转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 105 / 141 下载 TSV

上一页 105 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G002728 Chr07 NC_080393.1:26747373-26747387promoter 内 1576-1590 bp - 2411 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 26742323-26744962(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGCCGACGGTGGAGG
SmilChr04G001904 Chr04 NC_080390.1:31110710-31110724promoter 内 1540-1554 bp - 2447 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 31107244-31108263(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTTTGTCGGCAGAAG
SmilChr01G005576 Chr01 NC_080387.1:72502816-72502830promoter 内 1531-1545 bp + 2456 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 72499456-72500360(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACCGAACCGACACTG
SmilChr08G004692 Chr08 NC_080394.1:56352454-56352468promoter 内 1515-1529 bp + 2472 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56349327-56349982(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTCCACCGCCGCCC
SmilChr01G004851 Chr01 NC_080387.1:66666078-66666092promoter 内 1468-1482 bp + 2519 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 66662766-66663559(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGCACGCCGACAACG
SmilChr05G004078 Chr05 NC_080391.1:54656525-54656539promoter 内 1412-1426 bp + 2575 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54651798-54653950(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCATCACCGACTCCC
SmilChr01G005669 Chr01 NC_080387.1:72984696-72984710promoter 内 1402-1416 bp + 2585 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 72981162-72982111(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTCGACCGACACAT
SmilChr03G002197 Chr03 NC_080389.1:34589831-34589845promoter 内 1387-1401 bp + 2600 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 34585683-34587231(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGACACCGACGGAA
SmilChr06G002161 Chr06 NC_080392.1:29685611-29685625promoter 内 1377-1391 bp + 2610 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 29682095-29683001(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GGAACACCGACAGCA
SmilChr07G002730 Chr07 NC_080393.1:26747373-26747387promoter 内 1346-1360 bp - 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 26750028-26750577(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGTCGGCC
SmilChr01G004221 Chr01 NC_080387.1:60584970-60584984promoter 内 1227-1241 bp + 2760 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 60582129-60582210(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATTCCACCGACTCAC
SmilChr08G004680 Chr08 NC_080394.1:56277088-56277102promoter 内 1117-1131 bp + 2870 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56273417-56274218(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAAACACCGACAGCA
SmilChr02G000476 Chr02 NC_080388.1:6551217-6551231promoter 内 967-981 bp + 3020 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6554251-6560125(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTCCGTCGGTGTCCG
SmilChr06G000707 Chr06 NC_080392.1:6349500-6349514promoter 内 956-970 bp + 3031 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6345715-6346469(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAACGACCGACAACC
SmilChr01G001686 Chr01 NC_080387.1:31092654-31092668promoter 内 902-916 bp + 3085 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 31086192-31089569(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCATCACCGACTAAT
SmilChr01G000860 Chr01 NC_080387.1:18505518-18505532promoter 内 887-901 bp - 3100 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 18508632-18509078(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCACCGTCATTG
SmilChr03G004174 Chr03 NC_080389.1:60481678-60481692promoter 内 883-897 bp - 3104 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 60484796-60488043(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCAGCCGACAACT
SmilChr03G002836 Chr03 NC_080389.1:44875146-44875160promoter 内 869-883 bp + 3118 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44869156-44872028(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGCAACCGACAGTC
SmilChr05G003932 Chr05 NC_080391.1:53083134-53083148promoter 内 865-879 bp - 3122 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53086270-53087226(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGAGCACCGACGCGA
SmilChr02G004109 Chr02 NC_080388.1:63385360-63385374promoter 内 794-808 bp + 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 63388567-63394413(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTCCGTCGGTGTCCG
SmilChr02G001211 Chr02 NC_080388.1:22306511-22306525promoter 内 728-742 bp + 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 22300368-22303252(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTTCTACCGACAATT
SmilChr02G001210 Chr02 NC_080388.1:22289623-22289637promoter 内 721-735 bp + 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 22283444-22286357(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTTCTACCGACAATT
SmilChr02G001051 Chr02 NC_080388.1:18748726-18748740promoter 内 707-721 bp + 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 18741084-18745446(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGCCACCGACTGCC
SmilChr03G001248 Chr03 NC_080389.1:14374650-14374664promoter 内 700-714 bp + 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 14377951-14385049(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGAGTCGGTGCCAT
SmilChr08G004809 Chr08 NC_080394.1:57407750-57407764promoter 内 698-712 bp - 3289 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57402066-57404461(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATCTGTCGGTCGAAG
