转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004607; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002089-RA_Salv SmilChr02G004607 C2H2 XP_057791470.1 MP00608 AAAAACAGAGCA

可能结合的靶基因

9817 个结合位点 6398 个候选靶基因 第 106 / 128 下载 TSV

上一页 106 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005243 Chr02 NC_080388.1:73603573-73603584promoter 内 1063-1074 bp + 2927 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 73599124-73600646(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TACTCTGTTATG
SmilChr01G006036 Chr01 NC_080387.1:75868176-75868187promoter 内 1043-1054 bp - 2947 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 75871134-75873733(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGCTCTGTTATG
SmilChr02G003857 Chr02 NC_080388.1:60364558-60364569promoter 内 971-982 bp + 3019 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 60367588-60369177(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGAAACAGAATC
SmilChr01G004423 Chr01 NC_080387.1:62338448-62338459promoter 内 896-907 bp + 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 62332595-62335354(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGCTCTGTTATG
SmilChr02G000843 Chr02 NC_080388.1:14324931-14324942promoter 内 896-907 bp + 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 14328036-14329067(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGAAACAGAATT
SmilChr03G000722 Chr03 NC_080389.1:8072791-8072802promoter 内 861-872 bp + 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 8075931-8076936(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGTAACAGAGCA
SmilChr02G001782 Chr02 NC_080388.1:32610971-32610982promoter 内 776-787 bp + 3214 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 32606308-32607757(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGCCTTA
SmilChr01G001738 Chr01 NC_080387.1:31986023-31986034promoter 内 744-755 bp - 3246 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 31981239-31982777(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAAAACAGAATT
SmilChr01G005477 Chr01 NC_080387.1:71768836-71768847promoter 内 723-734 bp - 3267 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 71759353-71765569(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TAAAACAGAATC
SmilChr03G000655 Chr03 NC_080389.1:7273990-7274001promoter 内 698-709 bp - 3292 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 7269520-7270698(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGTAACAGAGCA
SmilChr01G005341 Chr01 NC_080387.1:70625281-70625292promoter 内 683-694 bp - 3307 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 70628599-70630450(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AATTCTGTTTTC
SmilChr02G000626 Chr02 NC_080388.1:9357013-9357024promoter 内 630-641 bp + 3360 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 9350353-9353653(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGCTCTGTTATT
SmilChr02G004795 Chr02 NC_080388.1:70150894-70150905promoter 内 551-562 bp + 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 70146692-70147455(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GATTCTGTTTCA
SmilChr01G000083 Chr01 NC_080387.1:1573749-1573760promoter 内 531-542 bp - 3459 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 1577219-1585906(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGCTCTGTCCTT
SmilChr02G004339 Chr02 NC_080388.1:65634809-65634820promoter 内 530-541 bp - 3460 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 65638280-65639667(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGCTCTGTCCTT
SmilChr02G003534 Chr02 NC_080388.1:56491782-56491793promoter 内 514-525 bp - 3476 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 56484043-56488306(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CATAACAGAGCC
SmilChr01G000146 Chr01 NC_080387.1:2491415-2491426promoter 内 481-492 bp + 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 2494935-2498868(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGATACAGAGCT
SmilChr03G001289 Chr03 NC_080389.1:15112576-15112587promoter 内 371-382 bp + 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 15116206-15119938(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TAGGACAGAGCA
SmilChr01G001663 Chr01 NC_080387.1:30710636-30710647promoter 内 348-359 bp + 3642 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 30714289-30716612(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CATAACAGAGCC
SmilChr01G004233 Chr01 NC_080387.1:60707833-60707844promoter 内 291-302 bp + 3699 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 60701894-60704134(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTCCTA
SmilChr01G003768 Chr01 NC_080387.1:56051288-56051299promoter 内 270-281 bp - 3720 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 56045957-56047568(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAAAACAGAATT
SmilChr01G003057 Chr01 NC_080387.1:49482249-49482260promoter 内 259-270 bp + 3731 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 49477247-49478518(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GATTCTGTTTTA
SmilChr02G003364 Chr02 NC_080388.1:54765830-54765841promoter 内 197-208 bp - 3793 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 54759037-54762037(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TAAAACAGAATC
SmilChr01G003825 Chr01 NC_080387.1:56582008-56582019promoter 内 173-184 bp + 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 56585836-56587390(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGAAACAGAATT
