转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 107 / 147 下载 TSV

上一页 107 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr01G001791 Chr01 NC_080387.1:32770680-32770693promoter 内 3506-3519 bp - 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 32771175-32776784(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CACACAGTCAACAT
SmilChr04G001087 Chr04 NC_080390.1:15598532-15598545promoter 内 3484-3497 bp + 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 15599049-15601502(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTAACT
SmilChr04G000905 Chr04 NC_080390.1:11785906-11785919promoter 内 3471-3484 bp - 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 11786436-11789208(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTACGGGTCAACGT
SmilChr02G000139 Chr02 NC_080388.1:1867796-1867809promoter 内 3470-3483 bp - 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1868327-1870030(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAAAAAGTCAATCG
SmilChr04G002385 Chr04 NC_080390.1:38390255-38390268promoter 内 3402-3415 bp + 586 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 38387675-38389669(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAAAAAGTCAAAAA
SmilChr01G000414 Chr01 NC_080387.1:8385386-8385399promoter 内 3356-3369 bp + 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 8382448-8384754(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTCTAAGTCAACAA
SmilChr02G003461 Chr02 NC_080388.1:55900651-55900664promoter 内 3335-3348 bp + 653 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 55901317-55907160(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTTGACTCTTCT
SmilChr02G003371 Chr02 NC_080388.1:54838911-54838924promoter 内 3325-3338 bp + 663 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54839587-54841481(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATGTTGACTGTGTG
SmilChr02G001407 Chr02 NC_080388.1:26705442-26705455promoter 内 3263-3276 bp - 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 26706180-26709397(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGAGAGTCAACTG
SmilChr02G003442 Chr02 NC_080388.1:55700346-55700359promoter 内 3235-3248 bp + 753 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 55696078-55699593(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGGCAAGTCAAAGA
SmilChr01G001929 Chr01 NC_080387.1:34455076-34455089promoter 内 3180-3193 bp - 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 34455897-34457066(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTTAAAGTCAATGC
SmilChr03G000483 Chr03 NC_080389.1:5139557-5139570promoter 内 3128-3141 bp - 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5133232-5138697(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTAATTA
SmilChr02G004552 Chr02 NC_080388.1:68049602-68049615promoter 内 3066-3079 bp - 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 68045485-68048680(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTTTTGACTTTTGA
SmilChr01G004555 Chr01 NC_080387.1:63645061-63645074promoter 内 3054-3067 bp - 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 63646008-63646901(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTCACAGTCAACCA
SmilChr03G002718 Chr03 NC_080389.1:43203151-43203164promoter 内 3052-3065 bp - 936 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 43200851-43202215(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTGTGGA
SmilChr04G002193 Chr04 NC_080390.1:35477460-35477473promoter 内 3047-3060 bp - 941 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 35474051-35476519(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTGTATT
SmilChr01G002705 Chr01 NC_080387.1:45318760-45318773promoter 内 3012-3025 bp + 976 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 45319749-45320461(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTTTTGACTTTTTA
SmilChr01G000834 Chr01 NC_080387.1:18019481-18019494promoter 内 2963-2976 bp + 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 18020519-18023491(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGGTTGACTCCTCT
SmilChr01G003792 Chr01 NC_080387.1:56323410-56323423promoter 内 2835-2848 bp + 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56324576-56332760(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACTCCAAA
SmilChr03G003654 Chr03 NC_080389.1:55371220-55371233promoter 内 2804-2817 bp + 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 55368761-55370036(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AACAAAGTCAAGGC
SmilChr01G004551 Chr01 NC_080387.1:63627393-63627406promoter 内 2787-2800 bp - 1201 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 63623874-63626192(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTAAGC
SmilChr03G000238 Chr03 NC_080389.1:2839985-2839998promoter 内 2765-2778 bp - 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2828665-2838762(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCATTGACTTTAAT
SmilChr02G000681 Chr02 NC_080388.1:10743525-10743538promoter 内 2762-2775 bp - 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10718197-10742299(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTAACT
SmilChr02G000078 Chr02 NC_080388.1:1030429-1030442promoter 内 2652-2665 bp + 1336 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1027939-1029093(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAAAAAGTCAATCG
SmilChr02G003489 Chr02 NC_080388.1:56146007-56146020promoter 内 2640-2653 bp + 1348 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56147368-56149864(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTTTTGACTTTTTA
