转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000157; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006890-RA_Salv SmilChr04G000157 bHLH XP_057807462.1 MP00081 AGCCACGTGA

可能结合的靶基因

9942 个结合位点 6729 个候选靶基因 第 112 / 135 下载 TSV

上一页 112 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002315 Chr02 NC_080388.1:40773674-40773683promoter 内 3529-3538 bp + 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 40774146-40776510(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTACACGTGA
SmilChr03G004167 Chr03 NC_080389.1:60431519-60431528promoter 内 3511-3520 bp + 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 60429488-60431038(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTAC
SmilChr02G003998 Chr02 NC_080388.1:62310201-62310210promoter 内 3245-3254 bp + 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 62303822-62309454(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTAC
SmilChr03G002544 Chr03 NC_080389.1:40619757-40619766promoter 内 3163-3172 bp + 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 40620595-40622823(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTACACGTGA
SmilChr04G003865 Chr04 NC_080390.1:54571638-54571647promoter 内 2828-2837 bp + 1164 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 54565330-54570474(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTAC
SmilChr05G002710 Chr05 NC_080391.1:31212552-31212561promoter 内 2810-2819 bp + 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 31210663-31211370(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTAC
SmilChr01G003726 Chr01 NC_080387.1:55577980-55577989promoter 内 2737-2746 bp + 1255 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 55575070-55576725(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTAC
SmilChr05G000753 Chr05 NC_080391.1:5825041-5825050promoter 内 2574-2583 bp + 1418 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 5826468-5830080(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTACACGTGA
SmilChr01G003564 Chr01 NC_080387.1:54230879-54230888promoter 内 2560-2569 bp - 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 54232320-54235647(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTAC
SmilChr05G001170 Chr05 NC_080391.1:9802700-9802709promoter 内 2502-2511 bp + 1490 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 9804199-9805931(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTACACGTGA
SmilChr03G002200 Chr03 NC_080389.1:34599121-34599130promoter 内 2347-2356 bp + 1645 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 34600775-34607949(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTACACGTGA
SmilChr02G002719 Chr02 NC_080388.1:47026458-47026467promoter 内 2229-2238 bp - 1763 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 47028230-47030533(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTAC
SmilChr02G001327 Chr02 NC_080388.1:24743712-24743721promoter 内 2140-2149 bp + 1852 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 24738717-24741860(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTAC
SmilChr04G001368 Chr04 NC_080390.1:22205040-22205049promoter 内 2140-2149 bp + 1852 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 22206901-22214303(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTACACGTGA
SmilChr03G004241 Chr03 NC_080389.1:60926971-60926980promoter 内 2115-2124 bp - 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 60928857-60931634(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTAC
SmilChr01G000004 Chr01 NC_080387.1:135500-135509promoter 内 2020-2029 bp - 1972 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 137481-141573(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTAC
SmilChr01G006002 Chr01 NC_080387.1:75601813-75601822promoter 内 1743-1752 bp + 2249 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 75596295-75599564(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTAC
SmilChr01G001379 Chr01 NC_080387.1:27190558-27190567promoter 内 1494-1503 bp + 2498 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 27187377-27188060(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTAC
SmilChr03G002643 Chr03 NC_080389.1:42037424-42037433promoter 内 1493-1502 bp + 2499 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 42029806-42034925(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTAC
SmilChr03G002839 Chr03 NC_080389.1:44950509-44950518promoter 内 1388-1397 bp - 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 44946068-44947905(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTACACGTGA
SmilChr01G004080 Chr01 NC_080387.1:59215118-59215127promoter 内 1319-1328 bp + 2673 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 59217800-59219762(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTACACGTGA
SmilChr01G001606 Chr01 NC_080387.1:30220089-30220098promoter 内 1311-1320 bp - 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 30216246-30217408(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTACACGTGA
SmilChr04G000414 Chr04 NC_080390.1:4343046-4343055promoter 内 1050-1059 bp + 2942 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4339745-4340104(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTAC
SmilChr03G002545 Chr03 NC_080389.1:40619757-40619766promoter 内 928-937 bp + 3064 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 40622830-40623603(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTACACGTGA
SmilChr01G002147 Chr01 NC_080387.1:37465886-37465895promoter 内 787-796 bp - 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 37456800-37462681(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTACACGTGA
SmilChr01G001785 Chr01 NC_080387.1:32728756-32728765promoter 内 771-780 bp - 3221 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 32731986-32737720(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTAC
SmilChr02G004969 Chr02 NC_080388.1:71597098-71597107promoter 内 714-723 bp - 3278 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 71591669-71593820(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTACACGTGA
SmilChr01G000858 Chr01 NC_080387.1:18481270-18481279promoter 内 627-636 bp - 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 18484644-18491875(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTAC
SmilChr03G001820 Chr03 NC_080389.1:24845047-24845056promoter 内 622-631 bp - 3370 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 24848426-24858099(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTAC
SmilChr05G000272 Chr05 NC_080391.1:2094902-2094911promoter 内 524-533 bp + 3468 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2098379-2109259(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTACACGTGA
SmilChr01G002479 Chr01 NC_080387.1:42533370-42533379promoter 内 479-488 bp - 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 42529408-42529857(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GTACACGTGA
SmilChr04G000143 Chr04 NC_080390.1:1235578-1235587promoter 内 436-445 bp - 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1239143-1242531(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGTAC
SmilChr04G003250 Chr04 NC_080390.1:49245968-49245977promoter 内 3737-3746 bp - 255 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 49246232-49247104(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGTG
SmilChr02G003830 Chr02 NC_080388.1:59951356-59951365promoter 内 3618-3627 bp - 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 59951739-59952492(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGTG
SmilChr04G002080 Chr04 NC_080390.1:33567481-33567490promoter 内 3618-3627 bp - 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 33567864-33568617(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGTG
SmilChr05G002720 Chr05 NC_080391.1:31307108-31307117promoter 内 3618-3627 bp - 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 31307491-31308244(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGTG
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SmilChr03G004458 Chr03 NC_080389.1:62681693-62681702promoter 内 2728-2737 bp + 1264 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 62675581-62680429(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGTG