转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000094; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00015812-RA_Salv SmilChr04G000094 YABBY XP_057807365.1 MP00620 CAATCATAAT

可能结合的靶基因

9844 个结合位点 6504 个候选靶基因 第 105 / 131 下载 TSV

上一页 105 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005391 Chr01 NC_080387.1:71198138-71198147promoter 内 1901-1910 bp + 2091 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 71200238-71205838(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTATCATAAT
SmilChr01G003823 Chr01 NC_080387.1:56558248-56558257promoter 内 1892-1901 bp + 2100 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56560357-56560430(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTATCATAAT
SmilChr02G002874 Chr02 NC_080388.1:48999067-48999076promoter 内 1871-1880 bp - 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 48993750-48996946(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATTAT
SmilChr01G000968 Chr01 NC_080387.1:20520444-20520453promoter 内 1865-1874 bp - 2127 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 20515673-20518317(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATTAT
SmilChr01G004371 Chr01 NC_080387.1:61925467-61925476promoter 内 1856-1865 bp - 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 61922627-61923331(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATTAT
SmilChr02G003910 Chr02 NC_080388.1:61180676-61180685promoter 内 1856-1865 bp + 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 61182821-61185828(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTATCATAAT
SmilChr01G000104 Chr01 NC_080387.1:1830243-1830252promoter 内 1814-1823 bp - 2178 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1832430-1833536(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATAC
SmilChr01G004098 Chr01 NC_080387.1:59437812-59437821promoter 内 1805-1814 bp - 2187 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 59440008-59447385(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATAC
SmilChr02G003727 Chr02 NC_080388.1:58906586-58906595promoter 内 1759-1768 bp + 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 58896027-58904353(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATAATGATTG
SmilChr02G000389 Chr02 NC_080388.1:4814520-4814529promoter 内 1757-1766 bp + 2235 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4816764-4820556(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTATCATAAT
SmilChr01G002574 Chr01 NC_080387.1:43828652-43828661promoter 内 1756-1765 bp - 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 43821872-43826416(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATTAT
SmilChr01G005067 Chr01 NC_080387.1:68573283-68573292promoter 内 1726-1735 bp + 2266 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 68568047-68571017(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATAATGATTG
SmilChr01G005909 Chr01 NC_080387.1:74946234-74946243promoter 内 1678-1687 bp + 2314 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 74948557-74950133(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTATCATAAT
SmilChr01G000068 Chr01 NC_080387.1:1116115-1116124promoter 内 1660-1669 bp + 2332 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1118456-1123317(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTATCATAAT
SmilChr01G005211 Chr01 NC_080387.1:69741138-69741147promoter 内 1660-1669 bp - 2332 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 69738297-69738806(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTATCATAAT
SmilChr01G005365 Chr01 NC_080387.1:70878636-70878645promoter 内 1652-1661 bp + 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 70873447-70876296(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATAC
SmilChr02G002810 Chr02 NC_080388.1:48146394-48146403promoter 内 1626-1635 bp + 2366 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 48148769-48150806(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTATCATAAT
SmilChr01G003669 Chr01 NC_080387.1:55105101-55105110promoter 内 1607-1616 bp - 2385 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 55107495-55110325(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATAATGATTG
SmilChr02G000319 Chr02 NC_080388.1:4002465-4002474promoter 内 1603-1612 bp + 2389 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4004863-4005674(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATTAT
SmilChr01G004236 Chr01 NC_080387.1:60711500-60711509promoter 内 1597-1606 bp - 2395 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 60708292-60709105(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATTAT
SmilChr02G002406 Chr02 NC_080388.1:41971126-41971135promoter 内 1513-1522 bp - 2479 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 41973614-42011446(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATAATGATTG
SmilChr01G002382 Chr01 NC_080387.1:41017615-41017624promoter 内 1510-1519 bp - 2482 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 41013243-41015133(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATTAT
SmilChr01G002569 Chr01 NC_080387.1:43790437-43790446promoter 内 1510-1519 bp - 2482 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 43783503-43787955(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTATCATAAT
SmilChr03G000984 Chr03 NC_080389.1:11146097-11146106promoter 内 1505-1514 bp - 2487 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 11148593-11149969(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATAATGATTG
SmilChr02G001862 Chr02 NC_080388.1:33857356-33857365promoter 内 1504-1513 bp - 2488 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 33859853-33861067(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATAATGATTG
SmilChr01G002974 Chr01 NC_080387.1:48685857-48685866promoter 内 1503-1512 bp - 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 48677144-48683368(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATTAT
SmilChr02G004566 Chr02 NC_080388.1:68180722-68180731promoter 内 1497-1506 bp + 2495 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 68183226-68185283(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATTAT
SmilChr03G001067 Chr03 NC_080389.1:12381606-12381615promoter 内 1488-1497 bp + 2504 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 12384119-12390927(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTATCATAAT
SmilChr01G000887 Chr01 NC_080387.1:18936175-18936184promoter 内 1467-1476 bp + 2525 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 18928523-18933650(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATAATGATTG
SmilChr01G001545 Chr01 NC_080387.1:29446183-29446192promoter 内 1450-1459 bp + 2542 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 29448734-29450543(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATTAT
SmilChr01G004549 Chr01 NC_080387.1:63613352-63613361promoter 内 1422-1431 bp - 2570 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 63608236-63610782(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 CAATCATTAT
SmilChr02G001978 Chr02 NC_080388.1:35738260-35738269promoter 内 1419-1428 bp - 2573 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 35732406-35735687(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTATCATAAT
SmilChr03G000115 Chr03 NC_080389.1:1281832-1281841promoter 内 1406-1415 bp + 2586 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 1276406-1279246(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATAC
SmilChr02G001270 Chr02 NC_080388.1:23260254-23260263promoter 内 1347-1356 bp + 2645 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 23248477-23257609(-) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATTATGATAC
SmilChr03G000958 Chr03 NC_080389.1:10826075-10826084promoter 内 1281-1290 bp - 2711 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 10828795-10831314(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 ATAATGATTG
SmilChr02G005427 Chr02 NC_080388.1:74721441-74721450promoter 内 1263-1272 bp + 2729 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 74724179-74724652(+) SMil_00015812-RA_Salv MP00620 GTATCATAAT
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