转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001961; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001298-RA_Salv SmilChr05G001961 MIKC_MADS XP_057766054.1 MP00077 TTCCAAAAATGGAAA

可能结合的靶基因

9815 个结合位点 6125 个候选靶基因 第 113 / 123 下载 TSV

上一页 113 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003589 Chr01 NC_080387.1:54431002-54431016promoter 内 660-674 bp + 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54434343-54437470(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AGCCAAAAAAAAAAA
SmilChr02G003454 Chr02 NC_080388.1:55821451-55821465promoter 内 656-670 bp + 3331 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55824796-55826600(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AACCAAAAATCGAAG
SmilChr01G002022 Chr01 NC_080387.1:35777026-35777040promoter 内 497-511 bp + 3490 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 35780530-35792602(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GCACAAAAATGGCAC
SmilChr02G000107 Chr02 NC_080388.1:1376019-1376033promoter 内 481-495 bp - 3506 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1369393-1372513(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AGCCAAAAAAAAAAA
SmilChr01G001735 Chr01 NC_080387.1:31949333-31949347promoter 内 473-487 bp - 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 31952861-31954060(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTGCTATTTTTGAAA
SmilChr01G004564 Chr01 NC_080387.1:63723482-63723496promoter 内 462-476 bp + 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 63717788-63719957(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTCCTTTTTGGGC
SmilChr02G003046 Chr02 NC_080388.1:51247172-51247186promoter 内 453-467 bp - 3534 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 51250720-51252868(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CCACTTCTTTTGGAA
SmilChr01G005892 Chr01 NC_080387.1:74851961-74851975promoter 内 412-426 bp - 3575 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74855550-74858226(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTTTTTTTTGGCT
SmilChr02G005363 Chr02 NC_080388.1:74348544-74348558promoter 内 379-393 bp + 3608 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74341412-74344936(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CCGCCATTTTGAGAA
SmilChr01G004936 Chr01 NC_080387.1:67464510-67464524promoter 内 347-361 bp - 3640 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 67459992-67460870(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AGCCAAAAAGGGGAT
SmilChr01G003450 Chr01 NC_080387.1:53067664-53067678promoter 内 326-340 bp - 3661 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 53056738-53064003(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ATCCAAAAAAGAATA
SmilChr01G005209 Chr01 NC_080387.1:69728317-69728331promoter 内 316-330 bp + 3671 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 69732002-69732558(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GCCCAAAAAGGAAAA
SmilChr02G001389 Chr02 NC_080388.1:26366022-26366036promoter 内 252-266 bp - 3735 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 26369771-26370732(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TCACCATTTTTGTTG
SmilChr01G005207 Chr01 NC_080387.1:69728317-69728331promoter 内 195-209 bp + 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 69723859-69724525(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTCCTTTTTGGGC
SmilChr02G000718 Chr02 NC_080388.1:11529684-11529698promoter 内 179-193 bp - 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 11533506-11537729(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTTATATTTGGAA
SmilChr01G002358 Chr01 NC_080387.1:40753316-40753330promoter 内 124-138 bp - 3863 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 40757193-40758131(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ACTCCATTTGTGGGA
SmilChr02G004463 Chr02 NC_080388.1:67053801-67053815promoter 内 3679-3693 bp + 308 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 67049021-67053493(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GCGCTATTTTTGGAT
SmilChr02G003535 Chr02 NC_080388.1:56497586-56497600promoter 内 3675-3689 bp + 312 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 56497912-56500423(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ATCCAAAAGTGAGAA
SmilChr02G004792 Chr02 NC_080388.1:70116761-70116775promoter 内 3496-3510 bp + 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 70114528-70116270(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CTTCGCTTTTTGGAA
SmilChr02G004317 Chr02 NC_080388.1:65499149-65499163promoter 内 3221-3235 bp + 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 65499929-65502746(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TACTAAAAATGGGTA
SmilChr02G001494 Chr02 NC_080388.1:27888631-27888645promoter 内 2652-2666 bp + 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 27886473-27887296(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AAACTTCTTTTGGAA
SmilChr02G005127 Chr02 NC_080388.1:72741786-72741800promoter 内 1898-1912 bp - 2089 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 72743889-72747425(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AAACTTCTTTTGGAA
SmilChr01G004190 Chr01 NC_080387.1:60361992-60362006promoter 内 1011-1025 bp - 2976 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 60364982-60367666(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AGACCATTTTTGGTC
SmilChr02G004347 Chr02 NC_080388.1:65747132-65747146promoter 内 1010-1024 bp + 2977 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 65742018-65744155(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATTTTCATTT
SmilChr01G000617 Chr01 NC_080387.1:13608266-13608280promoter 内 733-747 bp - 3254 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 13611534-13614649(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCCATGTTAGGCT
SmilChr02G004954 Chr02 NC_080388.1:71493856-71493870promoter 内 3891-3905 bp - 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 71491638-71493760(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GACCAAAAAAGGTTG
SmilChr03G001200 Chr03 NC_080389.1:13838734-13838748promoter 内 3887-3901 bp - 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 13838848-13840439(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTCTGTTTTGGAT
SmilChr01G000556 Chr01 NC_080387.1:11608438-11608452promoter 内 3880-3894 bp + 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 11608559-11615590(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 ATCCAAAAAAAGAGT
SmilChr03G000863 Chr03 NC_080389.1:9837276-9837290promoter 内 3802-3816 bp + 185 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 9837475-9839163(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AACCCTAAATGGATT
SmilChr01G002688 Chr01 NC_080387.1:45107130-45107144promoter 内 3773-3787 bp + 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 45104700-45106916(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CTTTCATTTTTGGGT
SmilChr02G002694 Chr02 NC_080388.1:46673361-46673375promoter 内 3769-3783 bp + 218 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 46673593-46680047(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCCAAAAATGAAAT
SmilChr01G004088 Chr01 NC_080387.1:59287444-59287458promoter 内 3730-3744 bp + 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 59287715-59289915(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TACTCAAAATGGATT
SmilChr01G004996 Chr01 NC_080387.1:68012218-68012232promoter 内 3685-3699 bp + 302 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 68011492-68011916(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TACCCATTTTTAGTA
SmilChr01G002246 Chr01 NC_080387.1:39063755-39063769promoter 内 3676-3690 bp + 311 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 39064080-39065250(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AACTGGAAATGGAAA
SmilChr01G002247 Chr01 NC_080387.1:39077141-39077155promoter 内 3676-3690 bp + 311 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 39077466-39078636(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AACTGGAAATGGAAA
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