转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003117; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008316-RA_Salv SmilChr04G003117 C2H2 XP_057809539.1 MP00592 AAGAAAACGACAAAAAA

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 116 / 171 下载 TSV

上一页 116 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001525 Chr04 NC_080390.1:25174843-25174859promoter 内 1444-1460 bp - 2541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 25171119-25172302(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GGAAAGATGACAAAAAA
SmilChr06G002796 Chr06 NC_080392.1:40655529-40655545promoter 内 1411-1427 bp + 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 40658119-40669529(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TATGTAAAGACAAAAAA
SmilChr06G000057 Chr06 NC_080392.1:452672-452688promoter 内 1401-1417 bp - 2584 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 455272-459376(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GGTTTTGTCTCCTTGTT
SmilChr07G002798 Chr07 NC_080393.1:28001748-28001764promoter 内 1370-1386 bp + 2615 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 27996764-27999133(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTACTTGTCCTTTTCTT
SmilChr04G003415 Chr04 NC_080390.1:50761144-50761160promoter 内 1354-1370 bp + 2631 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50763791-50764399(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATGAAAACGACGAAAGT
SmilChr07G003423 Chr07 NC_080393.1:37430917-37430933promoter 内 1354-1370 bp - 2631 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 37427042-37428286(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTGTTAAGGACAAAAAG
SmilChr04G000327 Chr04 NC_080390.1:3011844-3011860promoter 内 1350-1366 bp + 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3014495-3019974(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TCATATAAGACAAAAAA
SmilChr05G001643 Chr05 NC_080391.1:15385809-15385825promoter 内 1349-1365 bp + 2636 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 15382188-15383173(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTAATT
SmilChr07G002531 Chr07 NC_080393.1:23980969-23980985promoter 内 1328-1344 bp - 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 23976489-23978312(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCAAAAATGACAAAAGT
SmilChr01G004050 Chr01 NC_080387.1:58958876-58958892promoter 内 1317-1333 bp - 2668 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 58955005-58956208(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAGCAGAGGACAAAATA
SmilChr08G002978 Chr08 NC_080394.1:29873045-29873061promoter 内 1284-1300 bp + 2701 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 29868195-29870344(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTTACATA
SmilChr08G002402 Chr08 NC_080394.1:22812980-22812996promoter 内 1261-1277 bp - 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 22815720-22818930(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCCTTAATTA
SmilChr08G002871 Chr08 NC_080394.1:28592015-28592031promoter 内 1232-1248 bp - 2753 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 28584713-28589262(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AGAATAACGACAAATGT
SmilChr06G000086 Chr06 NC_080392.1:627188-627204promoter 内 1224-1240 bp + 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 623048-624427(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCATTATGCT
SmilChr08G001262 Chr08 NC_080394.1:9995008-9995024promoter 内 1216-1232 bp + 2769 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9997793-10001216(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCAAAAATGACAAAAGT
SmilChr01G004542 Chr01 NC_080387.1:63568332-63568348promoter 内 1205-1221 bp + 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 63571128-63574750(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATCAAAATGACAAAAAG
SmilChr08G004462 Chr08 NC_080394.1:54304111-54304127promoter 内 1193-1209 bp - 2792 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54306919-54309641(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAGTTTGTCGTATTGAG
SmilChr08G002366 Chr08 NC_080394.1:22495350-22495366promoter 内 1125-1141 bp + 2860 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 22473901-22492490(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATGTTTGTCGTCTAATC
SmilChr02G000289 Chr02 NC_080388.1:3680553-3680569promoter 内 1117-1133 bp + 2868 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3676633-3677685(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTAATT
SmilChr01G000696 Chr01 NC_080387.1:15592321-15592337promoter 内 1110-1126 bp + 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 15595212-15597503(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACCATCAAGACAAAAAA
SmilChr07G002800 Chr07 NC_080393.1:28001748-28001764promoter 内 1066-1082 bp + 2919 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 28004683-28007969(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAGAAAAGGACAAGTAA
SmilChr08G004090 Chr08 NC_080394.1:49601833-49601849promoter 内 997-1013 bp - 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49579959-49598845(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAGTAGCCGACAAAGAT
SmilChr06G002189 Chr06 NC_080392.1:30272279-30272295promoter 内 990-1006 bp + 2995 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 30263980-30269284(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CGTTTTGTCCTTTGTTG
SmilChr02G003260 Chr02 NC_080388.1:53892617-53892633promoter 内 927-943 bp - 3058 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53895691-53899274(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTCATACC
SmilChr08G000542 Chr08 NC_080394.1:3955532-3955548promoter 内 906-922 bp + 3079 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3949923-3952453(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCTTCTAATT
SmilChr01G001224 Chr01 NC_080387.1:24528721-24528737promoter 内 812-828 bp + 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 24524688-24525548(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GTTTTTGTCTGATTTTG
SmilChr01G003577 Chr01 NC_080387.1:54364746-54364762promoter 内 726-742 bp + 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54360728-54361487(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTAATT
SmilChr02G000066 Chr02 NC_080388.1:860143-860159promoter 内 698-714 bp + 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 863446-866698(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAGAATCCGACAAAGCT
SmilChr05G000254 Chr05 NC_080391.1:1939671-1939687promoter 内 656-672 bp + 3329 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1943016-1945589(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGGCAAAGGACAAAATT
SmilChr05G003201 Chr05 NC_080391.1:40952551-40952567promoter 内 606-622 bp + 3379 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 40945498-40949172(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCTTTTGTCTTTTGGCT
SmilChr03G004409 Chr03 NC_080389.1:62245233-62245249promoter 内 586-602 bp + 3399 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 62248648-62258602(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAAATAACGACAAGATA
SmilChr07G002264 Chr07 NC_080393.1:20856089-20856105promoter 内 581-597 bp + 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20848924-20852685(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCATTTTGAT
SmilChr04G003438 Chr04 NC_080390.1:50918450-50918466promoter 内 517-533 bp - 3468 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50921934-50925611(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCTTTAAATT
SmilChr05G002322 Chr05 NC_080391.1:25029962-25029978promoter 内 440-456 bp + 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 25033523-25036609(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTCAATACGACAAACTG
SmilChr02G004371 Chr02 NC_080388.1:66047209-66047225promoter 内 439-455 bp - 3546 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 66042505-66043663(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAAATAACGACAAGATA
SmilChr01G003026 Chr01 NC_080387.1:49317077-49317093promoter 内 374-390 bp + 3611 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49310146-49313466(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AGTTTTGTCTTCAACTA
SmilChr02G005285 Chr02 NC_080388.1:73888707-73888723promoter 内 369-385 bp + 3616 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 73883321-73885091(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GATTTTGTCTGTTTTTT
SmilChr02G004368 Chr02 NC_080388.1:65980448-65980464promoter 内 364-380 bp - 3621 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 65974899-65976827(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAAATAACGACAAGATA
SmilChr02G000348 Chr02 NC_080388.1:4514182-4514198promoter 内 355-371 bp - 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 4517828-4518880(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTAATT
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SmilChr04G001286 Chr04 NC_080390.1:20505882-20505898promoter 内 3819-3835 bp - 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 20506064-20515359(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCTTTTGTCTTATTGAT
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SmilChr05G001177 Chr05 NC_080391.1:9873606-9873622promoter 内 3396-3412 bp + 589 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.1/ 100 2 9870211-9873017(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCATTTTGAT