转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G001978; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00026506-RA_Salv SmilChr07G001978 SBP XP_057776996.1 MP00555 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9805 个结合位点 7648 个候选靶基因 第 113 / 153 下载 TSV

上一页 113 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004617 Chr03 NC_080389.1:63873612-63873622promoter 内 2899-2909 bp + 1092 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 63874714-63876863(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTCC
SmilChr05G003374 Chr05 NC_080391.1:44646656-44646666promoter 内 2871-2881 bp + 1120 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 44647786-44650892(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTCC
SmilChr05G000786 Chr05 NC_080391.1:6142248-6142258promoter 内 2859-2869 bp - 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 6140027-6141116(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTCC
SmilChr01G006027 Chr01 NC_080387.1:75833615-75833625promoter 内 2758-2768 bp + 1233 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 75834858-75837255(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTCC
SmilChr02G001756 Chr02 NC_080388.1:32308553-32308563promoter 内 2716-2726 bp + 1275 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 32306425-32307278(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GGACGTACAAA
SmilChr04G002177 Chr04 NC_080390.1:35177244-35177254promoter 内 2526-2536 bp - 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 35178719-35183102(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GGCGGTACAAT
SmilChr03G003694 Chr03 NC_080389.1:55874734-55874744promoter 内 2523-2533 bp + 1468 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 55870585-55873266(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GCCCGTACATA
SmilChr04G001594 Chr04 NC_080390.1:26549185-26549195promoter 内 2278-2288 bp - 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 26550908-26552602(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTCCGTACTTG
SmilChr02G005369 Chr02 NC_080388.1:74375688-74375698promoter 内 2043-2053 bp + 1948 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 74372779-74373740(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GGACGTACAAA
SmilChr02G000806 Chr02 NC_080388.1:13447090-13447100promoter 内 1678-1688 bp + 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 13449413-13452449(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTCC
SmilChr04G001929 Chr04 NC_080390.1:31398036-31398046promoter 内 1632-1642 bp + 2359 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 31393815-31395677(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TCCCGTACACC
SmilChr01G006043 Chr01 NC_080387.1:75953696-75953706promoter 内 1547-1557 bp - 2444 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 75956150-75956609(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTCCGTACTTG
SmilChr01G003652 Chr01 NC_080387.1:54979802-54979812promoter 内 1421-1431 bp - 2570 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 54982382-54989938(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TCCCGTACACC
SmilChr01G006150 Chr01 NC_080387.1:76964365-76964375promoter 内 1319-1329 bp - 2672 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 76960132-76961693(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CAAGTACGGAA
SmilChr02G005371 Chr02 NC_080388.1:74375688-74375698promoter 内 1154-1164 bp + 2837 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 74378535-74381652(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTCC
SmilChr02G003687 Chr02 NC_080388.1:58271025-58271035promoter 内 1087-1097 bp - 2904 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 58273939-58274025(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTCCGTACTTG
SmilChr03G000870 Chr03 NC_080389.1:9877326-9877336promoter 内 695-705 bp - 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 9880632-9885394(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTCCGTACTTG
SmilChr01G004973 Chr01 NC_080387.1:67816171-67816181promoter 内 605-615 bp + 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 67819567-67820587(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CAAGTACGGAA
SmilChr03G002547 Chr03 NC_080389.1:40626422-40626432promoter 内 573-583 bp + 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 40629850-40631590(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTCC
SmilChr04G003977 Chr04 NC_080390.1:55234829-55234839promoter 内 494-504 bp + 3497 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 55229652-55231332(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GGCGGTACAAT
SmilChr03G000547 Chr03 NC_080389.1:5941439-5941449promoter 内 449-459 bp - 3542 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 5936672-5937897(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTCC
SmilChr03G004197 Chr03 NC_080389.1:60616602-60616612promoter 内 403-413 bp - 3588 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 60611047-60613014(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CAAGTACGGAA
SmilChr05G002454 Chr05 NC_080391.1:27096956-27096966promoter 内 376-386 bp - 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 27092262-27093341(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACCGCC
SmilChr05G000579 Chr05 NC_080391.1:4350046-4350056promoter 内 359-369 bp + 3632 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 4353688-4357366(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTTGTACGTCC
SmilChr02G005368 Chr02 NC_080388.1:74375688-74375698promoter 内 200-210 bp + 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 74368868-74371897(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GGACGTACAAA
SmilChr05G002321 Chr05 NC_080391.1:25021756-25021766promoter 内 3230-3240 bp + 761 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 25022527-25023955(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGGGT
SmilChr03G003639 Chr03 NC_080389.1:55066570-55066580promoter 内 3158-3168 bp + 833 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 55067413-55068168(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACGTTT
SmilChr02G002033 Chr02 NC_080388.1:36621242-36621252promoter 内 3029-3039 bp + 962 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 36622214-36622996(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTTGTACGATT
SmilChr04G002620 Chr04 NC_080390.1:41620824-41620834promoter 内 2726-2736 bp - 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 41617725-41619559(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGAAG
SmilChr01G005680 Chr01 NC_080387.1:73075436-73075446promoter 内 2281-2291 bp - 1710 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 73072286-73073726(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGGGT
SmilChr01G002930 Chr01 NC_080387.1:48089214-48089224promoter 内 2188-2198 bp + 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 48082383-48087411(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CACAGTACAAT
SmilChr02G003270 Chr02 NC_080388.1:53961155-53961165promoter 内 1952-1962 bp - 2039 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 53948160-53959116(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATTGTACTGTG
SmilChr02G000901 Chr02 NC_080388.1:15470505-15470515promoter 内 1915-1925 bp - 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 15472591-15473370(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AAACGTACAAT
SmilChr01G006001 Chr01 NC_080387.1:75587885-75587895promoter 内 1813-1823 bp + 2178 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 75590073-75592161(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGGGT
SmilChr02G000992 Chr02 NC_080388.1:17445026-17445036promoter 内 1476-1486 bp + 2515 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 17438728-17442511(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CACAGTACAAT
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