转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021741-RA_Salv SmilChr01G004920 MYB_related XP_057788125.1 MP00607 TTTAGGTTG

可能结合的靶基因

9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 109 / 128 下载 TSV

上一页 109 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001176 Chr01 NC_080387.1:23811743-23811751promoter 内 287-295 bp - 3706 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 23815457-23819500(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATC
SmilChr02G002331 Chr02 NC_080388.1:41004392-41004400promoter 内 271-279 bp - 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 41008122-41013262(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATC
SmilChr01G005451 Chr01 NC_080387.1:71573027-71573035promoter 内 198-206 bp - 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 71563624-71569232(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GATAGGTTG
SmilChr02G002943 Chr02 NC_080388.1:49928266-49928274promoter 内 121-129 bp - 3872 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 49932146-49933072(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATC
SmilChr02G004354 Chr02 NC_080388.1:65828406-65828414promoter 内 72-80 bp + 3921 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 65821840-65824485(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATC
SmilChr03G000151 Chr03 NC_080389.1:1631586-1631594promoter 内 39-47 bp + 3954 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 1635548-1637076(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GATAGGTTG
SmilChr01G001804 Chr01 NC_080387.1:32970017-32970025promoter 内 3183-3191 bp + 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 32967597-32969207(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATA
SmilChr01G006030 Chr01 NC_080387.1:75847034-75847042promoter 内 2684-2692 bp - 1309 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 75845074-75845725(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TATAGGTTG
SmilChr01G004659 Chr01 NC_080387.1:64680400-64680408promoter 内 2363-2371 bp - 1630 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 3 64676701-64678770(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TATAGGTTG
SmilChr01G004754 Chr01 NC_080387.1:65743727-65743735promoter 内 3891-3899 bp - 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 65743837-65744217(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATA
SmilChr02G001784 Chr02 NC_080388.1:32611840-32611848promoter 内 3502-3510 bp - 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 32612339-32619547(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATA
SmilChr01G004507 Chr01 NC_080387.1:63167965-63167973promoter 内 3359-3367 bp - 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 63168607-63170690(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATA
SmilChr01G001329 Chr01 NC_080387.1:26463403-26463411promoter 内 3318-3326 bp - 675 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 26464086-26473494(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATA
SmilChr02G003678 Chr02 NC_080388.1:58157843-58157851promoter 内 3072-3080 bp - 921 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 58147251-58156922(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TATAGGTTG
SmilChr02G000644 Chr02 NC_080388.1:9726006-9726014promoter 内 3055-3063 bp - 938 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 9724364-9725068(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TATAGGTTG
SmilChr02G002483 Chr02 NC_080388.1:43215569-43215577promoter 内 2727-2735 bp + 1266 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 43216843-43218769(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TATAGGTTG
SmilChr02G002764 Chr02 NC_080388.1:47702014-47702022promoter 内 2531-2539 bp - 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 47698071-47700552(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TATAGGTTG
SmilChr01G004505 Chr01 NC_080387.1:63167965-63167973promoter 内 2421-2429 bp - 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 63164368-63166393(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TATAGGTTG
SmilChr01G003606 Chr01 NC_080387.1:54594902-54594910promoter 内 2158-2166 bp + 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 54590250-54593067(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATA
SmilChr02G004365 Chr02 NC_080388.1:65944063-65944071promoter 内 2156-2164 bp + 1837 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 65945908-65947705(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TATAGGTTG
SmilChr01G002109 Chr01 NC_080387.1:37153444-37153452promoter 内 1983-1991 bp - 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 37148586-37151434(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TATAGGTTG
SmilChr02G000207 Chr02 NC_080388.1:2731422-2731430promoter 内 1877-1885 bp + 2116 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 2733546-2736218(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TATAGGTTG
SmilChr02G003571 Chr02 NC_080388.1:56871273-56871281promoter 内 1690-1698 bp - 2303 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 56873584-56873690(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATA
SmilChr02G003288 Chr02 NC_080388.1:54165124-54165132promoter 内 1606-1614 bp - 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 54154374-54162737(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TATAGGTTG
SmilChr02G004428 Chr02 NC_080388.1:66633727-66633735promoter 内 1278-1286 bp + 2715 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 66636450-66640662(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TATAGGTTG
SmilChr01G003386 Chr01 NC_080387.1:52543013-52543021promoter 内 1254-1262 bp - 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 52539216-52540274(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TATAGGTTG
SmilChr01G004622 Chr01 NC_080387.1:64244117-64244125promoter 内 1131-1139 bp - 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 64246987-64247791(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATA
SmilChr02G003877 Chr02 NC_080388.1:60845840-60845848promoter 内 1055-1063 bp + 2938 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 60841804-60842902(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATA
SmilChr01G005814 Chr01 NC_080387.1:74135649-74135657promoter 内 432-440 bp - 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 74139218-74141307(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATA
SmilChr01G004068 Chr01 NC_080387.1:59103479-59103487promoter 内 357-365 bp + 3636 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 2 59107123-59109816(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TATAGGTTG
SmilChr02G003287 Chr02 NC_080388.1:54153574-54153582promoter 内 3989-3997 bp + 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 54152305-54153570(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATA
SmilChr01G001525 Chr01 NC_080387.1:29211870-29211878promoter 内 3982-3990 bp + 11 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 29209008-29211859(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATA
SmilChr01G001552 Chr01 NC_080387.1:29510545-29510553promoter 内 3950-3958 bp + 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 29507698-29510502(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATA
SmilChr01G003074 Chr01 NC_080387.1:49579708-49579716promoter 内 3869-3877 bp + 124 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 49579840-49584264(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TATAGGTTG
SmilChr02G003172 Chr02 NC_080388.1:52824888-52824896promoter 内 3858-3866 bp - 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 52825031-52826664(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTATA
SmilChr02G002185 Chr02 NC_080388.1:39063242-39063250promoter 内 3842-3850 bp - 151 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.5/ 100 1 39059722-39063091(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TATAGGTTG
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