转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 115 / 148 下载 TSV

上一页 115 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G002730 Chr06 NC_080392.1:39391325-39391338promoter 内 3931-3944 bp + 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 39390266-39391268(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTACATAT
SmilChr01G000987 Chr01 NC_080387.1:20874225-20874238promoter 内 3896-3909 bp - 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20874330-20876202(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCTTTGAA
SmilChr01G005349 Chr01 NC_080387.1:70744230-70744243promoter 内 3882-3895 bp + 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 70744349-70746037(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATTGAAACACGTGG
SmilChr02G003417 Chr02 NC_080388.1:55402623-55402636promoter 内 3827-3840 bp - 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 55402797-55406595(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGAGTTCTT
SmilChr07G003868 Chr07 NC_080393.1:48142851-48142864promoter 内 3628-3641 bp + 360 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 48141620-48142491(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGATTCTCA
SmilChr04G002256 Chr04 NC_080390.1:36522012-36522025promoter 内 3580-3593 bp - 408 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 36522433-36523368(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAATGACA
SmilChr02G002973 Chr02 NC_080388.1:50271169-50271182promoter 内 3578-3591 bp + 410 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50267587-50270759(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAGAAGCA
SmilChr04G001175 Chr04 NC_080390.1:17643081-17643094promoter 内 3543-3556 bp + 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 17643539-17643883(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CTATCCCCACGTGG
SmilChr08G000586 Chr08 NC_080394.1:4364525-4364538promoter 内 3464-3477 bp + 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4359356-4364001(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTACGTAA
SmilChr06G000490 Chr06 NC_080392.1:4016614-4016627promoter 内 3382-3395 bp - 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4017233-4019027(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTACGGTG
SmilChr08G000136 Chr08 NC_080394.1:855161-855174promoter 内 3316-3329 bp + 672 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 851926-854489(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAATCTTC
SmilChr05G004216 Chr05 NC_080391.1:56049827-56049840promoter 内 3297-3310 bp + 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 56046774-56049136(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGAGTTCTT
SmilChr05G002615 Chr05 NC_080391.1:29424807-29424820promoter 内 3260-3273 bp + 728 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 29425548-29426876(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATGGTTTCACGTGT
SmilChr03G003541 Chr03 NC_080389.1:54035270-54035283promoter 内 3238-3251 bp + 750 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54036033-54038069(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGAGAATCACGTGA
SmilChr05G002069 Chr05 NC_080391.1:21545347-21545360promoter 内 3221-3234 bp - 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21541680-21544580(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTTGAATCACGTGG
SmilChr06G001811 Chr06 NC_080392.1:21278667-21278680promoter 内 3136-3149 bp - 852 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21277090-21277815(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATTGAAACACGTGG
SmilChr02G002925 Chr02 NC_080388.1:49661954-49661967promoter 内 3135-3148 bp + 853 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49662820-49665482(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATTGAAACACGTGG
SmilChr04G000574 Chr04 NC_080390.1:6408810-6408823promoter 内 3116-3129 bp + 872 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6409695-6411980(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATTGAAACACGTGG
SmilChr06G001145 Chr06 NC_080392.1:11561601-11561614promoter 内 3019-3032 bp - 969 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 11562583-11584016(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGAAACAAT
SmilChr06G000393 Chr06 NC_080392.1:3149424-3149437promoter 内 2988-3001 bp + 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3145796-3148424(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGATATCCG
SmilChr04G000579 Chr04 NC_080390.1:6444527-6444540promoter 内 2973-2986 bp - 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6441485-6443512(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATTGAAACACGTGG
SmilChr07G000476 Chr07 NC_080393.1:3331244-3331257promoter 内 2944-2957 bp + 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3324682-3330200(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTAAGCA
SmilChr08G000823 Chr08 NC_080394.1:6082684-6082697promoter 内 2919-2932 bp + 1069 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6080587-6081615(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTTACCA
SmilChr02G004244 Chr02 NC_080388.1:64637083-64637096promoter 内 2909-2922 bp + 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 64638175-64643463(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTAAAATCACGTGG
SmilChr04G002919 Chr04 NC_080390.1:45417636-45417649promoter 内 2851-2864 bp - 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 45418786-45420645(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCGCGTGACCCGAT
SmilChr05G003158 Chr05 NC_080391.1:40354687-40354700promoter 内 2838-2851 bp + 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 40355850-40357198(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GATTCTTCACGTGG
SmilChr04G003709 Chr04 NC_080390.1:53411103-53411116promoter 内 2833-2846 bp - 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53412271-53414007(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGACGGAG
SmilChr01G004084 Chr01 NC_080387.1:59260974-59260987promoter 内 2767-2780 bp - 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 59257511-59259753(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAAGTCTCACGTGT
SmilChr05G001592 Chr05 NC_080391.1:14621845-14621858promoter 内 2717-2730 bp + 1271 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 14623129-14623551(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCTTCTCACGTGA
SmilChr08G000965 Chr08 NC_080394.1:7182220-7182233promoter 内 2648-2661 bp + 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7183573-7187093(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTAAATGCACGTGG
SmilChr02G001365 Chr02 NC_080388.1:25721732-25721745promoter 内 2533-2546 bp - 1455 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 25723200-25723790(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAGAACTG
SmilChr02G002827 Chr02 NC_080388.1:48376040-48376053promoter 内 2525-2538 bp - 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 48367998-48374577(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGATAATCACGTGG
SmilChr07G004611 Chr07 NC_080393.1:58920633-58920646promoter 内 2481-2494 bp - 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 58922153-58924478(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGACAAAAG
SmilChr03G002675 Chr03 NC_080389.1:42464885-42464898promoter 内 2454-2467 bp - 1534 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 42462635-42463351(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CAAGGATCACGTGC
SmilChr06G002720 Chr06 NC_080392.1:39285040-39285053promoter 内 2429-2442 bp - 1559 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 39280669-39283481(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATATGTACACGTGG
SmilChr05G003389 Chr05 NC_080391.1:44922692-44922705promoter 内 2387-2400 bp - 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44924306-44925993(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAAATTAC
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SmilChr05G001253 Chr05 NC_080391.1:10662247-10662260promoter 内 2348-2361 bp - 1640 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10663900-10666679(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAACACTG
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SmilChr03G002687 Chr03 NC_080389.1:42740960-42740973promoter 内 2147-2160 bp - 1841 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 42738401-42739119(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CAAGGATCACGTGC
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SmilChr02G005174 Chr02 NC_080388.1:73039805-73039818promoter 内 2081-2094 bp + 1907 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 73041725-73043570(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GATCCTACACGTGG
SmilChr07G004189 Chr07 NC_080393.1:53905428-53905441promoter 内 2067-2080 bp + 1921 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53907362-53913051(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TAGATAACACGTGG