转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005851; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011948-RA_Salv SmilChr01G005851 MYB XP_057789306.1 MP00055 CAGATAAGGT

可能结合的靶基因

9685 个结合位点 6638 个候选靶基因 第 112 / 133 下载 TSV

上一页 112 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005174 Chr01 NC_080387.1:69489337-69489346promoter 内 682-691 bp - 3310 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 69482550-69486027(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGTT
SmilChr02G002643 Chr02 NC_080388.1:45828839-45828848promoter 内 672-681 bp - 3320 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 45832168-45832240(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTA
SmilChr01G000360 Chr01 NC_080387.1:7429103-7429112promoter 内 671-680 bp + 3321 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 7425677-7425782(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTA
SmilChr01G005692 Chr01 NC_080387.1:73201823-73201832promoter 内 644-653 bp + 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 73197240-73198475(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCATTATCTG
SmilChr02G002096 Chr02 NC_080388.1:37610220-37610229promoter 内 641-650 bp + 3351 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 37613580-37615449(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAATGA
SmilChr02G005600 Chr02 NC_080388.1:75719757-75719766promoter 内 621-630 bp + 3371 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 75714527-75716386(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTA
SmilChr01G002372 Chr01 NC_080387.1:40942552-40942561promoter 内 618-627 bp + 3374 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 40945935-40950772(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr02G001730 Chr02 NC_080388.1:31792317-31792326promoter 内 617-626 bp + 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 31788837-31788942(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTA
SmilChr01G002545 Chr01 NC_080387.1:43543400-43543409promoter 内 602-611 bp + 3390 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 43537481-43540010(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTA
SmilChr01G002763 Chr01 NC_080387.1:46029467-46029476promoter 内 581-590 bp - 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 46032887-46037175(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTA
SmilChr01G002929 Chr01 NC_080387.1:48067553-48067562promoter 内 581-590 bp - 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48061372-48064142(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGTT
SmilChr01G003930 Chr01 NC_080387.1:57584763-57584772promoter 内 580-589 bp - 3412 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 57588184-57590043(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTA
SmilChr01G002300 Chr01 NC_080387.1:39833806-39833815promoter 内 560-569 bp - 3432 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 39823665-39830374(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGTT
SmilChr01G001994 Chr01 NC_080387.1:35344827-35344836promoter 内 557-566 bp + 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 35339808-35341392(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTA
SmilChr01G005328 Chr01 NC_080387.1:70492470-70492479promoter 内 543-552 bp + 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 70487781-70489021(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTA
SmilChr02G005310 Chr02 NC_080388.1:73995263-73995272promoter 内 536-545 bp + 3456 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 73998728-74000883(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAATGA
SmilChr03G000493 Chr03 NC_080389.1:5277098-5277107promoter 内 522-531 bp - 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 5272609-5273628(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr02G005021 Chr02 NC_080388.1:71976106-71976115promoter 内 521-530 bp + 3471 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 71968667-71972635(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTA
SmilChr02G000008 Chr02 NC_080388.1:68561-68570promoter 内 512-521 bp + 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 63884-65081(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTA
SmilChr01G002041 Chr01 NC_080387.1:36089620-36089629promoter 内 488-497 bp - 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 36082558-36086116(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGTT
SmilChr01G003036 Chr01 NC_080387.1:49370672-49370681promoter 内 484-493 bp + 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 49374189-49376325(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGTT
SmilChr02G001170 Chr02 NC_080388.1:21512273-21512282promoter 内 478-487 bp + 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 21515796-21518855(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr02G004003 Chr02 NC_080388.1:62371446-62371455promoter 内 476-485 bp - 3516 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 62357810-62367930(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAATGA
SmilChr02G004300 Chr02 NC_080388.1:65379273-65379282promoter 内 451-460 bp - 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 65373806-65375732(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr01G003954 Chr01 NC_080387.1:57917464-57917473promoter 内 440-449 bp - 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 57921025-57976435(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCATTATCTG
SmilChr02G000922 Chr02 NC_080388.1:16024193-16024202promoter 内 429-438 bp - 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 16012908-16020630(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr01G004057 Chr01 NC_080387.1:59005837-59005846promoter 内 422-431 bp + 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 59009416-59013737(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr01G000182 Chr01 NC_080387.1:3130219-3130228promoter 内 406-415 bp + 3586 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3133814-3136631(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGTT
SmilChr02G001539 Chr02 NC_080388.1:28665296-28665305promoter 内 405-414 bp - 3587 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 28659110-28661709(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGTT
SmilChr02G005078 Chr02 NC_080388.1:72416237-72416246promoter 内 383-392 bp - 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 72406534-72412628(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAATGA
SmilChr02G004767 Chr02 NC_080388.1:69844150-69844159promoter 内 372-381 bp - 3620 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 69847779-69848270(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTA
SmilChr03G000271 Chr03 NC_080389.1:3114472-3114481promoter 内 370-379 bp + 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3109609-3110850(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTA
SmilChr01G000530 Chr01 NC_080387.1:10841356-10841365promoter 内 350-359 bp - 3642 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 10834673-10837714(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr01G003735 Chr01 NC_080387.1:55655379-55655388promoter 内 345-354 bp - 3647 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 55648787-55651732(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGTT
SmilChr01G006197 Chr01 NC_080387.1:77651754-77651763promoter 内 343-352 bp - 3649 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 77645546-77648105(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGTT
SmilChr01G004953 Chr01 NC_080387.1:67602894-67602903promoter 内 339-348 bp + 3653 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 67606556-67615522(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAATGA
SmilChr02G003238 Chr02 NC_080388.1:53648312-53648321promoter 内 325-334 bp - 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 53651988-53659844(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTA
SmilChr01G002995 Chr01 NC_080387.1:48910981-48910990promoter 内 287-296 bp + 3705 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48904622-48907276(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTA
SmilChr01G004405 Chr01 NC_080387.1:62157936-62157945promoter 内 254-263 bp - 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 62149137-62154198(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr02G002635 Chr02 NC_080388.1:45726757-45726766promoter 内 243-252 bp - 3749 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 45721229-45723008(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr02G004863 Chr02 NC_080388.1:70753561-70753570promoter 内 241-250 bp - 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 70757321-70760043(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTA
SmilChr01G003803 Chr01 NC_080387.1:56421981-56421990promoter 内 226-235 bp + 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 56415007-56418215(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTA
SmilChr01G005327 Chr01 NC_080387.1:70476489-70476498promoter 内 224-233 bp + 3768 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 70480266-70483251(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr01G003292 Chr01 NC_080387.1:51606819-51606828promoter 内 209-218 bp - 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 51610611-51610717(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCATTATCTG
SmilChr01G001042 Chr01 NC_080387.1:21653177-21653186promoter 内 180-189 bp + 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 21649024-21649365(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AACTTATCTA
SmilChr03G000763 Chr03 NC_080389.1:8727457-8727466promoter 内 150-159 bp - 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 8722362-8723615(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr03G000180 Chr03 NC_080389.1:1937080-1937089promoter 内 130-139 bp - 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1928414-1933218(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr01G000841 Chr01 NC_080387.1:18275599-18275608promoter 内 103-112 bp - 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 18267989-18271710(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGAT
SmilChr01G004189 Chr01 NC_080387.1:60339326-60339335promoter 内 103-112 bp - 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 60343224-60344979(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ATCTTATCTA
SmilChr01G003982 Chr01 NC_080387.1:58278037-58278046promoter 内 77-86 bp - 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 58273167-58274122(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TAGATAAGTT