转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G001516; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019310-RA_Salv SmilChr01G001516 bZIP XP_057803325.1 MP00648 ACACGTGG

可能结合的靶基因

9939 个结合位点 6170 个候选靶基因 第 107 / 124 下载 TSV

上一页 107 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002188 Chr02 NC_080388.1:39079971-39079978promoter 内 1785-1792 bp - 2209 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 39076725-39077762(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr05G002113 Chr05 NC_080391.1:22163363-22163370promoter 内 1780-1787 bp + 2214 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22157781-22161149(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr01G005880 Chr01 NC_080387.1:74736648-74736655promoter 内 1776-1783 bp - 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 74738873-74740800(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr04G001939 Chr04 NC_080390.1:31505546-31505553promoter 内 1775-1782 bp + 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 31501114-31503327(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr01G002967 Chr01 NC_080387.1:48565790-48565797promoter 内 1773-1780 bp - 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 48555600-48563569(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr04G001198 Chr04 NC_080390.1:18330611-18330618promoter 内 1773-1780 bp + 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 18325993-18328390(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr01G003743 Chr01 NC_080387.1:55732893-55732900promoter 内 1772-1779 bp - 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55735122-55758638(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr03G003504 Chr03 NC_080389.1:53655265-53655272promoter 内 1769-1776 bp - 2225 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 53647339-53653040(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr05G002106 Chr05 NC_080391.1:22069843-22069850promoter 内 1766-1773 bp - 2228 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22065041-22067615(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr02G003292 Chr02 NC_080388.1:54198470-54198477promoter 内 1758-1765 bp - 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54190962-54196234(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr03G003726 Chr03 NC_080389.1:56285031-56285038promoter 内 1758-1765 bp + 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56287274-56287975(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr06G002147 Chr06 NC_080392.1:29162649-29162656promoter 内 1757-1764 bp + 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 29164893-29195347(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr06G003201 Chr06 NC_080392.1:44865078-44865085promoter 内 1754-1761 bp - 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 44857057-44862838(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr01G003513 Chr01 NC_080387.1:53738196-53738203promoter 内 1752-1759 bp + 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 53740445-53740518(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr06G003273 Chr06 NC_080392.1:45318016-45318023promoter 内 1750-1757 bp + 2244 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 45320267-45321049(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr01G005917 Chr01 NC_080387.1:75003965-75003972promoter 内 1749-1756 bp - 2245 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 75006217-75008694(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr05G001826 Chr05 NC_080391.1:18277161-18277168promoter 内 1749-1756 bp + 2245 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 18273201-18274916(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr04G000686 Chr04 NC_080390.1:8008078-8008085promoter 内 1748-1755 bp + 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8010331-8011755(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr04G003285 Chr04 NC_080390.1:49525007-49525014promoter 内 1743-1750 bp + 2251 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 49527265-49528715(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
SmilChr05G002595 Chr05 NC_080391.1:29178059-29178066promoter 内 1740-1747 bp + 2254 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 29180320-29184003(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr06G001937 Chr06 NC_080392.1:23601302-23601309promoter 内 1740-1747 bp - 2254 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 23603563-23603643(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr01G003128 Chr01 NC_080387.1:50114119-50114126promoter 内 1738-1745 bp + 2256 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 50116382-50117713(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr05G000026 Chr05 NC_080391.1:131030-131037promoter 内 1737-1744 bp - 2257 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 133294-136686(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr07G001175 Chr07 NC_080393.1:8888454-8888461promoter 内 1737-1744 bp + 2257 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8890718-8894477(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr05G000625 Chr05 NC_080391.1:4724687-4724694promoter 内 1735-1742 bp + 2259 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4726953-4728804(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr03G001231 Chr03 NC_080389.1:14229323-14229330promoter 内 1734-1741 bp + 2260 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 14220513-14227063(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr04G000138 Chr04 NC_080390.1:1187978-1187985promoter 内 1734-1741 bp - 2260 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 1179164-1185718(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr03G001396 Chr03 NC_080389.1:16579573-16579580promoter 内 1732-1739 bp + 2262 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 16581842-16589213(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr05G003603 Chr05 NC_080391.1:48110551-48110558promoter 内 1730-1737 bp + 2264 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 48107091-48108287(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr01G003575 Chr01 NC_080387.1:54330067-54330074promoter 内 1727-1734 bp + 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54324326-54327800(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr05G003360 Chr05 NC_080391.1:44396261-44396268promoter 内 1727-1734 bp + 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 44392465-44393994(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr01G004077 Chr01 NC_080387.1:59202454-59202461promoter 内 1721-1728 bp + 2273 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 59204734-59207177(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGG
SmilChr02G005176 Chr02 NC_080388.1:73054856-73054863promoter 内 1721-1728 bp - 2273 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 73057136-73060787(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr01G002015 Chr01 NC_080387.1:35718540-35718547promoter 内 1715-1722 bp + 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35712868-35716261(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 GCACGTGT
SmilChr05G001827 Chr05 NC_080391.1:18283509-18283516promoter 内 1712-1719 bp - 2282 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 18285798-18287862(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 CCACGTGC
SmilChr01G003955 Chr01 NC_080387.1:57924222-57924229promoter 内 1711-1718 bp + 2283 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 57926512-57928904(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGC
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