SmilChr02G004167 Chr02 NC_080388.1:63980930-63980943promoter 内 2629-2642 bp - 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 63976250-63979571(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGTTTGACTTTCGG
SmilChr02G002078 Chr02 NC_080388.1:37366239-37366252promoter 内 2593-2606 bp - 1395 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 37361705-37364844(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAGTTGACTTCTAA
SmilChr04G002342 Chr04 NC_080390.1:37773464-37773477promoter 内 2574-2587 bp - 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 37770578-37772050(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCATTGACTTTAAT
SmilChr03G001767 Chr03 NC_080389.1:24100811-24100824promoter 内 2565-2578 bp + 1423 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 24098717-24099388(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGTGAAGTCAACCT
SmilChr02G000224 Chr02 NC_080388.1:2904999-2905012promoter 内 2529-2542 bp + 1459 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 2900591-2903540(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACAAAAGTCAAGGA
SmilChr04G000548 Chr04 NC_080390.1:6121904-6121917promoter 内 2517-2530 bp + 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6123388-6125587(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTTTTGACTTTTTA
SmilChr04G000334 Chr04 NC_080390.1:3088365-3088378promoter 内 2447-2460 bp + 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3073698-3086824(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTTTAAGTCAACAA
SmilChr03G003934 Chr03 NC_080389.1:58398030-58398043promoter 内 2423-2436 bp + 1565 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 58399608-58400327(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTTCACT
SmilChr02G000623 Chr02 NC_080388.1:9219353-9219366promoter 内 2316-2329 bp - 1672 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9216415-9217681(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTAACT
SmilChr03G001994 Chr03 NC_080389.1:29424783-29424796promoter 内 2302-2315 bp + 1686 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 29419250-29423097(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGTTAAGTCAAAGA
SmilChr01G001640 Chr01 NC_080387.1:30419089-30419102promoter 内 2253-2266 bp + 1735 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 30420837-30422442(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAGTTGACTTAACT
SmilChr02G004553 Chr02 NC_080388.1:68049602-68049615promoter 内 2248-2261 bp - 1740 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 68051355-68054640(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCAAAAGTCAAAAG
SmilChr03G003435 Chr03 NC_080389.1:52707742-52707755promoter 内 2217-2230 bp - 1771 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 52704753-52705971(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGGTTGACTGATGT
SmilChr02G004409 Chr02 NC_080388.1:66413812-66413825promoter 内 2164-2177 bp + 1824 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 66408238-66411988(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGAAAAGTCAAGGA
SmilChr01G000806 Chr01 NC_080387.1:17436595-17436608promoter 内 2162-2175 bp - 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 17431542-17434769(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTAACT
SmilChr01G000746 Chr01 NC_080387.1:16508178-16508191promoter 内 2136-2149 bp + 1852 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 16510043-16513220(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTAACT
SmilChr04G000869 Chr04 NC_080390.1:11195553-11195566promoter 内 2123-2136 bp - 1865 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10980515-11193688(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACATTGACTTTTAA
SmilChr01G002595 Chr01 NC_080387.1:44131860-44131873promoter 内 2079-2092 bp - 1909 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44133782-44137281(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGTTAAGTCAACTA
SmilChr03G002445 Chr03 NC_080389.1:38840163-38840176promoter 内 2073-2086 bp - 1915 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 38842091-38842719(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGTTAAGTCAAAGA
SmilChr01G002757 Chr01 NC_080387.1:45911965-45911978promoter 内 2072-2085 bp - 1916 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 45909943-45910049(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTATAAA
SmilChr01G003433 Chr01 NC_080387.1:52959675-52959688promoter 内 2054-2067 bp - 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 52954056-52957741(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTTGAGT
SmilChr02G004826 Chr02 NC_080388.1:70381017-70381030promoter 内 2013-2026 bp + 1975 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 70369528-70379042(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCAAAAGTCAAAAG
SmilChr03G003027 Chr03 NC_080389.1:47194240-47194253promoter 内 1977-1990 bp + 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 47196264-47197202(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGGTTGACTCATCC
SmilChr04G001420 Chr04 NC_080390.1:23070907-23070920promoter 内 1969-1982 bp - 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 23072939-23074810(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGCGAAGTCAACTA
SmilChr04G001296 Chr04 NC_080390.1:20621186-20621199promoter 内 1944-1957 bp - 2044 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20623243-20625177(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GATAGAGTCAACTG