转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 107 / 142 下载 TSV

上一页 107 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G000948 Chr08 NC_080394.1:7059052-7059066promoter 内 286-300 bp - 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7062767-7064601(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAAATGGTAGGTAGC
SmilChr01G005464 Chr01 NC_080387.1:71638207-71638221promoter 内 248-262 bp - 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 71641960-71651010(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTTGGGTAGGTGTA
SmilChr03G004249 Chr03 NC_080389.1:60967724-60967738promoter 内 208-222 bp - 3779 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 60971517-60975668(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGGCAGGTAGGTAAT
SmilChr03G000878 Chr03 NC_080389.1:9968984-9968998promoter 内 71-85 bp + 3916 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 9972914-9973365(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTACCTACCGTAAA
SmilChr05G001049 Chr05 NC_080391.1:8694954-8694968promoter 内 1917-1931 bp - 2070 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 3 8691529-8692884(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATACCTACCCCCAA
SmilChr02G002088 Chr02 NC_080388.1:37477564-37477578promoter 内 3569-3583 bp - 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 37477996-37482236(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGGGGTAGGTATT
SmilChr03G001557 Chr03 NC_080389.1:19643712-19643726promoter 内 3327-3341 bp + 660 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 19640688-19643052(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTAGTAGTAGGTGGC
SmilChr07G004508 Chr07 NC_080393.1:57746076-57746090promoter 内 2996-3010 bp - 991 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 57743332-57745085(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATACCTACCCCCAA
SmilChr03G002356 Chr03 NC_080389.1:37195965-37195979promoter 内 2654-2668 bp - 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 37181113-37194632(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATACCTACCCCCAA
SmilChr03G002359 Chr03 NC_080389.1:37195965-37195979promoter 内 2434-2448 bp - 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 37197532-37199867(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGGGGTAGGTATT
SmilChr05G001715 Chr05 NC_080391.1:16421262-16421276promoter 内 1904-1918 bp + 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 16423359-16426134(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTAACGACGG
SmilChr04G000767 Chr04 NC_080390.1:9385100-9385114promoter 内 1760-1774 bp - 2227 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 9387341-9389181(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGCGGTTGAG
SmilChr05G000653 Chr05 NC_080391.1:4925590-4925604promoter 内 1505-1519 bp - 2482 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 4928086-4928156(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGAAAGTAGGTGGC
SmilChr04G002975 Chr04 NC_080390.1:46136632-46136646promoter 内 1097-1111 bp + 2890 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 46139536-46144539(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTGGATG
SmilChr06G002699 Chr06 NC_080392.1:38946976-38946990promoter 内 3983-3997 bp + 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 38946994-38947416(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCACCTACCATGGA
SmilChr02G003135 Chr02 NC_080388.1:52369155-52369169promoter 内 3943-3957 bp + 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 52368541-52369111(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGGTGGTTAGGTGGT
SmilChr04G002265 Chr04 NC_080390.1:36636883-36636897promoter 内 3909-3923 bp + 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 36636975-36642906(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATACCTACCGCAAT
SmilChr06G002806 Chr06 NC_080392.1:40756173-40756187promoter 内 3898-3912 bp + 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 40756276-40760131(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACTTACTC
SmilChr06G003167 Chr06 NC_080392.1:44620253-44620267promoter 内 3891-3905 bp - 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 44618699-44620157(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTACCTACCCATCT
SmilChr04G003640 Chr04 NC_080390.1:52878348-52878362promoter 内 3878-3892 bp - 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 52876039-52878239(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACTGCGCT
SmilChr03G001878 Chr03 NC_080389.1:26068226-26068240promoter 内 3844-3858 bp + 143 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 26068383-26069999(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTTTTCC
SmilChr07G000506 Chr07 NC_080393.1:3549499-3549513promoter 内 3840-3854 bp - 147 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 3547398-3549352(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTTTTAC
SmilChr01G002754 Chr01 NC_080387.1:45859283-45859297promoter 内 3760-3774 bp + 227 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 45857557-45859056(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACTTCGGTAGGTGTT
SmilChr02G004001 Chr02 NC_080388.1:62347582-62347596promoter 内 3753-3767 bp + 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 62347830-62348439(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTACCTACCAAACA
SmilChr02G004395 Chr02 NC_080388.1:66300745-66300759promoter 内 3741-3755 bp - 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 66298952-66300499(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTTTTAC
SmilChr05G000067 Chr05 NC_080391.1:328340-328354promoter 内 3717-3731 bp + 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 326910-328070(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGA
SmilChr02G005555 Chr02 NC_080388.1:75514577-75514591promoter 内 3634-3648 bp + 353 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 75510048-75514224(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATAGTGGTAGTTAAA
SmilChr04G001028 Chr04 NC_080390.1:14432457-14432471promoter 内 3603-3617 bp + 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 14432855-14433892(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCAGCCACCAC
SmilChr02G000175 Chr02 NC_080388.1:2224587-2224601promoter 内 3559-3573 bp + 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 2225029-2226402(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTAACAACCACCAA
SmilChr05G003674 Chr05 NC_080391.1:49721299-49721313promoter 内 3511-3525 bp + 476 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 49721789-49721927(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTACCTACCTCTCT
SmilChr07G004034 Chr07 NC_080393.1:51516221-51516235promoter 内 3483-3497 bp + 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 51512828-51515717(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTATCGGTAGGTGAT
SmilChr04G002264 Chr04 NC_080390.1:36636883-36636897promoter 内 3440-3454 bp + 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 36635298-36636336(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATTGCGGTAGGTATT
SmilChr03G001409 Chr03 NC_080389.1:16721517-16721531promoter 内 3369-3383 bp - 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 16722149-16723906(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGA
SmilChr03G001194 Chr03 NC_080389.1:13752471-13752485promoter 内 3303-3317 bp + 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 13753169-13757650(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTAACTACCACCAA
SmilChr01G005306 Chr01 NC_080387.1:70324078-70324092promoter 内 3296-3310 bp - 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 70324783-70325698(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGCCTAGTAGGTGGA
SmilChr02G004641 Chr02 NC_080388.1:68859974-68859988promoter 内 3295-3309 bp + 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 68860680-68866969(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACTTTTAC
SmilChr02G004624 Chr02 NC_080388.1:68741147-68741161promoter 内 3261-3275 bp - 726 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 68741887-68742788(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGA
SmilChr06G003116 Chr06 NC_080392.1:44007091-44007105promoter 内 3260-3274 bp + 727 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 44007832-44009843(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCTATAT
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SmilChr08G004419 Chr08 NC_080394.1:53880921-53880935promoter 内 3138-3152 bp - 849 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 53881784-53890562(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCACAGGTAGGTAAG
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SmilChr02G004396 Chr02 NC_080388.1:66300745-66300759promoter 内 2939-2953 bp - 1048 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 66301807-66304825(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTAAAAGTAGGTGGA
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SmilChr02G003905 Chr02 NC_080388.1:61127592-61127606promoter 内 2893-2907 bp - 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 61122350-61126498(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TGTACCTACCGATGA