靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G001516; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00019310-RA_Salv |
SmilChr01G001516 |
bZIP | XP_057803325.1 |
MP00648 |
ACACGTGG |
9939 个结合位点 6170 个候选靶基因 第 107 / 124 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G002188 |
Chr02 | NC_080388.1:39079971-39079978promoter 内 1785-1792 bp |
- | 2209 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 39076725-39077762(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr05G002113 |
Chr05 | NC_080391.1:22163363-22163370promoter 内 1780-1787 bp |
+ | 2214 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 22157781-22161149(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
SmilChr01G005880 |
Chr01 | NC_080387.1:74736648-74736655promoter 内 1776-1783 bp |
- | 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 74738873-74740800(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr04G001939 |
Chr04 | NC_080390.1:31505546-31505553promoter 内 1775-1782 bp |
+ | 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 31501114-31503327(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
SmilChr01G002967 |
Chr01 | NC_080387.1:48565790-48565797promoter 内 1773-1780 bp |
- | 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 48555600-48563569(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr04G001198 |
Chr04 | NC_080390.1:18330611-18330618promoter 内 1773-1780 bp |
+ | 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 18325993-18328390(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
SmilChr01G003743 |
Chr01 | NC_080387.1:55732893-55732900promoter 内 1772-1779 bp |
- | 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 55735122-55758638(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr03G003504 |
Chr03 | NC_080389.1:53655265-53655272promoter 内 1769-1776 bp |
- | 2225 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 53647339-53653040(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr05G002106 |
Chr05 | NC_080391.1:22069843-22069850promoter 内 1766-1773 bp |
- | 2228 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 22065041-22067615(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr02G003292 |
Chr02 | NC_080388.1:54198470-54198477promoter 内 1758-1765 bp |
- | 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 54190962-54196234(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr03G003726 |
Chr03 | NC_080389.1:56285031-56285038promoter 内 1758-1765 bp |
+ | 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 56287274-56287975(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr06G002147 |
Chr06 | NC_080392.1:29162649-29162656promoter 内 1757-1764 bp |
+ | 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 29164893-29195347(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr06G003201 |
Chr06 | NC_080392.1:44865078-44865085promoter 内 1754-1761 bp |
- | 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 44857057-44862838(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr01G003513 |
Chr01 | NC_080387.1:53738196-53738203promoter 内 1752-1759 bp |
+ | 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 53740445-53740518(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr06G003273 |
Chr06 | NC_080392.1:45318016-45318023promoter 内 1750-1757 bp |
+ | 2244 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 45320267-45321049(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr01G005917 |
Chr01 | NC_080387.1:75003965-75003972promoter 内 1749-1756 bp |
- | 2245 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 75006217-75008694(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr05G001826 |
Chr05 | NC_080391.1:18277161-18277168promoter 内 1749-1756 bp |
+ | 2245 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 18273201-18274916(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr04G000686 |
Chr04 | NC_080390.1:8008078-8008085promoter 内 1748-1755 bp |
+ | 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 8010331-8011755(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr04G003285 |
Chr04 | NC_080390.1:49525007-49525014promoter 内 1743-1750 bp |
+ | 2251 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 49527265-49528715(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
SmilChr05G002595 |
Chr05 | NC_080391.1:29178059-29178066promoter 内 1740-1747 bp |
+ | 2254 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 29180320-29184003(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr06G001937 |
Chr06 | NC_080392.1:23601302-23601309promoter 内 1740-1747 bp |
- | 2254 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 23603563-23603643(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
SmilChr01G003128 |
Chr01 | NC_080387.1:50114119-50114126promoter 内 1738-1745 bp |
+ | 2256 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 50116382-50117713(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr05G000026 |
Chr05 | NC_080391.1:131030-131037promoter 内 1737-1744 bp |
- | 2257 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 133294-136686(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr07G001175 |
Chr07 | NC_080393.1:8888454-8888461promoter 内 1737-1744 bp |
+ | 2257 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 8890718-8894477(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr05G000625 |
Chr05 | NC_080391.1:4724687-4724694promoter 内 1735-1742 bp |
+ | 2259 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 4726953-4728804(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr03G001231 |
Chr03 | NC_080389.1:14229323-14229330promoter 内 1734-1741 bp |
+ | 2260 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 14220513-14227063(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
SmilChr04G000138 |
Chr04 | NC_080390.1:1187978-1187985promoter 内 1734-1741 bp |
- | 2260 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 1179164-1185718(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr03G001396 |
Chr03 | NC_080389.1:16579573-16579580promoter 内 1732-1739 bp |
+ | 2262 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 16581842-16589213(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGG |
SmilChr05G003603 |
Chr05 | NC_080391.1:48110551-48110558promoter 内 1730-1737 bp |
+ | 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 48107091-48108287(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
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+ | 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 54324326-54327800(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
SmilChr05G003360 |
Chr05 | NC_080391.1:44396261-44396268promoter 内 1727-1734 bp |
+ | 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 44392465-44393994(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
SmilChr01G004077 |
Chr01 | NC_080387.1:59202454-59202461promoter 内 1721-1728 bp |
+ | 2273 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 59204734-59207177(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
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Chr02 | NC_080388.1:73054856-73054863promoter 内 1721-1728 bp |
- | 2273 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 73057136-73060787(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
GCACGTGT |
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+ | 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 35712868-35716261(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
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- | 2282 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 18285798-18287862(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
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SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
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- | 2283 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 51760407-51761492(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
ACACGTGC |
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- | 2283 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 52070873-52071691(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
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SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
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+ | 2285 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 44491102-44492535(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
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SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
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+ | 2289 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 70429853-70432586(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
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SMil_00019310-RA_Salv |
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SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
CCACGTGC |
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+ | 2294 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 40226530-40229739(-) |
SMil_00019310-RA_Salv |
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SMil_00019310-RA_Salv |
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+ | 2298 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 3906409-3908226(+) |
SMil_00019310-RA_Salv |
MP00648 |
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- | 2301 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 90.3/ 100 | 1 | 54576674-54577960(-) |
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MP00648 |
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