转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G002534; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003982-RA_Salv SmilChr02G002534 TCP XP_057797741.1 MP00169 GTTGGGACCACA

可能结合的靶基因

7295 个结合位点 6498 个候选靶基因 第 109 / 130 下载 TSV

上一页 109 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002336 Chr08 NC_080394.1:22006858-22006869promoter 内 3821-3832 bp + 169 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22007038-22012153(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CACCGGACCACC
SmilChr02G005491 Chr02 NC_080388.1:75075695-75075706promoter 内 3792-3803 bp + 198 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 75075904-75082376(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTATGGACCACA
SmilChr01G003315 Chr01 NC_080387.1:51877505-51877516promoter 内 3791-3802 bp - 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 51877715-51880313(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCTCGT
SmilChr03G001551 Chr03 NC_080389.1:19540315-19540326promoter 内 3788-3799 bp + 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 19540528-19540599(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTGAGGACCACT
SmilChr03G002206 Chr03 NC_080389.1:34768208-34768219promoter 内 3767-3778 bp - 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 34768442-34768560(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCATAC
SmilChr07G001417 Chr07 NC_080393.1:11021538-11021549promoter 内 3758-3769 bp - 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 11021781-11024859(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCTCTT
SmilChr06G000886 Chr06 NC_080392.1:8404125-8404136promoter 内 3724-3735 bp + 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8398840-8403859(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCGGTG
SmilChr07G001735 Chr07 NC_080393.1:14737436-14737447promoter 内 3696-3707 bp - 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 14737741-14750976(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCATAC
SmilChr04G000619 Chr04 NC_080390.1:7013835-7013846promoter 内 3691-3702 bp - 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7006882-7013536(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTATGGACCACA
SmilChr07G000930 Chr07 NC_080393.1:6633626-6633637promoter 内 3685-3696 bp - 305 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 6631624-6633321(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CAGCGGACCACA
SmilChr03G003779 Chr03 NC_080389.1:56927414-56927425promoter 内 3660-3671 bp - 330 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56927755-56927828(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCTACG
SmilChr01G005469 Chr01 NC_080387.1:71678414-71678425promoter 内 3653-3664 bp - 337 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 71674685-71678077(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTATGGACCACA
SmilChr02G004017 Chr02 NC_080388.1:62466802-62466813promoter 内 3651-3662 bp + 339 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 62458265-62466463(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCGGTG
SmilChr07G002421 Chr07 NC_080393.1:22549985-22549996promoter 内 3640-3651 bp + 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22550346-22551014(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTTGGACCACA
SmilChr01G005470 Chr01 NC_080387.1:71689751-71689762promoter 内 3632-3643 bp - 358 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 71686096-71689393(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTATGGACCACA
SmilChr01G000392 Chr01 NC_080387.1:8062995-8063006promoter 内 3630-3641 bp - 360 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8063366-8067583(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TCTGGTCCCAAA
SmilChr01G000084 Chr01 NC_080387.1:1595608-1595619promoter 内 3629-3640 bp + 361 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 1589839-1595247(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TCTGGTCCCAAA
SmilChr02G003491 Chr02 NC_080388.1:56156465-56156476promoter 内 3602-3613 bp - 388 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56156864-56158660(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCAAAA
SmilChr03G000215 Chr03 NC_080389.1:2505781-2505792promoter 内 3593-3604 bp - 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 2506189-2515083(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCGGTG
SmilChr03G000342 Chr03 NC_080389.1:3880742-3880753promoter 内 3593-3604 bp + 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 3872530-3880345(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCGGTG
SmilChr08G001810 Chr08 NC_080394.1:15282477-15282488promoter 内 3583-3594 bp - 407 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 15281360-15282070(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CTCGGGACCAGA
SmilChr07G001296 Chr07 NC_080393.1:9955966-9955977promoter 内 3572-3583 bp + 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 9950842-9955548(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCAAAA
SmilChr02G003084 Chr02 NC_080388.1:51747377-51747388promoter 内 3546-3557 bp - 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 51747832-51748908(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GATGGTCCCTAC
SmilChr04G000409 Chr04 NC_080390.1:4279059-4279070promoter 内 3515-3526 bp + 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4279545-4284572(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTTGGACCACA
SmilChr01G003566 Chr01 NC_080387.1:54244214-54244225promoter 内 3500-3511 bp + 490 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54242166-54243724(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 CCTGGTCCCAGC
SmilChr01G002832 Chr01 NC_080387.1:46933078-46933089promoter 内 3496-3507 bp - 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 46933583-46934074(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TGTGGTCCATAC
SmilChr05G004389 Chr05 NC_080391.1:57338817-57338828promoter 内 3493-3504 bp + 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 57339325-57351606(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GTATGGACCACA
SmilChr04G003623 Chr04 NC_080390.1:52724465-52724476promoter 内 3460-3471 bp - 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 52725006-52726648(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCGATA
SmilChr05G003799 Chr05 NC_080391.1:51308180-51308191promoter 内 3457-3468 bp - 533 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 51305109-51307647(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCTGGGACCATT
SmilChr05G003807 Chr05 NC_080391.1:51373868-51373879promoter 内 3457-3468 bp - 533 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 51370797-51373335(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GCTGGGACCATT
SmilChr02G000846 Chr02 NC_080388.1:14370716-14370727promoter 内 3455-3466 bp + 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 14366159-14370181(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 AGTGGTCCTCAA
SmilChr07G003653 Chr07 NC_080393.1:43449028-43449039promoter 内 3451-3462 bp + 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 43449578-43450054(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTTGGACCACA
SmilChr02G001355 Chr02 NC_080388.1:25315596-25315607promoter 内 3450-3461 bp - 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 25306259-25315056(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTTGGACCACA
SmilChr01G001130 Chr01 NC_080387.1:22980001-22980012promoter 内 3449-3460 bp - 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22978984-22979460(-) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTTGGACCACA
SmilChr08G004632 Chr08 NC_080394.1:55841975-55841986promoter 内 3419-3430 bp + 571 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55842557-55843003(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 TTTTGGACCACA
SmilChr08G004296 Chr08 NC_080394.1:52647187-52647198promoter 内 3418-3429 bp - 572 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 52647770-52656320(+) SMil_00003982-RA_Salv MP00169 GGTGGTCCGGTG
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