转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002803; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020702-RA_Salv SmilChr07G002803 NAC XP_057777238.1 MP00221 ACACGTAACTT

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 7965 个候选靶基因 第 111 / 160 下载 TSV

上一页 111 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003858 Chr03 NC_080389.1:57672961-57672971promoter 内 3965-3975 bp - 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 57672997-57674764(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCGTTACGTCA
SmilChr01G004385 Chr01 NC_080387.1:62018967-62018977promoter 内 3941-3951 bp - 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 62019027-62019098(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CTATTACGTGC
SmilChr06G000088 Chr06 NC_080392.1:633317-633327promoter 内 3925-3935 bp - 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 633393-635237(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCGTTACGTCA
SmilChr03G000028 Chr03 NC_080389.1:372796-372806promoter 内 3917-3927 bp - 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 372880-373925(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATGTTACGTAC
SmilChr02G003718 Chr02 NC_080388.1:58803362-58803372promoter 内 3912-3922 bp + 79 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 58803451-58803524(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATCAA
SmilChr02G003242 Chr02 NC_080388.1:53699600-53699610promoter 内 3899-3909 bp - 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 53699702-53702986(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATGTTACGTAC
SmilChr05G001688 Chr05 NC_080391.1:16020936-16020946promoter 内 3861-3871 bp + 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 16019380-16020806(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTGATACGTGT
SmilChr01G002163 Chr01 NC_080387.1:37672597-37672607promoter 内 3838-3848 bp + 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 37672760-37675854(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAATAT
SmilChr02G000041 Chr02 NC_080388.1:541289-541299promoter 内 3820-3830 bp + 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 540417-541118(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATGTTACGTAC
SmilChr05G004349 Chr05 NC_080391.1:57107661-57107671promoter 内 3799-3809 bp + 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 57103791-57107469(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATATTACGTGA
SmilChr04G000895 Chr04 NC_080390.1:11510218-11510228promoter 内 3755-3765 bp + 236 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 11509075-11509982(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATATTACGTGA
SmilChr01G005150 Chr01 NC_080387.1:69272906-69272916promoter 内 3701-3711 bp + 290 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 69266267-69272616(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATATTACGTGA
SmilChr02G005364 Chr02 NC_080388.1:74350909-74350919promoter 内 3660-3670 bp - 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 74348519-74350578(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAATAT
SmilChr05G001672 Chr05 NC_080391.1:15853744-15853754promoter 内 3615-3625 bp + 376 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 15854130-15855545(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAATAT
SmilChr05G002249 Chr05 NC_080391.1:24165931-24165941promoter 内 3607-3617 bp - 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 24166325-24170221(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTGATACGTGT
SmilChr04G003984 Chr04 NC_080390.1:55281115-55281125promoter 内 3494-3504 bp - 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 55281622-55283747(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATATTACGTGA
SmilChr05G000930 Chr05 NC_080391.1:7455724-7455734promoter 内 3479-3489 bp - 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 7452640-7455212(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAATAT
SmilChr02G000026 Chr02 NC_080388.1:285447-285457promoter 内 3447-3457 bp + 544 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 286001-288799(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GTACGTAACAT
SmilChr03G004734 Chr03 NC_080389.1:64488045-64488055promoter 内 3414-3424 bp - 577 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 64485194-64487468(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAATAT
SmilChr05G002297 Chr05 NC_080391.1:24792878-24792888promoter 内 3408-3418 bp - 583 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 24791292-24792295(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAATAT
SmilChr02G004072 Chr02 NC_080388.1:63007773-63007783promoter 内 3389-3399 bp + 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 63005876-63007171(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTGATACGTGT
SmilChr01G000913 Chr01 NC_080387.1:19345297-19345307promoter 内 3338-3348 bp + 653 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 19345960-19346615(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAATGC
SmilChr02G004266 Chr02 NC_080388.1:64872974-64872984promoter 内 3338-3348 bp - 653 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 64873637-64876958(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTGATACGTGT
SmilChr02G000322 Chr02 NC_080388.1:4043435-4043445promoter 内 3317-3327 bp + 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 4044119-4047447(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAATAG
SmilChr01G001983 Chr01 NC_080387.1:35217519-35217529promoter 内 3299-3309 bp + 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 35218221-35220823(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATCAA
SmilChr01G004524 Chr01 NC_080387.1:63441637-63441647promoter 内 3282-3292 bp - 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 63439237-63440928(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GTACGTAACAT
SmilChr04G000289 Chr04 NC_080390.1:2689505-2689515promoter 内 3259-3269 bp - 732 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 2690247-2693195(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTGATACGTGT
SmilChr03G002670 Chr03 NC_080389.1:42396974-42396984promoter 内 3246-3256 bp + 745 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 42397729-42404320(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATCAA
SmilChr03G002684 Chr03 NC_080389.1:42634437-42634447promoter 内 3235-3245 bp + 756 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 42635203-42639344(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATCAA
SmilChr01G001928 Chr01 NC_080387.1:34452157-34452167promoter 内 3184-3194 bp - 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 34449221-34451350(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAATGC
SmilChr04G001926 Chr04 NC_080390.1:31360893-31360903promoter 内 3164-3174 bp + 827 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 31361730-31367584(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATCAA
SmilChr02G002520 Chr02 NC_080388.1:43779664-43779674promoter 内 3148-3158 bp + 843 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 43776311-43778821(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCGTTACGTCA
SmilChr01G003306 Chr01 NC_080387.1:51744093-51744103promoter 内 3132-3142 bp + 859 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 51744962-51753039(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GCACGTAATAG
SmilChr06G000219 Chr06 NC_080392.1:1468007-1468017promoter 内 3077-3087 bp - 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 1464235-1467093(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATCAA
SmilChr02G001745 Chr02 NC_080388.1:32037487-32037497promoter 内 2853-2863 bp - 1138 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 32038635-32039596(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATATTACGTGA
SmilChr01G005329 Chr01 NC_080387.1:70498817-70498827promoter 内 2846-2856 bp - 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 70493962-70497672(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATCAA
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