转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000070; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001046-RA_Salv SmilChr04G000070 bHLH XP_057807324.1 MP00034 CCACGTGC

可能结合的靶基因

9929 个结合位点 6653 个候选靶基因 第 116 / 134 下载 TSV

上一页 116 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001958 Chr02 NC_080388.1:35342880-35342887promoter 内 3449-3456 bp + 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 35343432-35344730(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGT
SmilChr04G003594 Chr04 NC_080390.1:52368618-52368625promoter 内 3448-3455 bp + 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 52369171-52376162(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGT
SmilChr02G004113 Chr02 NC_080388.1:63426149-63426156promoter 内 3446-3453 bp - 548 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 63426704-63431794(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGG
SmilChr02G000619 Chr02 NC_080388.1:9067762-9067769promoter 内 3433-3440 bp + 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 9068330-9069128(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGT
SmilChr03G003360 Chr03 NC_080389.1:51949993-51950000promoter 内 3428-3435 bp - 566 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 51950566-51955510(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGG
SmilChr03G001160 Chr03 NC_080389.1:13377480-13377487promoter 内 3425-3432 bp + 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 13376123-13376911(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGG
SmilChr04G002447 Chr04 NC_080390.1:39187967-39187974promoter 内 3416-3423 bp - 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 39180055-39187389(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGT
SmilChr05G001810 Chr05 NC_080391.1:17886265-17886272promoter 内 3415-3422 bp - 579 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 17877643-17885686(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGT
SmilChr01G001739 Chr01 NC_080387.1:32020152-32020159promoter 内 3412-3419 bp - 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 32015658-32019570(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGT
SmilChr05G002696 Chr05 NC_080391.1:30829103-30829110promoter 内 3411-3418 bp - 583 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 30829693-30831826(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGG
SmilChr02G005483 Chr02 NC_080388.1:75036944-75036951promoter 内 3404-3411 bp + 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 75034610-75036354(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGG
SmilChr05G002573 Chr05 NC_080391.1:28938783-28938790promoter 内 3404-3411 bp - 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 28939380-28941256(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGG
SmilChr05G002311 Chr05 NC_080391.1:24941907-24941914promoter 内 3403-3410 bp + 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 24938870-24941316(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGG
SmilChr01G002905 Chr01 NC_080387.1:47753439-47753446promoter 内 3402-3409 bp + 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 47750657-47752847(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGG
SmilChr04G003089 Chr04 NC_080390.1:47515376-47515383promoter 内 3394-3401 bp - 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 47515983-47517462(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGG
SmilChr04G002947 Chr04 NC_080390.1:45800601-45800608promoter 内 3390-3397 bp - 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 45801212-45802033(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGG
SmilChr05G004263 Chr05 NC_080391.1:56418479-56418486promoter 内 3389-3396 bp - 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 56414854-56417874(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGT
SmilChr02G002022 Chr02 NC_080388.1:36449599-36449606promoter 内 3384-3391 bp - 610 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 36450216-36450997(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGG
SmilChr05G004015 Chr05 NC_080391.1:54113461-54113468promoter 内 3384-3391 bp - 610 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 54111903-54112851(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGT
SmilChr03G001119 Chr03 NC_080389.1:12890737-12890744promoter 内 3371-3378 bp - 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 12891367-12901719(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGG
SmilChr01G000339 Chr01 NC_080387.1:6938241-6938248promoter 内 3369-3376 bp - 625 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 6938873-6941858(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGG
SmilChr04G002383 Chr04 NC_080390.1:38372426-38372433promoter 内 3369-3376 bp + 625 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 38369075-38371801(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGG
SmilChr03G000795 Chr03 NC_080389.1:9074870-9074877promoter 内 3364-3371 bp - 630 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 9069358-9074240(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGT
SmilChr01G000876 Chr01 NC_080387.1:18626372-18626379promoter 内 3359-3366 bp - 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 18627014-18632149(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGG
SmilChr05G000277 Chr05 NC_080391.1:2151191-2151198promoter 内 3357-3364 bp + 637 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 2151835-2153768(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGT
SmilChr01G002917 Chr01 NC_080387.1:47891064-47891071promoter 内 3352-3359 bp - 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 47891713-47901820(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGG
SmilChr02G005320 Chr02 NC_080388.1:74076490-74076497promoter 内 3350-3357 bp - 644 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 74074171-74075846(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGT
SmilChr02G005429 Chr02 NC_080388.1:74733778-74733785promoter 内 3349-3356 bp + 645 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 74729962-74733133(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGG
SmilChr02G000648 Chr02 NC_080388.1:9963479-9963486promoter 内 3344-3351 bp + 650 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 9822583-9962829(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGG
SmilChr03G001710 Chr03 NC_080389.1:22873012-22873019promoter 内 3342-3349 bp - 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 22873671-22874800(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGG
SmilChr04G002365 Chr04 NC_080390.1:38128610-38128617promoter 内 3335-3342 bp + 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 38129276-38147538(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGT
SmilChr01G003083 Chr01 NC_080387.1:49669481-49669488promoter 内 3324-3331 bp - 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 49665340-49668811(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGT
SmilChr05G000580 Chr05 NC_080391.1:4365878-4365885promoter 内 3324-3331 bp - 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 4366555-4369647(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGG
SmilChr03G003252 Chr03 NC_080389.1:50391794-50391801promoter 内 3323-3330 bp + 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 50392472-50396682(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGT
SmilChr01G003461 Chr01 NC_080387.1:53193683-53193690promoter 内 3319-3326 bp - 675 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 53191905-53193008(-) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 CCACGTGT
SmilChr04G000096 Chr04 NC_080390.1:871254-871261promoter 内 3319-3326 bp - 675 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 871936-875416(+) SMil_00001046-RA_Salv MP00034 ACACGTGG
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