 bp - 323 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 52406972-52407911(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CAAATTTTTGTCTTTTTTTT
SmilChr01G004596 Chr01 NC_080387.1:63940625-63940644promoter 内 3645-3664 bp + 337 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 63940981-63944699(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CAGAAAAAAAAAAAAAAAAA
SmilChr01G003289 Chr01 NC_080387.1:51592332-51592351promoter 内 3632-3651 bp + 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 51592701-51596225(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAAAAAGAAAGAAAAAAAAA
SmilChr02G002215 Chr02 NC_080388.1:39384083-39384102promoter 内 3626-3645 bp + 356 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 39381185-39383727(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTGGTTTTTGTCTTTATTTA
SmilChr01G001398 Chr01 NC_080387.1:27477068-27477087promoter 内 3622-3641 bp - 360 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 27475464-27476708(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAAGCAAAAGGACGG
SmilChr02G003239 Chr02 NC_080388.1:53663059-53663078promoter 内 3618-3637 bp + 364 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 53663442-53668441(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAAAAAGAAAGAACCTGA
SmilChr02G005357 Chr02 NC_080388.1:74305536-74305555promoter 内 3604-3623 bp + 378 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 74302413-74305158(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTTTTTTTTTTTTTTTTCTG
SmilChr02G002130 Chr02 NC_080388.1:38148208-38148227promoter 内 3510-3529 bp - 472 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 38146714-38147736(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CAGAAAAAAAAAAAAAAAAA
SmilChr03G002192 Chr03 NC_080389.1:34434955-34434974promoter 内 3510-3529 bp - 472 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 34433795-34434483(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AAGAGAGAAAGAAAAAAATA
SmilChr03G000124 Chr03 NC_080389.1:1362755-1362774promoter 内 3437-3456 bp - 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1360438-1362210(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CAGAAAAAGCCAAAGTAGTT
SmilChr03G000517 Chr03 NC_080389.1:5572237-5572256promoter 内 3437-3456 bp + 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 5572801-5575096(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CAGAAAAAGCCAAAGTAGTT
SmilChr01G002769 Chr01 NC_080387.1:46144031-46144050promoter 内 3381-3400 bp + 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 46136304-46143430(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 GCTTTTTTTTTCTTTTTTTT
SmilChr03G000464 Chr03 NC_080389.1:4968365-4968384promoter 内 3368-3387 bp - 614 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 4966111-4967751(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CAGAAAAAGCCAAAGTAGTT
SmilChr02G000929 Chr02 NC_080388.1:16150393-16150412promoter 内 3353-3372 bp - 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 16149692-16149764(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CAGAAAAAAAAAAAAAAAAA
SmilChr02G003167 Chr02 NC_080388.1:52703084-52703103promoter 内 3351-3370 bp + 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 52701137-52702453(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCGTTTTTTGTTCTTCTTTG
SmilChr03G000105 Chr03 NC_080389.1:1171336-1171355promoter 内 3279-3298 bp + 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1172058-1175844(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CAAGACAAAACAAAAAAAGG
SmilChr02G003216 Chr02 NC_080388.1:53338666-53338685promoter 内 3255-3274 bp + 727 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 53334951-53337939(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 CCGTCTTTTTTTTTTTTCTT
SmilChr02G000804 Chr02 NC_080388.1:13420872-13420891promoter 内 3239-3258 bp + 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 13412868-13420129(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 AATTTTTTTGTTTTTTTGTG
SmilChr01G006066 Chr01 NC_080387.1:76070770-76070789promoter 内 3235-3254 bp - 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 76071536-76075726(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCTTTTTTTTTTTTTTTCCC
SmilChr01G005386 Chr01 NC_080387.1:71157604-71157623promoter 内 3231-3250 bp - 751 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 71158374-71160147(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 ATTCTTTCTCTCTTTTTCAT
SmilChr01G000003 Chr01 NC_080387.1:81097-81116promoter 内 3214-3233 bp + 768 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 77269-80329(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCATCTCTCCTCTTTTTGTG
SmilChr01G000788 Chr01 NC_080387.1:17144364-17144383promoter 内 3203-3222 bp - 779 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 17141217-17143585(-) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TTAAAAAAGAGAAAAGGGGG
SmilChr01G000126 Chr01 NC_080387.1:2135210-2135229promoter 内 3193-3212 bp - 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 2136018-2139017(+) SMil_00027306-RA_Salv MP00611 TCATCTCTCCTCTTTTTGTG
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