SmilChr01G000937 Chr01 NC_080387.1:19849583-19849594promoter 内 142-153 bp + 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 19844941-19845735(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TACTCTGTTATG
SmilChr02G001460 Chr02 NC_080388.1:27305244-27305255promoter 内 28-39 bp + 3962 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 27299186-27301282(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGCTCTGTCCTT
SmilChr01G001250 Chr01 NC_080387.1:25114590-25114601promoter 内 2094-2105 bp - 1896 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 3 25111939-25112694(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AATAACAGAGAA
SmilChr02G000343 Chr02 NC_080388.1:4469372-4469383promoter 内 3166-3177 bp - 824 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 4470207-4470950(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTATT
SmilChr01G000757 Chr01 NC_080387.1:16630990-16631001promoter 内 2508-2519 bp + 1482 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 16632483-16634171(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AATAACAGAGGG
SmilChr02G001366 Chr02 NC_080388.1:25737694-25737705promoter 内 1568-1579 bp + 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 25740127-25740813(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AATAACAGAGGG
SmilChr02G004284 Chr02 NC_080388.1:65094375-65094386promoter 内 1013-1024 bp - 2977 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 65097363-65099823(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTATT
SmilChr03G001643 Chr03 NC_080389.1:21251178-21251189promoter 内 978-989 bp - 3012 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 2 21254201-21257239(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CCCTCTGTTATT
SmilChr02G002335 Chr02 NC_080388.1:41063163-41063174promoter 内 3864-3875 bp + 126 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 41061442-41063037(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGCTCTGTTTAA
SmilChr01G000330 Chr01 NC_080387.1:6743948-6743959promoter 内 3663-3674 bp + 327 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 6741117-6743621(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTATT
SmilChr03G001635 Chr03 NC_080389.1:21044248-21044259promoter 内 3449-3460 bp - 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 21042730-21043707(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AATAACAGAGAA
SmilChr01G002000 Chr01 NC_080387.1:35513121-35513132promoter 内 3367-3378 bp + 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 35509874-35512498(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTATT
SmilChr02G004729 Chr02 NC_080388.1:69530118-69530129promoter 内 3326-3337 bp + 664 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 69526894-69529454(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTATT
SmilChr02G002336 Chr02 NC_080388.1:41063163-41063174promoter 内 3163-3174 bp + 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 41064001-41065238(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTAAACAGAGCC
SmilChr01G002986 Chr01 NC_080387.1:48793257-48793268promoter 内 3092-3103 bp - 898 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 48792039-48792359(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGTAACAGAGTA
SmilChr02G004398 Chr02 NC_080388.1:66334396-66334407promoter 内 2868-2879 bp - 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 66329075-66333274(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AATAACAGAGAA
SmilChr03G000171 Chr03 NC_080389.1:1881763-1881774promoter 内 2639-2650 bp - 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 1876652-1880412(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTAAACAGAGCC
SmilChr02G004713 Chr02 NC_080388.1:69398842-69398853promoter 内 2529-2540 bp - 1461 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 69400314-69401812(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTATT
SmilChr02G000026 Chr02 NC_080388.1:284456-284467promoter 内 2456-2467 bp - 1534 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 286001-288799(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TACTCTGTTATC
SmilChr01G002987 Chr01 NC_080387.1:48793257-48793268promoter 内 2235-2246 bp - 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 48795023-48814661(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TACTCTGTTACC
SmilChr02G002154 Chr02 NC_080388.1:38773248-38773259promoter 内 2219-2230 bp - 1771 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 38768578-38771477(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AATAACAGAGAA
SmilChr02G001676 Chr02 NC_080388.1:31000665-31000676promoter 内 2001-2012 bp + 1989 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 31002665-31011168(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GTAAACAGAGAA
SmilChr01G002283 Chr01 NC_080387.1:39621669-39621680promoter 内 1836-1847 bp - 2154 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 39613927-39619515(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AATAACAGAGAA
SmilChr02G001674 Chr02 NC_080388.1:31000665-31000676promoter 内 1470-1481 bp + 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 30995524-30998145(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTTAC
SmilChr01G006161 Chr01 NC_080387.1:77021239-77021250promoter 内 1375-1386 bp - 2615 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 77016986-77018624(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AATAACAGAGGG
SmilChr02G001133 Chr02 NC_080388.1:20467334-20467345promoter 内 780-791 bp + 3210 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 20463141-20464124(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGCTCTGTTTAA