转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 106 / 161 下载 TSV

上一页 106 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003404 Chr02 NC_080388.1:55218595-55218608promoter 内 676-689 bp - 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 55212150-55215283(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCCGTTGACTTGAG
SmilChr02G001877 Chr02 NC_080388.1:34076717-34076730promoter 内 625-638 bp - 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 34080093-34082629(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAAAGTCAAACGG
SmilChr04G000916 Chr04 NC_080390.1:11921774-11921787promoter 内 581-594 bp - 3407 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 11914037-11918367(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCATTTGACTTTGT
SmilChr05G003459 Chr05 NC_080391.1:46009824-46009837promoter 内 581-594 bp + 3407 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 46006346-46006417(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCTAAGTCAACTCA
SmilChr02G003106 Chr02 NC_080388.1:51980332-51980345promoter 内 532-545 bp + 3456 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 51983801-52028202(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAGTTGACTTCAT
SmilChr07G001669 Chr07 NC_080393.1:14166289-14166302promoter 内 527-540 bp + 3461 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 14156576-14162828(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTAAACGGC
SmilChr07G001618 Chr07 NC_080393.1:13561144-13561157promoter 内 523-536 bp - 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 13564622-13565894(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATAAGTCAACAAT
SmilChr07G004680 Chr07 NC_080393.1:59753556-59753569promoter 内 494-507 bp - 3494 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 59749431-59750062(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGGTTGACTATTC
SmilChr07G000985 Chr07 NC_080393.1:7145170-7145183promoter 内 461-474 bp + 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 7148710-7149603(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTGTTGACTTATT
SmilChr01G002109 Chr01 NC_080387.1:37155073-37155086promoter 内 349-362 bp + 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 37148586-37151434(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATAGTCAACCAT
SmilChr02G001187 Chr02 NC_080388.1:21785918-21785931promoter 内 326-339 bp + 3662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 21789593-21793173(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCCGTTGACTTGAG
SmilChr02G002350 Chr02 NC_080388.1:41264771-41264784promoter 内 284-297 bp + 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 41268488-41273790(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGGTTTGACTTTCA
SmilChr04G001257 Chr04 NC_080390.1:19828207-19828220promoter 内 283-296 bp - 3705 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 19831925-19836797(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTCAAGTCAACGGA
SmilChr02G003552 Chr02 NC_080388.1:56703294-56703307promoter 内 157-170 bp + 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 56694510-56699463(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAAACCT
SmilChr04G002269 Chr04 NC_080390.1:36748162-36748175promoter 内 136-149 bp - 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 36741782-36744310(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTGTTTGACTTTTC
SmilChr05G001403 Chr05 NC_080391.1:12621729-12621742promoter 内 77-90 bp - 3911 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 12617129-12617818(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCGTTTACTTTTT
SmilChr07G004009 Chr07 NC_080393.1:51125031-51125044promoter 内 308-321 bp - 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 51128724-51131222(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAATGGT
SmilChr01G006042 Chr01 NC_080387.1:75947347-75947360promoter 内 306-319 bp + 3682 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 75951042-75951501(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCATTTGACTTTCG
SmilChr07G000342 Chr07 NC_080393.1:2317143-2317156promoter 内 3882-3895 bp + 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 2315615-2317037(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAAAGTCAAACCT
SmilChr07G001235 Chr07 NC_080393.1:9458005-9458018promoter 内 3868-3881 bp + 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 9453819-9457885(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGAAAGTCAAACTC
SmilChr03G002422 Chr03 NC_080389.1:38475464-38475477promoter 内 3744-3757 bp - 244 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 38475721-38477405(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGAAAGTCAAACTC
SmilChr05G001556 Chr05 NC_080391.1:14285814-14285827promoter 内 3692-3705 bp - 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 14279690-14285518(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGTTTGACTTTCG
SmilChr04G002886 Chr04 NC_080390.1:45063108-45063121promoter 内 3405-3418 bp - 583 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 45059347-45062525(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CACTTTGACTTCTT
SmilChr07G001936 Chr07 NC_080393.1:16766255-16766268promoter 内 3379-3392 bp + 609 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 16766877-16768734(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAGTTGACTTGGG
SmilChr03G000913 Chr03 NC_080389.1:10455946-10455959promoter 内 3341-3354 bp + 647 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 10456606-10459868(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTAGTTGACTTGTT
SmilChr04G000006 Chr04 NC_080390.1:91117-91130promoter 内 3299-3312 bp - 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 91819-110192(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAAACTT
SmilChr05G003712 Chr05 NC_080391.1:50238913-50238926promoter 内 3231-3244 bp + 757 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 50239683-50241296(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGTTTGACTTTCG
SmilChr05G003861 Chr05 NC_080391.1:52163033-52163046promoter 内 3184-3197 bp - 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 52155371-52162229(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGTTTGACTTTCG
SmilChr03G004484 Chr03 NC_080389.1:62957316-62957329promoter 内 3094-3107 bp - 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 62951952-62956422(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAATTTGACTTTTA
SmilChr02G003002 Chr02 NC_080388.1:50683621-50683634promoter 内 3049-3062 bp + 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 50681784-50682682(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAAACTT
SmilChr06G002896 Chr06 NC_080392.1:41797810-41797823promoter 内 3017-3030 bp - 971 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 41791220-41796839(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCTTTGACTTATT
SmilChr04G002411 Chr04 NC_080390.1:38733501-38733514promoter 内 2948-2961 bp + 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 38730799-38732461(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAAATTT
SmilChr02G003513 Chr02 NC_080388.1:56322924-56322937promoter 内 2860-2873 bp - 1128 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 56324065-56326253(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGAAAGTCAAATTC
SmilChr05G004301 Chr05 NC_080391.1:56715791-56715804promoter 内 2835-2848 bp + 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 56716957-56720601(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGTTTGACTTTCG
SmilChr04G004154 Chr04 NC_080390.1:56236491-56236504promoter 内 2706-2719 bp - 1282 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 56237786-56244020(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGAAAGTCAAACTC
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