SmilChr04G002477 Chr04 NC_080390.1:39607363-39607377promoter 内 688-702 bp - 3299 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 39610676-39612815(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGACGACCGACACGT
SmilChr08G000878 Chr08 NC_080394.1:6498772-6498786promoter 内 679-693 bp + 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6494117-6495464(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTACGCCGACAAGG
SmilChr06G003294 Chr06 NC_080392.1:45476780-45476794promoter 内 652-666 bp - 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 45480129-45487773(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGTCGGCC
SmilChr05G003997 Chr05 NC_080391.1:53860184-53860198promoter 内 638-652 bp + 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53853759-53856835(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGCCGTCA
SmilChr04G002504 Chr04 NC_080390.1:40000123-40000137promoter 内 608-622 bp - 3379 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 40003516-40005619(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGACGACCGACACGT
SmilChr08G001777 Chr08 NC_080394.1:14999721-14999735promoter 内 587-601 bp + 3400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 14989427-14996321(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTCCGACCGACAACC
SmilChr08G003081 Chr08 NC_080394.1:31036553-31036567promoter 内 541-555 bp + 3446 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 31040013-31043707(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTTGTCGGTAGTTG
SmilChr05G001698 Chr05 NC_080391.1:16190598-16190612promoter 内 539-553 bp + 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 16194060-16196659(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGCGTCGGTGCTCC
SmilChr05G000210 Chr05 NC_080391.1:1668650-1668664promoter 内 527-541 bp - 3460 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1663361-1665190(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTCCGTCGGTGTCCG
SmilChr08G000495 Chr08 NC_080394.1:3585791-3585805promoter 内 434-448 bp + 3553 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3589358-3589976(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTCTGGCGGTGGACG
SmilChr06G002900 Chr06 NC_080392.1:41824408-41824422promoter 内 404-418 bp - 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 41817754-41820825(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGAGTCGGTGAGGG
SmilChr05G000972 Chr05 NC_080391.1:7864381-7864395promoter 内 398-412 bp - 3589 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7859824-7860792(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTTGACGGTGGATC
SmilChr05G004027 Chr05 NC_080391.1:54268857-54268871promoter 内 380-394 bp + 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54261108-54265250(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCTTAACCGACACCT
SmilChr03G001608 Chr03 NC_080389.1:20461918-20461932promoter 内 364-378 bp - 3623 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20465555-20471841(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACCGAACCGACACTG
SmilChr03G004173 Chr03 NC_080389.1:60481678-60481692promoter 内 361-375 bp - 3626 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 60467104-60478052(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGTTGTCGGCTGAGA
SmilChr06G000437 Chr06 NC_080392.1:3570821-3570835promoter 内 348-362 bp + 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3574474-3576521(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGGGTCGGTGGCAG
SmilChr02G002277 Chr02 NC_080388.1:40262107-40262121promoter 内 303-317 bp - 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 40253801-40258423(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGTGTCGGTTCGGT
SmilChr08G001366 Chr08 NC_080394.1:10893786-10893800promoter 内 276-290 bp + 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10897511-10898461(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGTGTCGGTTCGGT
SmilChr03G004411 Chr03 NC_080389.1:62274037-62274051promoter 内 229-243 bp + 3758 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 62277809-62281657(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTCGTCGGTGTCTC
SmilChr07G003632 Chr07 NC_080393.1:42955846-42955860promoter 内 194-208 bp + 3793 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 42945079-42952053(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CACCCACCGACTAAT
SmilChr07G004365 Chr07 NC_080393.1:56186766-56186780promoter 内 189-203 bp + 3798 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56190578-56194392(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGACGGCGGTGGAGG
SmilChr07G003410 Chr07 NC_080393.1:37137624-37137638promoter 内 178-192 bp + 3809 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 37124678-37133815(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACTCCACCGCCGGCA
SmilChr06G003043 Chr06 NC_080392.1:43283405-43283419promoter 内 163-177 bp + 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 43276520-43279581(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCCGCACCGACTGCG
SmilChr01G001176 Chr01 NC_080387.1:23811597-23811611promoter 内 141-155 bp + 3846 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 23815457-23819500(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTAAGTCGGTGGCAG
SmilChr06G000236 Chr06 NC_080392.1:1578273-1578287promoter 内 109-123 bp + 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1582165-1585265(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAGTGTCGGTTCGGT